更加火上浇油的是，杨文干听说募集兵勇的事情被陛下发现，太子还被陛下囚禁。既然太子都受到惩治了，他知道自己更是无法逃脱造反的罪名。于是他便决定一不做二不休，干脆真的起兵造反了。
李建成绝没有想到，杨文干的造反，更加坐实了他要谋反的罪名。
李渊见事情已经发展到这个地步，已经不是简单地惩戒太子的事情了。他现在实在没办法，只得传召秦王李世民商量此事。
李世民一直在宫中，是以他也早已听说太子被囚之事。但是在这个时刻，既然父皇没有召他问政，他觉得自己在这个非常时期不便于在父皇面前发声，所以干脆装聋作哑，一直没有参言。现在见父皇召他谈及此事，他才故作惊讶地问道：
“太……太子谋反？这怎么可能呢！”
“父皇您是不是弄错了？大哥他已经是太子了，他谋反？难道他……他连继位的时间都等不及了？”
“不可能，这绝对不可能！”
面对李世民的话，李渊气得惨白的脸上瞬间红了。他平日里一直在压制着李世民，而欲保李建成的太子之位。现在李建成的谋反，就像一个响亮的大嘴巴子，抽在他的脸上。
“这个不争气的东西，甚负朕望。你就不要再提他了，提到他朕就心烦！”
李渊摆摆手，极不耐烦地说道：“真是人心不足蛇吞象！谁会想到这逆子竟会做出如此无父无君的事情来！他的所作所为太让朕失望了，枉负朕精心栽培他这么多年！算了，现在先不谈他的事情！朕最焦虑的是杨文干谋反，这件事该怎么收拾？”
李世民见父皇岔开话题，便也不敢再提太子谋反一事，以免父皇脸上挂不住。
“据儿臣了解，杨文干这人无才无德，又素无威望。他起兵造反，根本翻不起什么大浪来，父皇大可不必为此事担忧。儿臣估计，逆贼杨文干既然做这种狂妄叛逆的事来，想必他的僚属肯定不会跟从，应当已经将他擒获并杀掉了。如若不然，就直接派遣一员将领去讨伐他就是了。”
李渊听了李世民的话，摇了摇头，有些担心地说道：“不能这样！谁知道你大哥还做出什么样的事来。现在你大哥被囚，那逆贼杨文干是假太子的名义而起兵，朕担心响应他的人肯定不少。而此事不仅关系到我大唐的储君、国体，更关系到皇家的体统。所以此事还是要慎重处理，最好由你亲自前往。趁他们还没成气候，早日剿灭他们！太子做出如此不忠不孝的事情来，哪还有太子的体统？你回来以后，朕便立你为太子。”
李渊说到这里，脸上现出无尽的黯然和失落。看来李建成谋反一事，对他的打击很大，使他有些心力交瘁。他长长地叹了一口气，非常失望地说道：
“唉，你大哥他再有错，也毕竟是朕的长子。朕也不想效法隋文帝去诛杀自己的儿子，届时就把他降为蜀王吧。蜀中兵力薄弱，如果以后他能够侍奉你，你就保全他的性命。如果他不肯侍奉你，你要捉拿他也易如反掌。”
“父皇！”
李世民一听这话，“噗通”一声跪到在地上。
“父皇千万不可这样！立储之事，乃是国之大事，关乎国运。儿臣何德何能，敢担太子的重任！想必大哥也是一时糊涂，或是受了别人的蛊惑窜掇而做出这样的蠢事来也未可知。请父皇暂息雷霆之怒，宽恕他这一次吧。”
“宽恕他？”
一听到李世民劝自己宽恕李建成，李渊的火“腾”的一下又上来了。
“朕宽恕他多少次了，他却不知悔改，竟做出如此更加荒唐的事来。看来他就是一滩糊不上墙的烂泥，太叫朕失望了！”
“父皇息怒，立储之事非是儿戏。大哥做储君多年，深得父皇提携和大臣们的爱戴，怎么能因这点过错就轻易废黜呢！他纵有千般过错，也只是一时糊涂而已。父皇但有差遣，儿臣奉命就是了，儿臣绝不敢有任何非分之想。请父皇一定要收回成命！”
“唉！”
李渊看到李世民伏在地上，不住地磕头推辞，不由得又长叹了一口气道：“朕知道朕能有今天这大唐江山，你最是劳苦功高。没有册封你为太子，朕也知道对不住你，确实是委曲了你的才能。现在朕意已决，你就不要再推辞了。你现在即刻点兵，前去剿灭杨文干。朕再与其他大臣商议一下，你回来后就筹备立储之事。”
“儿臣惶恐，儿臣实不敢想太子之位！儿臣只要能随侍在父皇身边尽忠尽孝，一生所愿就足矣！请父皇千万收回成命，儿臣绝不敢承此非分之想！”
“好了，你也别说了，朕心意已决！你快带兵平叛去吧，务必擒住杨文干那个叛贼！”
李世民见父皇的态度非常坚决，便也不再说什么。他立即召集人马，前往宁州平叛。
谁知李世民前脚刚出发，李元吉便联合李渊的嫔妃轮番替李建成求情。
李元吉长跪在李渊面前，边痛哭边磕头道：“父皇明鉴。儿臣绝不相信太子会谋反。太子本来就是储君，他怎么会谋反？他谋谁的反？他又有必要谋反吗？父皇，太子乃是一国储君，关乎国体！不能轻言废立！请父皇千万不要听信了小人谗言，误伤了太子啊！”
裴寂、封德彝等重臣也在外朝设法解救李建成，并带领众多大臣在仁智宫门外长跪，为李建成说情。他们整日在宫门外哭喊，不眠不休。
“陛下，太子仁义敦厚，勤政爱民，任劳任怨。太子才德气度，千古难觅，实在是难得的储君之选。废立太子之事关乎国体，实是关乎江山社稷的大事。请陛下三思，勿轻言废立太子啊！”
“陛下，秦始皇、隋文帝都是轻言废立，立次子为帝，结果都是经二世而亡！陛下，前车之鉴，犹在眼前！陛下，请陛下三思啊！”
众多文臣见在仁智宫外久跪，李渊并不为所动。他们乃联名写血书，竭力保太子。在众人的轮番劝说下，李渊很快便又改变了主意。他不仅赦免了李建成的罪过，还又让他回京城留守。只轻责他不能以兄长之礼对待兄弟，致使兄弟关系不和睦的过错。而将全部罪责推给了太子中允王圭、左卫率韦挺和天策上将府兵曹参军杜淹，将他们一并流放到了巂州。
李渊这么做，等于是将太子府和天策府各打一大板子了事。
秦王李世民率领军队来到宁州以后，杨文干的党羽便全部作鸟兽散。杨文干走投无路，被自己的部下杀死。这场风波很快便被平息。
可回来后李世民却是失望至极。自己劳心费神什么也没有，反而受到了父皇李渊更多的猜忌。
而李渊没有意识到，他对此事的处理，却使李建成和李世民之间的矛盾和斗争越发激烈了。
随着东宫太子府和秦王天策府的斗争越来越白热化，李渊心中的天平也开始越来越倾向于太子李建成。他也开始越来越忌惮于秦王李世民的实力，觉得要想平息这场争斗，避免更严重的流血冲突的话，必须从根本上削弱李世民的实力。
由此，李世民的形势变得越来越严峻！
随着李靖、李世勣的外放，房玄龄、杜如晦、程咬金也都被外放。尉迟敬德则被齐王李元吉上告李渊，说他有反意，而被下了大狱。要不是李世民在李渊面前流泪力保，尉迟敬德早就被砍了头。
此时李世民的天策府还剩下的人已经不多了，只有长孙无忌、长孙无忌的舅舅雍州治中高士廉、右武候车骑将军侯君集等人。
程咬金被外放为康州刺史，李渊限期赴任。程咬金来到天策府，哭着对李世民说道：“殿下，俺等跟随殿下冲锋陷阵，出生入死。可如今外放的外放，斥逐的斥逐，下狱的下狱。殿下的辅佐之臣快走光了，殿下自身又怎么能够长久呢！俺程咬金决定誓死不离开殿下身边。希望殿下能及早定下计策，免得寒了所有将士的心啊！”
“你要我早定下计策，是想要干什么？难道要我也像太子那样造反吗？”
“殿下，人无伤虎意，虎有伤人心。现在的局面已经明摆着了，殿下如再不早作打算，难道就真的坐以待毙吗？”
“程兄，休要再说！父皇虽对我和太子有失公允，但是父皇乃是我的亲父，我岂能做出那种不君不臣，不仁不孝之事？你这么劝我，岂不是要陷我于不义，使我落下千古骂名？”
“殿下，您瞻前顾后，不敢挑开天窗。俺老程可管不了那么多了。一不做二不休，俺索性直接给您挑明了吧！”
程咬金此时越说越激动。他知道自己若是抗旨不去赴任，定会被陛下治罪。而若去赴任，看现在的情势，说不定也会落得尉迟敬德的下场。与其那样，索性不如鼓动李世民甩开膀子大干一场，说不定还能搏得一个更好的结局。是以他现在不再顾忌，直接大声地在李世民面前说道：“殿下，天下乃有德有能者居之！您功盖天下，内外归心，本就应该当立为太子！那李建成何德何能，竟也登上了太子之位，他只不过是因长子的身份而已！他貌似宽厚，却心狠手辣，几次三番要害死殿下，难道殿下都忘了？现在他见对殿下下不了手，就把魔爪伸向了您身边的人。难道非要等到人家把刀架在您的脖子上了，您才能醒悟？”
“程咬金，你知道你说的每一句话都是死罪吗？你若再如此乱说，别说陛下了，我李世民第一个就要治你的罪！”
程咬金见李世民此时还在抱有妇人之仁，他“扑通”一声双膝跪地，痛哭失声。
“殿下，您即使要治俺老程的罪，俺老程也要把憋在肚子里的话说完！现在谁都能看出来陛下对您不再宠爱，人人都能欺负到您的头上了！敬德兄南征北战，披坚执锐，功勋无数，却差一点因一句诬告而杀头！房玄龄、杜如晦，都是有贤才之人，殿下也曾向陛下多次举荐过他们，结果呢？就因为他们是您的人，致使房玄龄蜗居天策府职衔数年未得一迁！杜如晦堂堂天策府司马，仅仅是因为在经过尹德妃父亲尹阿鼠的家门口前没有下马，即被他家的几名家僮拽下马，硬是打断了他一根手指。陛下不仅不责罚尹阿鼠，竟还削去了杜如晦的爵位。现在就因为太子和齐王的谗言，致使房、杜二人被陛下双双赶出了天策府，并永不得再用！现在，他们又开始对俺老程动手了。俺老程死不足惜，但若是这样像敬德兄那样被人构陷，最终窝囊而死的话，那老程倒是情愿现在就自戗在您的面前！现在您身边之人，个个寒心，人人心冷！殿下，您还打算忍到何时？”
“程咬金，你……你不要再说了！”
程咬金说话虽然口无遮拦，但是他说的每一句话，却句句都像刀子一样戳在李世民的心上。李世民环视左右，见天策府中原来济济一堂的文臣武将，现在所剩却寥寥无几，也不由得悲从心来，以手捂脸，痛苦地坐在凳子上。
“殿下！”
身边的长孙无忌看到李世民伤心，也过来苦苦相劝道：“程将军的话虽糙但理不糙，说的不无道理。现在秦王府里人人忧虑，个个恐惧，不知所措。现在您和太子、齐王仇怨已经造成，争储之战迟早都会发生。若是让太子一党抢了先机，又岂只是秦王府不可收拾，实际上社稷江山的存亡都成问题！殿下您不如采取周公平定管叔、蔡叔那样的行动，以便安定皇室与国家。存亡的枢机，形势的危急，就是现在了！”
“可……可这样兄弟相残，岂是我堂堂李世民所为？我李世民又怎么能对自己的手足兄弟下手呢！”
“殿下，机不可失，时不我待！太子和齐王正在一步一步地削夺您的实力，您再不下手就晚了！先下手为强，后下手遭殃！若再犹豫不决，必生祸事！”
“不可，现在突厥、吐蕃等强敌环伺，天下又刚刚初定，一旦我们兄弟再相争，则社稷危矣！我岂能因一己之私而置江山社稷于不顾！”
李世民对程咬金和长孙无忌的劝告断然拒绝。
长孙无忌趋前一步，眼含热泪动情地说道：“殿下，程将军、尉迟将军和属下等都是把头别在腰带上，冒着身家性命俱失的危险来劝说您。属下等之所以这么做，就是因为现在已经到了箭不得不发的地步了！殿下，您功盖天地，就应当继承皇帝的大统。现在殿下担心危机发生，这或许也正是上天在帮助殿下，期望殿下来掌控大局啊！希望殿下不要再犹疑不定了！只要您打着‘清君侧，诛奸佞’的旗号，相信天下一定是应者如云！”
“你们不要再说了！我李世民是何等样人，岂会做那种不君、不臣、不仁、不义的事情！”
“殿下，您不做，难道就这样坐以待毙吗，殿下？”
“天意，也许真是天意弄人。我……我又能怎么办呢？”
李世民抱着头一脸痛苦地坐在那里。让他现在向他的父亲和哥哥发难，他又如何能下得去手呢！
“殿下，既然您说到了天意。依属下等看来，天意正是倾向您的。孟子曾说天将降大任于斯人也，必先苦其心智，劳其筋骨，增益其所不能。殿下，您想想看，每到朝廷在生死存亡的关键时刻，上天总是把重担压在您的身上，让您上前，以锤炼您的意志，增强您的本领，扩大您的威望。使您仁慈达于天下，威名播于四海。而反观太子，仁义之名不出朝堂，威名只在长安一城。太子与您相比，简直是一个地上一个天上。这难道不是上天垂青于您，而对您的特别关爱吗？”
“是啊殿下，老程觉得长孙大人说的对。既然上天格外垂青于您，您为何又要拒之于千里呢？古人云：天予不取，必受其祸！请殿下务必当机立断，千万不要犹豫不决，以错失良机了！”
“我求求你们……你们不要再说了！我现在头疼的很，心中犹如一团乱麻。总之让我对我的父兄发难，这是逆天行事，是万万不能的！”
李世民猛地站起来，铁青着脸不再听他们两人说话。他把袍袖猛地一甩，气呼呼地步入后堂去了。
“殿下！”
“殿下！”
无论长孙无忌、程咬金怎么呼喊，李世民再也不出来见他们两人。两人见劝说无效，便又请尉迟敬德、侯君集等人来到天策府，日以继夜地劝说李世民立即诛杀李建成和李元吉，清君侧，正皇统。
可李世民依然犹豫不决。
此时李靖、李世勣两人都在灵州，分别担任灵州大都督和行军总管，防御东突厥的进攻。李世民秘密派心腹之人向他们两人询问该怎么办？
李靖和李世勣回话道：“臣等忠心，日月可鉴。殿下所问乃是家事，我等外臣不便多说。但众人皆翘首以待，不管如何选择，望殿下早下决断。久拖，则会带来更大的祸患！”
言下之意，虽未明说，但李世民岂能看不明白？
正在这个节骨眼上，还有一件事的发生，使李世民再也坐不住了！