进攻河南的军队分为三路，东路军由李过亲自指挥，张能为副，包括皮熊、陈邦傅、朱旻如、秦翼明、孙守法、李明忠、郝摇旗等部，从武昌出击，攻击汝宁。中路军由袁宗第指挥，刘体纯为副，包括牛成虎、杨展、李复荣、王祥、张礼、叶云林、谭文、谭诣、谭弘、王光兴、王光恩等部，从襄阳出击，攻击南阳。西路军由高一功指挥，孙可望为副，包括刘文秀、艾能奇、贺珍、王文耀、王永强、秦一藩、曾英、赵印选、胡一青、白文选、丁国栋、李复荣、郝登云、马云翔等部，从西安出击，攻击洛阳。
此外还有刘芳亮部，以刘希尧为副，包括王兴、曹志建、惠延年、杨彦昌、刘文煌、张鹏翼等部，负责浙江方面的战事，连南直隶的部队也归其统辖。至于浙江这边要怎么打，要取得怎样的战果，李过概不过问。
武昌朝廷控制的十个省，各有一员大将负责后方的治安，向前线输送后备兵员和物资。党守素负责湖北，贺兰负责湖南，柯天相负责江西，蔺养成负责广东，田虎负责广西，塔天宝负责贵州，辛思忠负责四川，王尚礼负责云南，郭君镇负责陕西，李来亨负责甘肃。除了西营出身的王尚礼之外，全都是追随过李自成的闯军旧将。由于武昌朝廷的各种新制度，各地士绅、土司不满者着实不在少数，叛乱也时有发生，在这样的关键时刻，后方一定得保证稳固。
武昌朝廷辖下的明军，此时已经大部分都完成了整编，王兴、李明忠、刘文秀、皮熊等人的队伍基本上都已经融入了闯军，人员进行了混编，裁汰老弱，补充新兵，按照闯军的方式进行整训。不过还有一部分军队的改编没有完成，陈邦傅、曹志建、王祥、杨展、曾英、黄斌卿、马进忠等人的队伍还维持原样，滇军的赵印选、胡一青部倒是完成改编了，但是完全是按照西营的模式改编的，彻底融入了孙可望的队伍。
虽然整编尚不能尽善尽美，但也差不多了，这一次，明军的动员力更胜于去年的襄阳大战。东路军包括李过部鄂军一万八千余人，张能部湘军两万一千余人，郝摇旗部桂军两万三千余人，共六万三千余人。中路军包括袁宗第部川军一万六千余人，刘体纯部黔军一万七千余人，王光兴部鄂军万余人，共三万四千余人。西路军包括高一功部陕军两万余人，刘文秀部甘军两万两千余人，艾能奇部川军两万四千余人，孙可望部滇军一万九千余人，共计八万七千余人。刘芳亮部包括他直接指挥的赣军一万六千余人，刘希尧部粤军两万一千余人，张鹏翼部出兵三千，南直隶明军暂定大约出动一万人，共五万一千余人。四路大军共计二十三万五千人。其实明军的总兵力远远不止这些，但是动员军队需要大笔的军费，需要粮食被服等各种物资，这些东西可比人难找。虽然义兴朝廷的财政效率比崇祯朝要高，但每年都进行大规模的战争，持续下去迟早是要扛不住的。目前经济建设搞得最好的就是孙可望，他在云南实行彻底的营庄制，将地主与佃农割裂开来，极大地压缩了地主的田租收入，税收高达五公五民，但是百姓的负担却不升反降。但是云南是一个士绅力量极为薄弱的省份，孙可望手下又有大批西营老兵和在张献忠时代就为西军效力的文官，其他省份并不具备这样的条件，主事之人也没有一个有孙可望这样出色的种田能力。去年的襄阳大战就耗资巨万，之后整编军队，开销也极其巨大，无论是武昌的国库还是各省的省库都没有多少积蓄。现在这样的出兵规模虽然没达到明军兵力的极限，却已经是明朝财政能力的极限了。
高一功指挥的西路军是四路明军之中最强大的，李过希望造成清军的误判，认为明军的主攻方向会放在山西。从去年的冬月开始，陕北明军就在筹集粮草，打造船只，派遣间谍，勘探水文，做出要渡河的架势。清军也做出了应对，增加了太原、右玉驻防八旗的兵力，但是这些动作能不能迷惑得住清军，还是很难说的。陕西明军的后勤转运十分困难，实际上是没法作为主攻方向的。真正的转运枢纽还是襄阳，汉江水运比陆路运输便宜、快捷不知多少倍，所以明军选择河南作为主攻方向是有必然性的。清军恐怕也能判断出这一点，不见得会被陕北明军的疑兵之计骗过。
李过密切关注着北京方面的动向，根据北方传来的情报，清军也在紧锣密鼓地备战。由于赖恼在沂蒙山大扫荡中受伤，绿营沂州镇又发生了兵变，清军抽调德州、青州驻防八旗的兵力，投入围剿山东明军的战斗中。江宁、京口、乍浦的驻防八旗正在围剿太湖义军，杭州旗军准备接受刘之源的指挥，对宁波发动攻击，而天津、保定的八旗兵却在往开封调动。这样看来，清军多半已经意识到明军会在河南发动攻击。北京的旗人中也流传着要发兵南下的消息，但是具体的目标和人数还都不清楚。李过决定，趁八旗主力未到之机，先给河南清军一记重击。
刚上任不久的河南提督李成栋，也是闯军的老熟人了，当年三打开封时，他是陈永福的部下，后来李成栋隶属于河南巡抚秦所示麾下，最后归入高杰部。李成栋本人是陕西人，但是从军经历主要是在河南，部下也以河南人居多。洪承畴上任之后，大力保举了两个人，一个是姜瓖，出任山西提督，一个是李成栋，出任河南提督。这两个人都是绿营将领中能力顶尖的人物，但是都不太受待见。姜瓖由于曾经拥立过明朝的枣强王监国，故而一直被清廷认为不可靠。当初他跟着阿济格西征陕西时，因为保存实力不敢冒险，和阿济格的关系处得也不好。阿济格回京之后挨了处罚，当然要想方设法拉几个垫背的，说姜瓖“心怀怨望”。结果姜瓖白白为清朝卖了一回命，还是继续照样当他的大同总兵。