弘光元年五月，清朝的两路大军共十余万众剑指江南。
东路清军的指挥官为肃亲王豪格、饶余郡王阿巴泰，下辖李率泰、准塔、柯永盛、夏承德等部，主要是原本用于镇压青州义军和宫文彩义军的队伍，还有从京城来的满洲正白旗都统英俄尔岱、镶蓝旗都统巴都礼指挥的援军。共计六万余人。西路军则是多铎从襄阳带来的五万余人。清军打到这个地步，其实已经是强弩之末，两路大军都十分疲劳，如果明军能像松锦之战时那样集结起与之实力相当的大军，进行一场大会战，并非没有一战克捷的可能。然而史可法麾下的江北四镇兵马根本没有这样的能力，得知清军到来的消息，史可法与高杰放弃徐州向扬州撤退。刘良佐带头倒戈，驻守淮安的刘泽清留下部将柏永馥守城，自己泛舟逃亡海上，柏永馥当然也不可能给朝廷尽忠，迅速投降清军，高杰部下的李成栋、杨承祖等非嫡系兵马也纷纷叛逃。江北四镇在一个月之内就瓦解了两镇半，投降清军的明军多达二十万众，让清军将领们都为之震惊，他们虽然早就预料到江北明军会比李自成、宫文彩、张家玉要好对付，可实在没想到他们居然烂成了这个样子。明军投降速度之快让清军措手不及，明朝降军倍于清军，迅速吃光了清军的粮食储备，清军连改编他们都来不及，只能让这些降将继续挂着大明的官衔跟着他们去征讨大明。
明朝并不缺少勇士，很多中下级军官和普通士兵进行了英勇的抵抗，地方上的士绅和百姓也有不少为了保卫家园而战，但是他们没有军饷、没有粮草、没有弹药、没有援兵。清军根本不需自己动手，只靠明朝的叛将们就把这些抵抗者一一消灭。史可法发出督师大令，调集各路兵马保卫扬州，然而除了刘肇基、乙邦才等寥寥数人统兵入援之外，再无人理会他，张天禄、张天福等直属于史可法的部将纷纷倒戈。弘光朝廷耗竭江南民脂民膏供养的，就是这样一群卖国贼。
史可法决心与扬州共存亡，他可以依靠的只剩下了高杰。可一方面是扬州士民还记着当初高杰在扬州周边杀掠的惨状，另一方面是高杰对史可法的赴死计划也根本没兴趣。五月十八日，清军兵临扬州城下，二十二日，城中守将李栖凤、高歧凤、胡尚友、韩尚良等人出城投降，扬州危如累卵。高杰毫不犹豫地抛弃了史可法，率领自己的兵马逃出扬州。然而当他来到长江边上，发现守卫长江的明军水师郑鸿逵、郑彩所部不放他过江，弘光朝廷唯恐江北的败兵荼毒江南，下了严令：“凡逃军南渡，用炮打回，不许过江一步。”高杰部掠夺民船过江，结果在江上遭到炮击，损失惨重。高杰权衡了一下，他手上没有足够的船只，如果向东逃窜，恐怕最终会被堵在海滨，于是他当机立断，趁着史可法、刘肇基等人还在扬州抵挡清军的机会，向西奔滁州而去。
五月二十四日夜，清军以重炮轰开扬州城墙，次日，扬州沦陷。
刘肇基为了保卫扬州，率兵四千星夜驰援，路经高邮时连自己的妻儿都来不及接。入城之后负责镇守扬州北门，发炮击毙清军参领金应、骑都尉色勒布、云骑尉祖应元。城破后率四百人坚持巷战，流矢贯额而死。刘肇基本是关宁军将领，清军之中多有他的旧识，投降的机会不计其数，可他最终还是选择了牺牲。除刘肇基外，还有乙邦才、庄子固、马应魁等二百余名明军军官战死，任民育、何刚等文官、幕僚、儒生、百姓也协助史可法守城，殉难者极多。
史可法被俘，被解至多铎面前，多铎说：“累以书招而先生不从，今忠义既成，可为我收拾江南，当不惜重任。”史可法答道：“我天朝大臣，岂可偷生，作万世罪人哉！吾头可断，身不可屈，请速死，从先帝地下。吾意早决，城亡与亡，即劈尸万段，甘之如饴。但扬城百万生灵，不可杀戮。”
多铎下令杀害了史可法，却并没有听从史可法的遗言。扬州是清军入关以来攻克的最大、最繁华富庶的城市，经过一年的艰苦战斗，清军付出了沉重的代价，消耗了大量的物力财力，士兵们没有找到传说中的李自成宝藏，又疲惫不堪，不满情绪不断蔓延，如果不拿财宝和女人满足他们，多铎就要控制不住军队了。但是只要在扬州大肆劫掠一番，让士兵们满载金银美女而归，多铎就还是伟大的统帅。
意大利传教士卫匡国在他所著的《鞑靼战纪》中这样记载：“鞑靼人进行的战役中，应特别提到，在他们进入各省之前，已挑选和任命将攻占城市、地区的官员、守令及吏员，所以像闪电般很快在攻占后驻守和防卫。那里有个叫扬州的城，鞑靼屡次进攻都遭到激烈抵抗，损失了一个王爷之子。这座城由忠于明室的大臣史阁老防守，但他虽有一支强大的戍军，最后还是失败，全城被洗劫，百姓和士兵悉遭屠杀。鞑靼人为了不使尸体污染空气，发生瘟疫，把尸体置于屋顶，放火焚城及四郊，一切都化作灰烬，成为一片焦土。”
扬州百姓本以为改朝换代之后还能继续生活，清军入城之后，下令让百姓离开家门集中起来点卯，众百姓并未怀疑，清军随即又以防止逃跑为由，把他们捆绑起来，百姓们也并未反抗。但是一旦他们束手就擒，清军立刻露出了本来面目，将五六十人捆绑在一起、毫无反抗之力的百姓全部屠杀。女人们被长索系颈，拖在马后一步一跌地带回军营，满街都是被遗弃的幼儿，任由马蹄践踏。许多人躲藏在秽物之中，或是装作尸体，但是清军不放过每一个角落，对地上的人不论死活都补上一矛。直到六月一日，清军才宣布封刀，扬州城内的许多河道、池塘都被尸体填平，在盛夏的烈日下，全城散发出骇人的恶臭，多铎便下令纵火焚城，许多原本躲藏起来幸免于难的人也因此被烧死熏死。两天之后天降大雨，才救下了少数幸存者。清军南移之后，僧侣们收敛尸首，多达数十万具，昔日的烟花繁华之地，沦为了人间地狱。
是因为史可法不够忠诚吗？是因为扬州的守军不够勇敢吗？都不是，这些人都是明朝的忠烈，都为了保护自己的国家不惜一切代价，可这样的英勇却挡不住清军一日的进攻。这个大明，这个朝廷已经从根上彻底地烂掉了，这就注定出卖它的人才能生存，保卫它的人只有死亡。
但这并不意味着，炎黄子孙只有留着金钱鼠尾做奴才一条出路。腐土之中诞生的新芽，早晚有一天会成长为参天大树。其中的过程会万分艰辛，会有狂风摧折、洪水肆虐、烈火焚烧。但是这份希望，足以让无数人前赴后继，牺牲一切为这棵新芽开辟道路。