刘宗敏的座船直接停在了码头上，码头上的左军已经逃得一干二净，顺军不断登陆。刘宗敏身旁，一个十七岁的少年紧张地说：“刘将军，你保证不会杀害百姓是吧。”刘宗敏说：“我这等粗人比不了岳武穆、戚少保，治军不会滴水不漏，但至少比左良玉强得多了。一个百姓都不死我保证不了，但是保证有烧杀淫掠者立刻正法。”
朱慈烺按年龄来说已经是个成年人了，但是自幼生长深宫，论心计智谋，连市井中的普通孩子都不如。他的两个弟弟都跟着高桂英撤到了荆州，但是他被李自成特意分派到了刘宗敏军中，以作为瓦解武昌守军士气的号召。左军的战斗力并不弱，他们也曾多次打败过各路反王，一度是农民军最大的敌人，可是现在大明朝廷已经形同虚设，左良玉又病重，这些军阀既没有统一的目标，也没有统一的指挥，想的都只有劫掠牟利或者保全自身，少数还有良知的，也已经和左良玉形同陌路。池现龙、柳启铭等人本就对左良玉的屠城计划不满，接受了何腾蛟、堵胤锡或者卢鼎的串联，如今曾经做过太子老师的项煜到处宣扬城外是太子的兵马，顺军又势大难敌，便纷纷倒戈投降。左梦庚与王世忠、董源一同带着父母仓皇出逃，其他不愿投降顺军的左军将领作鸟兽散，各自寻找生路，这些人逃命的本事都比打仗的本事大，大部分都逃了出去，也有的逃跑不及，被顺军截住。王允成被刘芳亮一箭射死，所部大半倒戈，徐懋德、卢光祖、杜应金、吴学礼死于乱军之中，常国安、于自成座船被击沉，坠江淹死，郎启贵为郭升所斩，段凤翔、秦天禄与兵马失散，逃入乡下，被痛恨左军的百姓击杀。陕北反王出身的惠登相刚刚病故，其部直接倒戈投降。毛显文自尽，其部归降。城中文官在卢鼎和项煜的率领下大部投降，但也有少数不降，兵部主事李犹龙潜逃出城，被乱兵所杀。湖广巡按黄澍本已逃出城去，但因为寻找搬运家私的家奴而耽误了时间，忽有人高呼，指认他就是献策要左良玉屠城之人，众百姓一拥而上，将黄澍打作肉泥。
城内到处都发生了混战，乱兵趁机烧杀劫掠，许多百姓涌到何腾蛟的总督衙门寻求避难，何腾蛟命令把百姓全都送到后衙躲避，自己端坐正堂。果然过不多时，左良玉麾下总兵徐勇便带着一队兵马冲了进来。
徐勇用刀指着何腾蛟：“何督师，身为朝廷封疆大吏，竟然勾结闯贼，陷落武昌重镇，真是厚颜无耻。知事的话，随大帅共赴南京清君侧，大帅或可宽宥。”何腾蛟拍案而起：“左良玉已是行将就木，与冢中枯骨无异，还不忘行此悖逆反叛之事，天生反骨，罪无可赦。尔等身为朝廷官兵，一衣一饭俱是出自民脂民膏，然不剿贼，不抗虏，专一残害百姓。国家至今日地步，皆是你这等官贼所害！百姓争相附贼，也皆是你这等官贼所害！”
眼见满城百姓高呼“迎闯王！杀左贼！”何腾蛟痛心不已，自己麾下的官兵竟然成了祸害国家的罪魁祸首，大明朝近三百年的天下，如今民心竟向着闯贼。何腾蛟既悲哀，又无能为力。他的良知让他选择阻止左良玉，但是他的忠诚让他不能选择做刘宗敏的友军。虽然堵胤锡多次劝他说，这是为大明太子尽忠，不是投降闯贼，但何腾蛟还是不能这样欺骗自己心中的道德标准。何腾蛟怒视徐勇：“本督深受国恩，义不降贼，也决不与尔等害民贼同流合污！速速动手！”徐勇还未反应过来，大堂外响起一阵嚎啕之声，紧接着一声巨响，火药爆炸之声连续不绝，大梁砸了下来，正中徐勇天灵盖，转眼之间，总督衙门的大堂化作一片瓦砾，烈焰腾起，何腾蛟、徐勇和二十多名徐勇的亲兵全都葬身其中。
武昌城中的衙役、富户的家丁、保甲民壮等力量全都倒向了顺军一边，他们都是武昌本地人，左军溃散后的无差别劫掠严重侵害了他们，谁也顾不上什么官什么贼，都为了保护自己的父母妻儿和左军拼斗起来。顺军各营分区清剿城内的乱兵以及趁火打劫的歹徒，抢掠奸淫者斩首号令，杀人纵火者磔杀肢解。参与劫掠的大部分都是左部的溃兵，也有一部分是违反军纪的顺军和本地的流氓无赖，顺军一路长途行军，又经过了严重伤亡和重新整编，军纪的约束力也不似之前那么强了。刘宗敏和刘芳亮留了个心眼，不管是谁，一律以左军的名义处决，以争取武昌的民心。
等到刘芳亮彻底恢复了城内的秩序，刘芳亮才带着朱慈烺进城，武昌百姓跪拜于路旁，山呼万岁。这一战虽然给城内造成了很大的破坏，城内城外到处都是杀死的尸体，被火焚毁的建筑也有上千间，但毕竟绝大部分武昌百姓还是活了下来。刘宗敏说：“你活了十七年，一直受百姓供养，今天还是第一次为百姓做事。你父亲说我们是贼，可是看看他手下的官军，我还是宁肯做贼的好。”朱慈烺沉默不语，他想着父亲、母亲、姐妹、兄弟，还有这一年来经历的一切，山河破碎，自己从大明太子变成了大顺宋王，这一切究竟是对是错？自己该往何处去？大明又该往何处去？
刘宗敏安排接收武昌全城。厚葬何腾蛟等殉难者，设坛祭奠。左部降军中没有什么大将，刘宗敏吸取之前屡次被明朝降将背叛的教训，将投降的左军全都打散编入各营。整合了降军、汤志等地方武装和周围零散的顺军部队之后，武昌顺军的总兵力达到了五万余人。中权亲军既已离开了李自成，便改称中营，和左营各分为五镇，中营五镇的主将为刘宗敏、蔺养成、郭升、周凤梧、汤志，左营五镇的主将为刘芳亮、刘希尧、刘世俊、刘汝魁、张洪，刘宗敏和刘芳亮为权将军，其余八将为制将军。刘宗敏以朱慈烺的名义任命堵胤锡为湖广总督，卢鼎为湖广巡抚，卢鼎部下的武自强、白良辅二将都被授予果毅将军之职，被分派给刘希尧和刘体纯。大明朝的文官制度和大顺朝的武将制度奇怪地捏合到了一起。部队完成整编之后，刘芳亮立刻率领左营东征九江，追击左良玉，彻底消除这个威胁。虽然江南有数十万明军，但是刘宗敏和刘芳亮知道他们没有谁会帮助左良玉，左良玉如果放弃九江，继续东进，势必被黄得功消灭，那么左军要么在九江城下投降，要么向南逃入江西，无论他们怎么做，刘芳亮下一步的动作都是收取江西全境，为大顺军赢得一块根据地。