苏州城西关厢，最终有一半在大火中被毁，顾炎武正带着壮丁队处理善后，一具具的焦黑尸体被抬了出来，他们中有很多是无人认领或者无法认领的，全都葬在了城外的义冢。
这一战，明军取得了胜利，但是代价也十分惨重。林庆业的突击一下子打乱了清军的阵脚，而且由于火势过大，连一部分清军都被陷住了，土国宝和张大猷只得撤兵，城内的内应也被王兴和刘保歼灭。吴易死于乱军之中，林庆业负伤两处，被创极重，恐怕要在病榻上待几个月了。出城反击的兵马死伤过半，城内也遭受了很严重的破坏。
但出乎守军意料的是，清军后撤之后，并没有在浒墅关一带停留，而是放火烧掉了营盘，望西而去了。
一时间，城内众首脑还以为这是土国宝又有什么阴谋，但是探子带回的情报说，清军确无阴谋，的确是一路疾行撤走了。顾炎武最先反应过来：“大将军攻打南京了！”
义兴三年十月二十九日，李定国兵临南京城下。
三山要塞还是没有攻克，李定国留下张洪和周凤梧困住守军，自己率领主力直扑南京。此时伊尔德和祖泽润指挥的清军援兵已经抵达了长江北岸，如果等到尼堪的主力到来，想攻克南京就更困难了。
十二万明军水陆并进，合围南京。南京城内的守军不下七万，但多为新募绿营，八旗兵仅有四千人，其中两千汉兵还被张大猷带去苏州了，所以洪承畴一开始就打定了坚守不出的主意。南京城墙极为坚固，洪承畴将城门外的所有建筑全部拆除，清扫了射界，居民也都直接逐走，城头布置了大量的炮位，一旦明军薄城，便会遭到清军优势火力的射击。在长江上，洪承畴布置了拦江铁索、木城水寨，但是这些设施根本没有起到什么左右，这些玩意已经是落后于时代的技术了，郑森指挥明军水师发动攻击，先以猛烈的炮火打击，随后以小艇突击，一天就击毁了三座水城。清军彻底放弃水上作战，并纵火烧毁了下关一带的船厂和码头。明军虽然有十二万大军，然而南京城墙外郭的周长却长达一百二十里，明军只能把十九座城门堵住，无法完全隔断南京城内外的交通。而且，明军也不可能把全部兵力都用于围困南京，李定国命贺兰分兵攻打长江以南的各个州县。这个任务可以说是轻松愉快，清朝的地方官们根本谈不上什么抵抗力度，他们手上无兵无将，基本上都是直接开城投降，朱旻如部甚至直接拿下了湖州，威胁杭州的陈锦、马得功的背后。贺兰本人则在镇江开城之后来到了丹阳县，在这里，他给从苏州归来的土国宝和张大猷备了一份大礼。
张大猷在本地县丞的接引下毫不怀疑地进了丹阳城。街道上空无一人，张大猷早已习惯老百姓躲着自己走了，也没放在心上。他没想到的是，城门突然关闭，随即明军皮熊部对他发起了攻击。街道两旁的门窗被砸破，露出了黑洞洞的炮口，在极近的距离向清军发射霰弹。经过了一个时辰的激战，张大猷及其部下汉军旗兵马两千余人除数百俘虏外被全部击毙。土国宝在入城时留了个心眼，故意堕后，一见张大猷中了埋伏，立刻掉头奔回常州。然而常州已经被一路尾随他而来的王兴占领了。其实王兴只有一千多人，而土国宝还有近三千的兵力，如果直接攻城，王兴恐怕就得落荒而逃了，但王兴选择主动出城袭击清军。土国宝被满城的明军旗帜以及大批化装成士兵的民壮唬住了，不敢与王兴交战，选择了向南逃跑，希望从尚未被明军完全控制的太湖西侧前往杭州，一路上他手下的兵马不断逃散，又连续被民间义军袭击。最终，前来拦截土国宝的朱旻如捉住了几百俘虏，可是怎么也找不到土国宝。直到数年之后，几个樵夫在密林之中发现了一具穿着官服的腐尸，土国宝的下落才有了最终定论。
在南京城下，刘希尧和田虎对城墙发动了攻击，可这座曾是明王朝都城的巨型城池岂是那么容易攻陷的，无论破坏城墙还是爬城都极为艰难。绿营的杂兵们虽然平地野战打不过明军，但是在城头放铳放炮扔板砖还是没问题的。明军连攻三日，没有丝毫进展，杨彦昌挨了一瓦片，左臂被砸骨折了。
伊尔德和祖泽润试图渡江增援南京，但是他们只有临时抢来的民船和运河上的粮船，想从周凤梧的封锁线通过简直就是天方夜谭，他们可还记得两年前阿巴泰的下场，到了大江之上，任你是如何神勇的勇士，都得把命运寄托在船上。他们更担心，就算尼堪带着清军主力到来，也会面临同样的问题。尼堪的船队由尚可喜负责指挥，孔有德部下的东江老兵在亳州之战中都快被李过杀干净了，已经没有水战优势。尚可喜部下那些长年出没于辽海波涛中的老兵的水战能力不输给任何人，可是他们的船不行，明军有大量的热带硬木，有广东、福建的众多船匠，还借鉴了一些欧式战船的技术。如今清军水师已经完全无法在外海与明军争锋了，也就是在内河上还能和明军水师打一打。原本清军在登莱、天津一带打造了一批大海船，这个季节正好顺风南下，可是现在由于明军水师的奇袭，清军已经丢掉了长江口的制海权，听说沈廷扬已经亲自返回了他的老家崇明，这时清军水师要是硬闯长江口无异于送死。于是，他们只能从海河进入大运河再南下。但是这些船南来之后究竟能不能对付得了明军水师，谁心里都没有底气。就算是不求击败明军水师，仅仅是把清军主力送到南岸，他们也不一定能完成任务。
既然硬实力不足，那就只能靠计策来弥补了。