长江南岸的明军目睹了高杰部的全军覆没，但始终没有派出一兵一卒策应。既是因为高杰平日嚣张跋扈，欺压友军，也是因为他们根本没有这个胆量。除了长江天堑，这些明军已经没有别的可以倚仗了，黄蜚和黄斌卿指挥水师巡游江上，清军无法渡江，明军现在只盼天气再热一些，把水土不服的清军逼走。
可是只靠老天爷怎么可能战胜敌人呢？清军虽然怕湿怕热，难以适应南方的气候，可是他们的坚韧顽强也不是这些明军能比的，在严格的军法制裁和江南财富的诱惑下，清军依然坚持不退。由于在江北的劫掠，清军的粮饷也很充足。北京的满清诸王深知这一战的重要性，夺取了明朝最富饶的江南地区，他们就能拥有压倒性的财政优势，湖广的闯军、四川的西军、福建的郑军等势力再想对抗他们就非常困难了。如果此役无功而返，天下就成了南北朝的局面，湖广的闯军有可能和南京朝廷联合甚至夺取江南，而清军连供养新投降的大批绿营都很困难，局面就很难预料了。所以，北京朝廷在甲仗被服、武器弹药方面竭尽全力支援多铎，又给南征诸将加官晋爵。博洛封端重郡王，尼堪封敬谨郡王，勒克德浑封顺承郡王，其余众将也各有封赏，不计任何代价，一定要打赢这一仗，消灭南明朝廷。
两军对峙了近半个月，黄得功等明军将领一度以为他们扛住这一波攻击了，只要清军撤退，他们再来就得等明年了。可是就在刚刚有了一点希望的时候，沉重的打击突然降临。
“父亲！田雄、马得功二贼降虏！清兵过江了！”黄得功的义子黄飞浑身是血跑了进来，驻扎在当涂的田雄和芜湖县城的马得功突然反叛，打了黄得功部一个措手不及。黄飞哭道：“田贼突然反叛，引清兵过江，诸葛晋明将军在采石矶拼死抵挡清兵，王东日将军在太平府城被田雄围攻，让我回来报讯，不想路经芜湖，又遭马得功突袭，随行二百余人几乎全部战死……”黄得功拍案而起：“立刻前往三山，与叛徒决一死战！通知文麓（黄蜚的字）、明辅（黄斌卿的字）二位将军，水师立刻出击，务必把清军拦截在江北！”
在三山前线，翁之琪、邓林祖、杨彪等少数还有勇气的明军将领正在与清军和叛军奋力死顶，但是监军徐准、总兵于永绶等人已经开始四散奔逃，很多人直接投降了清军。黄得功赶到的时候，清军已经在鲁明江上搭起了浮桥，冲到了西岸，到处都是逃窜的明军，有的人甚至伏在地上，一头扎进泥中发抖，黄得功气得挥鞭乱打，却遏制不住这兵败如山倒的局面，芜湖大营八万明军，竟在一夜之间作鸟兽散。黄得功原本就是冲锋陷阵的骑将，从未指挥过这么多兵马，他手下的部队绝大部分也都不是他的嫡系，而是各路败兵七拼八凑而成，出现这样的结果并非意外。
赶去拦截渡江清军的黄蜚和黄斌卿眼前出现的却是更惊人的景象，长江之上竟然架起了一座浮桥，田雄和马得功早就测好了采石一带的水文，把这几个月来拘扣的民船全都拿了出来，和清军两头对进，仅仅花了三天的时间，就建起了一座浮桥。而由于采石附近都是田雄的人在驻防，黄得功、黄蜚等人得知这个工程的消息时，浮桥已经快要完工了。待到黄蜚赶到，已经有大批的清军从浮桥渡过了长江。
也有一些明军部队反应及时，总兵诸葛晋明、守备王东日二人就发现了田雄的动向不对，他们一面派人给黄得功报讯，一面率部赶往采石和太平府城，想制止叛乱，但是报信人在芜湖被马得功劫杀，诸葛晋明和王东日也很快陷入了叛军和清军的包围。
黄蜚和黄斌卿赶到时，太平府城已经笼罩在火光之中，王东日所部已经全部殉国，而采石矶依旧炮声隆隆，诸葛晋明还在奋力死战，由于他扼守要道，大量的清军被迟滞在了江边，难以投入三山方向对黄得功主力的进攻当中。黄蜚的眼睛发红：“明辅速去救援诸葛将军，我来截断浮桥！”黄蜚亲自擂鼓，一时间江上鼓角之声大作，明军水师向清军发起了全力突击。
当年北宋灭亡南唐，就是在采石以浮桥过江，但当年的南唐可没有如此强大的炮船，清军敢在明军水师占优势的情况下这样强行渡江，也是悍勇至极了，江南水乡无尽的财富，足以刺激得任何人铤而走险。清军水师在孔有德、耿仲明、沈志祥的指挥下前来迎战，辽海之上的老对手，在长江上又相遇了，仇人相见分外眼红，黄蜚要报杀父之仇，孔有德、耿仲明则恼怒他们叛逃时黄蜚拦截他们，双方迅速缠斗在一起，马得功指挥着叛军的水师也加入了战斗。
黄斌卿的舰队抵近江边，用火炮支援诸葛晋明，清军也用火炮还击，但是清军的数量实在太多，诸葛晋明兵微将寡，根本抵挡不住，撑到现在已经是极限了。黄斌卿也不打算把他们接走，因为一旦船只靠岸，就有被清军夺取的可能。现在只能盼着黄蜚快点截断浮桥了，但是由于清军水师的阻挡，黄蜚迟迟不能靠近浮桥，几次施放火攻船，也都被清军用小艇拦了下来。驻扎在南京的明军操江提督刘孔炤得知消息也赶来增援，但是他的船都是临时征用的粮船，根本不适合作战，被清军一顿炮火就赶走了。
孔有德、耿仲明、沈志祥也非常紧张，目前已经有贝子屯齐指挥的清军三万余人渡过了长江，黄蜚赶来的时候，饶余郡王阿巴泰、都统准塔正在率部渡江，如果浮桥在这个时候出事，他们一定会吃不了兜着走。可是明军水师实力强大，他们是无法长时间阻拦的。孔有德向多铎和豪格建议，阿巴泰部渡过长江后就不要再冒险渡江了，仅凭南岸的清军加上田雄、马得功的部队，已经足以解决黄得功，至于明军水师，可以留待以后再说。
眼看阿巴泰的旗号向东移动，黄蜚的心中愈发急躁，终于，黄蜚下令道：“挂满帆，全速突击！”一旁的总兵胡学海愣了一下：“大帅，太危险了！”黄蜚说：“空有水军上万，战船百艘，却任由虏骑过江，你要我做千古罪人吗！速速前进！”
黄蜚不顾性命的突击让清军一下子乱了阵脚，一艘清军战船躲避不及，与黄蜚的座船相撞，清军战船较小，立时碎裂沉没，黄蜚的船头也开了一个大洞。黄蜚率领的十几艘战船陷入了孔有德、马得功两部的夹击之中，左右两舷都遭到清军炮火的攻击，死伤很重，黄蜚的脸上也被飞溅的木片击中，鲜血长流，然而现在就算黄蜚想停船也停不住了，船只顺风顺流，一头撞上了浮桥，岸上江上的明军中响起了阵阵欢呼。