指挥左军水师的是马进忠和金声桓。马进忠绰号“混十万”，曾经是陕西的反王之一，后来受了招安才隶属于左良玉。金声桓则是东江出身，先跟着孔有德一起反明，半路又投了尚可喜，旅顺沦陷之后，他觉得东江没前途，不想继续在辽海吃苦了，于是跑到关内投了左良玉，还曾经隶属过何腾蛟麾下。何腾蛟对金声桓十分器重，多方保荐，不久前他才又调回左良玉麾下。
马金二人都和何腾蛟私交不错，又都是左良玉部下的实力派，何腾蛟也和他们提过，能否阻止左军屠城？在金声桓看来，这就是何腾蛟的腐儒之见，不多杀几个刁民，军饷从何而来？马进忠倒是比较有良心的人，他也当过老百姓，知道被“打粮”是什么滋味。但是眼下的局势由不得他做主，左军中的大部分将领都想借屠城之机发财呢，他阻止又有什么用。对于东下南京的计划，马进忠也很支持，不就是造反嘛，多大点事。
可眼前的情况是，要想保证左军屠城顺利，就必须得用水师顶住长江防线，不让顺军渡江。这可就不太合金声桓和马进忠的意了，你们在城里大发横财，要我们在这儿拼命？马进忠与卢鼎关系不错，卢鼎这两天一直在给他吹风，说情况可能有变，到时候要马进忠审时度势。卢鼎没明说是情况有什么变化，但是马进忠也能猜出八分，无非就是江对岸的闯军有行动，反正他的位置在金声桓的东北方向，地处下游，正对汉口的刘芳亮部，真要有什么不测，他把帆一扬，顺着江水就跑了，谁也别想逮着他，所以他什么也不怕。
顺军千帆竞渡的景象，倒是引起了马进忠心中的一丝艳羡。他一度觉得，大明朝天命未绝，官军如此强大，岂是能轻易打败的，所以他才选择投降了官军。可是没想到，李自成这个愣种就是不肯投降，最后竟做出了这样的大事业。当年马进忠是李自成的前辈，可现在想和刘芳亮、袁宗第平起平坐都难。而接下来的景象就完全在他的意料之外了。一艘高大的楼船上打着一面旗帜，上书“大明太子朱慈烺”七字。
崇祯帝的三个儿子太子朱慈烺、永王朱慈炯、定王朱慈焕投降了李自成，太子被封为宋王，永王、定王被封为公爵，这件事其实传得挺广，马进忠也有所耳闻。只不过此事大失朝廷体统，大家谁也不愿提起。弘光继位之后，崇祯之子的下落更是关系到弘光的合法性，自然更没人敢提，但是假太子一案闹得沸沸扬扬，关于朱慈烺下落的讨论又在街头巷尾传开了。马进忠转念一想，既然三个皇子都投降了李自成，那么在这里见到也是情理之中的事，随即就明白了卢鼎的用意，他的脑海中飞快地转过了几个主意。
阵前倒戈？对于马进忠来说，这也不是不能接受，但是这支队伍并不是他一个人说了算，还有马惟兴和马士秀这两个实力派。他们都是陕西老乡，又同为马姓，关系十分密切，可真到了关键时刻，也靠不住。尤其是马士秀，他是李自成麾下的叛将，投降朝廷之后又多次与农民军为敌，不可能再回去投奔顺军，所以他是最支持左军东下的那一个。马进忠自己也觉得投降不是个出路，事前什么都没谈，直接投降和当俘虏有什么区别。
就地抵抗？当然更不可能，谁吃饱了撑的替左良玉去拼命。如果对手是清军，马进忠还可能鼓起勇气去挡一挡，打自己昔年的陕北老兄弟？别扯了。马进忠当即决定，扬帆起航，全军跑路，先奔黄州再说。
马进忠这一跑，可把金声桓给卖了。金声桓正和周凤梧在大江上激战，原本他的兵马对于打这一仗就不情不愿，突然看见明朝太子的旗号，更是军心混乱，这下马进忠逃跑，他们的退路断了，哪里还有战心。何鸣陛、徐文灿、汤执中、熊存车四将率部向西南逃去，奔向全口镇。然而逆流而上哪有那么容易，金部的队形顿时被搅得乱作一团。金声桓打了这么多年的败仗，每次都能逃命，当然也不是白给的，早就做好了逃跑的应急方案，他自己的座舰就停在武昌的码头上，立刻下令全军弃舟登岸，带着自己的亲兵逃之夭夭，至于其他部下，能逃出多少算多少吧。金声桓的部下有的登上了东南岸，跟着金声桓逃命或者自寻出路去了，有的追着马进忠向东北逃跑，有的向西南逃窜，至于来不及逃跑的，只有少数负隅顽抗，大部分都直接在江上倒戈投降。这些普通的当兵的，跟着谁干不是干，金大帅既然不要他们了，跟着刘大帅去杀金大帅就是理所当然的。被金声桓抓来操船的船工水手更是不想送死，有的水性好，干脆跳入江中凫水逃走，把满船的官军都留给了顺军。
左良玉的病势已经十分沉重，正躺在榻上昏昏沉沉，忽然，儿子左梦庚推门闯了进来：“父帅！卢鼎这个王八蛋和阎紫金一起开了城门，马进忠和金声桓都逃了，闯贼进城了。项煜到处嚷嚷说先帝的太子来了，带着城里的文官迎贼。”左良玉长叹一声，叹的不是打了败仗，打败仗有什么了不起的，他这辈子打的败仗多了去了，还不是一次次又东山再起。他叹的是这个儿子实在是太废物了，遇到这么点情况就慌成这个样子。“蠢材，咳咳，闯贼进城了，我们撤就是了，亲兵还控制了一批船只，我们去九江……带上何腾蛟，别让他死了……”左良玉又剧烈地咳嗽了起来，左梦庚急忙跑了出去。
此时左家的内宅中也是一片混乱，左良玉的夫人急匆匆地收拾行李。正闹嚷间，女儿左梦梅奔了进来：“父亲怎么样了？”左夫人抹了抹泪：“一直发热，还咳得厉害。”左梦梅说：“我有急事要见父亲，兄长最近一直在和王世忠、董源二人密谋，恐怕要出大事。”左夫人只是哭哭啼啼。左梦梅和老太太也实在说不清楚，急急忙忙又跑了出去。