江西、湖南、广东、广西都算是好解决的，闯军最大的难题出在四川，这里有一位老朋友在等着他们。
张献忠，明末农民军中公认的二号人物，他和李自成是十几年的交情了。李自成的闯营和张献忠的西营多次并肩作战，双方将士的感情很深，每当其中一人吃败仗，总是会寻求另一人的帮助。但是随着李自成和张献忠的势力越来越大，两人之间渐渐产生了裂痕。崇祯十五年，张献忠为左良玉所败，一度在名义上尊奉李自成为盟主。可到了崇祯十六年，李自成攻克襄阳，张献忠攻克武昌，李自成自称奉天倡义大元帅，张献忠自称西王，双方便产生了矛盾。李自成派人责问张献忠，张献忠也自知实力不足以和李自成冲突，便放弃武昌，南下湖南。张献忠本来有在湖南建立根据地的打算，已经开始推行三年免征，把没收的豪绅、藩王土地分给穷民，建立县级政权，可不知道为什么，他却突然放弃了湖南，选择转进四川。
虽然双方生了嫌隙，但并未发生冲突，李自成还是试图拉拢张献忠，他在西安建国称帝之后，册封张献忠为秦王。当时李自成刚刚打败孙传庭，席卷陕西，收降全部秦军，张献忠的实力明显不及李自成，便接受了李自成的册封，在四川使用大顺的永昌年号。但是随着山海关之战的消息传到四川，张献忠又攻下了成都，实力大增，于是他撇开了大顺的旗号，自称大西皇帝。李自成原本派马科去接收川北州县，但是得知张献忠自立的消息之后，紧急下令让马科撤回。大顺军的正面面对着清军的威胁，实在不能在背后再多竖敌了。
之前李过、高一功等率领西路大顺军从四川经过，张献忠的义子张定国放他们通行，在这期间他们了解到了一些情况。张献忠现在的处境很不好，他刚到四川的时候，李自成正横扫北方，眼看大明的统治就要土崩瓦解，因此四川的明朝官员纷纷改换门庭，改投张献忠门下。但是南京的弘光朝廷建立之后，派了川陕总督樊一蘅、川楚总督王应熊两人来给张献忠捣乱（这俩人的官职合起来看的话十分奇葩，这也是明末的诸多乱象之一：一个地方归好几个督抚管辖）。李过等人通过四川之后不久，明军曾英部攻下了重庆，张献忠派他的义子张文秀去反攻重庆，结果遭遇了失败。各地士绅叛乱不绝，张献忠四处派兵镇压，脾气也变得越来越喜怒无常，杀戮越来越多，甚至有一些部下的将领也因为一些不大的事情被罢黜甚至处死。张文秀因为重庆之战的失败，被降成了游击，张定国劝说张献忠不要杀戮太滥，镇压叛乱时诛杀首恶即可，不要祸及被胁从的无辜百姓，不料张献忠大怒，把他降职成了千总。
张献忠原本有三位军师——徐以显、潘独鳌、汪兆龄，后来潘独鳌在和黄得功部的战斗中战死，徐以显在张献忠攻占岳州时不明不白地溺水而死，汪兆龄便一家独大了。汪兆龄和宋献策一样，精通谶纬之学，因此得到了张献忠的宠信，但是他的人品和宋献策相比可差得太远了。汪兆龄为了实现自己一人之下万人之上的地位，极力挑拨张献忠和他的四个义子张可望、张定国、张文秀、张能奇的关系，由于张献忠到了四川之后接纳了大批四川士人加入政权，汪兆龄生怕他们威胁自己的地位，极力鼓劝张献忠多杀川人，西军众将与四川士绅百姓均深恨汪兆龄，但是因他得张献忠宠信，都敢怒不敢言。
此次袁宗第统兵入川，刘宗敏事先叮嘱他，先不要和张献忠起冲突，把主要精力放在收编四川的明军上。首先就是重庆的曾英部。曾英是福建莆田人，与黄斌卿同乡，张献忠入川时，曾英的部队被击溃，负伤藏匿民间，却不意遇到了一位奇女子董琼英。董琼英是本地富户之女，率领族人结寨自保，抵御盗匪，手下有苗人、土人女子数百人，武艺精熟。在董琼英的帮助下，曾英重新聚集部队，攻克重庆。杨嗣昌的旧部朱化龙占据茂州，秦军出身的赵荣贵占据龙安，叙州有樊一蘅、甘良臣、马应试、侯天锡等部活动，杨展占据嘉定，曹勋占据黎州、雅州，巴东有谭文、谭诣、谭弘三兄弟，是方国安的旧部。这些明军中有很多都十分凶残，甘良臣、赵荣贵、马应试等大肆杀掠百姓，三谭也以残暴无纪著称，百姓歌曰：“武臣怕死又爱钱，不愿遇兵愿遇贼。”但也并不是所有的明军都如此，嘉定的杨展就以爱民如子著称，四处购买粮食，组织百姓屯田，活川民无数。
四川也有很多农民军在活动，源自当年曾与张献忠联合作战的陕西农民军摇天动、黄龙所部，如今以争天王袁韬为首，还有整齐王张显、副反王刘惟明、黑虎混天星王高、夺天王王友进、争食王靳可擎、行十万扈九思、震天王白蛟龙、二哨杨秉胤、托天王马朝兴、九条龙梁时正、闯食王、顺虎过天星等人，合称为“摇黄十三家”。在所有农民军中，摇黄十三家的军纪是最差的，在达州、巴州一带杀戮劫掠，李自成和张献忠都曾经招降过他们，可他们一直没有应召，只想当土皇帝。
最后，还有王应熊驻扎在遵义，他手下最主要的将领是王祥，过去曾经是他家的仆人。王祥是个比较有能力的将领，组织难民开垦土地，不过对治下百姓的压榨也很厉害。他的夫人熊氏是一位女中豪杰，手下有一队女兵，尽着男装，十分勇健。不过王祥为人傲慢，尤其鄙视文官，因此人缘极差。再往南是占据贵阳的总兵皮熊，皮熊是一员老将，出身于商人家庭，以疆场厮杀得居高官，曾经参与平定奢安之乱。为人很有骨气，在自私自利方面也很突出。不过这些人已经在贵州的范围内，由刘体纯负责，袁宗第就不去管了。
自然灾害和各方势力的混战令四川蒙受了深重的灾难，很多地方十室九空。日后成为保护动物的华南虎，如今却是在四川泛滥成灾的恐怖存在，甚至发生过知县在城中被老虎叼走的事情。袁宗第的任务十分艰巨，要把这么多的军阀势力全部统合起来，变成可以抗清的力量，要恢复四川的社会秩序，组织生产，还要处理好和张献忠的关系，这些事情没有一件简单。果不其然，刚一入川，川中军阀们就给袁宗第来了个下马威。