清军碰上了大麻烦：长江。得知左良玉举兵东下的消息，南京弘光朝廷的首辅马士英本打算调集水师前往上游迎战，但是黄得功很快送来了新消息：左良玉被闯贼打败，并被黄蜚和黄斌卿歼灭。不久，李自成战死，朱慈烺与刘芳亮同行的消息也传来了。
尽管弘光皇帝竭力否定朱慈烺的存在，但是马士英很清楚这件事的真实性，因为他的情报来源是何腾蛟的遗书。何腾蛟临终前把武昌的情况写成信件，命亲信家仆送往南京，马士英与何腾蛟同乡，相识已久，了解何腾蛟的人品，这封绝命书绝不会有假。
清军血洗扬州的消息被难民带到了江南，引起了巨大的恐慌，清军数十万陈兵江岸，而明军主力除了黄得功部之外都已不存在。已经开始有人议论，是史可法的抵抗才招致清军屠城，如果直接投降的话，说不定就不会有事了。
马士英现在最担心的是，如果现有的军队之中再出了叛徒，大明就真要完蛋了。黄得功、黄蜚、黄斌卿三人因为同姓过从甚密，这三人素来忠义，大节是不用担心的，作战也很勇猛，但是他们也都有明末军阀的通病，比较自私，关心自己的兵马地盘，对其他各部明军非常敌视。更何况现在长江上游还有顺军和高杰的威胁，马士英也不敢随意调动他们，让他们在芜湖、太平一带保住南京的左翼就很不错了。南京下关码头驻守的水师是操江提督刘孔炤所部，这个人的可靠性就很值得怀疑了。刘孔炤爵封诚意伯，是明朝开国功臣刘基的后人，但是他的为人却贪婪阴毒，为了爵位不惜杀害叔叔和继祖母，又善于逢迎拍马，权力欲旺盛。马士英得势，刘孔炤自然就成了马士英的同党，但马士英心里清楚，刘孔炤是靠不住的，到了关键时刻不叛变就不错了，绝不能指望他正面迎敌。南京下游的镇江江面上，是郑鸿逵、郑彩部驻守。郑鸿逵是郑芝龙的弟弟，作为中国沿海的海贼王，郑军在水上的战斗力是靠得住的，因此马士英把希望都放在了郑鸿逵身上，郑鸿逵的防区正对扬州，也是清军最有可能渡江的地方。
弘光元年六月八日夜，清军趁着大雾从瓜州渡江，长江之战开始了。
满洲兵当然是不会打头阵的，带头渡江的是张天禄、张天福兄弟和杨承祖。二张都是陕西榆林人，也是被李自成打剩下跑到南方的秦军残部，杨承祖则是仅次于李自成和张献忠的农民军中第三大豪帅罗汝才的外甥，罗汝才部被李自成吞并之后，杨承祖投降了明军。虽然过去和闯军交战的时候都被打得落花流水，但是打起一般的明军来他们就得心应手了，二张兄弟还参加了扬州大屠杀。杨承祖前不久还是明军的时候，和李成栋等人一起南奔到江边，想渡江逃到江南，结果被郑家军拦截，一顿炮弹招呼，死伤惨重。这一次杨承祖有满洲太君们当后盾，胆气顿时壮了，决定好好教训教训这些南蛮子。八旗兵随后跟进，李率泰指挥的汉军和努尔哈赤的侄子拜音图指挥的满军先后下水。
驻守金山的明军，突然发现大雾之中出现了满江灯火，鞑子渡江了！守军当即发炮射击，然而就在此时，一阵大风突然席卷江面。
杨承祖、张天禄、李率泰等人都暗叫一声不好，满天大雾被风吹开，镇守金山的郑彩急忙下令停止开炮，因为他分明看见，奔着金山方向来的只是几百只点着灯的木筏而已，根本不是清军的主力，与此同时，把本阵设在北固山上的郑鸿逵发现，无数船只向着自己冲来。郑鸿逵长出了一口气，这可真是侥天之幸，如果让清军冲上岸来，自己手下的水师就只有任人宰割的份了。郑家水师装备的都是大型帆船，在无风的情况下无法出战，但是现在风来了，郑鸿逵立刻下令炮台开火，水师全军出击，迎战清军。
一心想立头功的杨承祖首当其冲，他的部下大多是陕西来的旱鸭子，虽然转战湖广、南直隶期间也收了些熟悉水战的部下，但毕竟数量有限，和自幼生长于波涛之中的郑家水师无法相比。郑军船只是真正的战舰，有的甚至装备了十几门、二十几门红夷大炮，而清军的船只却都是临时抢来的渔船、商船、客船。无论是炮战还是接舷战，清军都全面处于下风，杨承祖部下乘坐的船只被一艘艘击沉、俘虏。杨承祖急忙下令掉转船头，向东北方向逃跑，然而就在他的座船转向的时候，两艘郑军战舰瞄准他的大旗发动了齐射。桅杆带着杨承祖的旗号喀喇喇地倒了下来，杨承祖躲避不及，被压在船帆之下，一条胳膊也摔断了。亲兵们急忙上前抢救，刚刚把杨承祖拉出来，另一艘郑军战船已经逼近，集中火力猛烈轰击，无数小型弹丸清扫了甲板，顿时血肉横飞，杨承祖和他的亲兵们一起被轰成了碎肉。
其余清军眼看情况不好，急忙撤退，郑家水师肆意追杀，放炮送行，一直追到靠近北岸的位置，孔有德、耿仲明和新降的明军总兵李遇春指挥清军炮台开火，这才把郑家水师击退。这一场恶战下来，清军竟折损上万，杨承祖所部几乎全军覆没，张天福、张天禄兄弟也损失惨重，拜音图和李率泰的八旗兵也有不小的损折。虽然死的大部分都是绿营兵，并不心疼，但毕竟也是自南征江淮以来罕见的大败。更让多铎等清军将领憋气的是，大部分战死的清军连挥刀的机会都没有就直接葬身江中。
清军在瓜洲休整了三天，六月酷暑，十分难熬，清军中开始有人提议回京避暑。清军很疲惫，又在江北繁华之地大肆屠掠，缴获战利品无数，很多人都不想再打了。但是刘良佐、张天禄、李成栋等降将极力反对撤军，他们拼命鼓吹江南的花花世界富庶远过江北，南京、苏州、杭州等地富甲天下，南都勋贵们个个肥得流油，不亚于李自成在北京拷掠的那些勋贵。众降将纷纷表示，明军在陆地上不堪一击，只要设法偷渡长江，就可以轻易击败他们。
多铎心中很鄙视这帮家伙，但是作为征服者，带路党总是不嫌多的，现在还得用他们。多铎最终一槌定音：“先灭高杰、黄得功，再取南京！”