济尔哈朗后撤的原因很快就搞清楚了，主要有两个。第一，自然是因为人民群众的力量是无穷的。明军在南方取得的胜利极大地鼓舞了北方反清义军的士气。谢迁、马宝、庄鼐等人的队伍滚雪球一般扩大，甚至有四年前杀害大顺官员降清的士绅，现在又对大清的官员故技重施。很多逃人以及因圈地失去土地的农民都躲藏在直隶西部的山区，现在他们纷纷下山，袭击清朝官吏。同样的事情也发生在山西和豫北，其中交城一带的义军最为活跃，其首领任亮、王堇英、郭彦等人的渊源甚至可以追溯到明末农民战争初期的太行山三十六营。整个清统区遍地狼烟，竟然找不到一个没有警报的府，被打破的县城多达二十余个。最大的损失是谢迁对德州的奇袭，虽然德州清军拼死抵抗，没有让义军攻破城池，但是运河上的粮船却被义军烧毁。
第二个原因则是，河南提督李成栋在和明军没有任何联络的情况下突然宣布反正。在怀庆、卫辉、彰德三府来了个“留头不留辫，留辫不留头”，凡官员、胥吏及绿营兵将不剃发者一概处斩。紧接着，他又攻下了直隶的广平、顺德、大名三府以及山东东昌，守卫这些地方的全都是绿营兵，要么与李成栋是一党，要么就是在毫无准备的状态下被李成栋偷袭。
李成栋的突然倒戈让明清两方都很懵，李成栋一贯被视为铁杆汉奸，怎么突然就反正了？更懵的是孙可望、刘体纯、艾能奇、张能等人，他们与李成栋只隔了一条封冻的黄河，为什么李成栋干这么大的事都不叫上他们？
不是说到了1648年就一定触发“李成栋反正”事件，李成栋之所以这么做，自有他的考量。本时空他没有擒获两帝、扫平广东的功劳，做到河南提督也是恰如其分，大清并没有亏待他，他也没什么不满意。可是，他对大清的现状不满意，你大清要完，老子不能跟着完。
但是，李成栋有嘉定三屠的黑案底，按照原先高一功定的标准，就算反正了也得罢官流放。对于那些在西安围城中的人，在流放青海与掉脑袋之间肯定选择前者，而他李成栋现在选择的余地还是比较大的。高进库的投降，让李成栋认为事尚有可为。要想反正之后保住地位，他就必须干出惊天动地的大事来，如果事先要求明军主力配合，那他和高进库又有什么分别？于是他没有通知黄河以南的明军，便自己干了起来。
东昌失守，德州遇袭，济尔哈朗的后路被切断。此时的清军已经不敢像崇祯年间那样以一万兵马甚至数千兵马就在山东纵横掳掠了，济尔哈朗决定以主力打通后路。此时大运河封冻，东昌的地位倒并没有那么重要，李定国等人不由得感叹，济尔哈朗不如皇太极、多尔衮远甚，如果是皇太极指挥清军，哪怕是多尔衮来指挥，都很可能选择先在徐州进行一场大会战，一战打垮明军再考虑后路的问题。他的这个回撤计划固然稳妥，但是基本上意味着放弃山东，清朝还有多少地盘可以放弃呢？如果在徐州不能迅速击败明军，就算后路畅通，再和明军决战，又有什么区别？失去江南之后，清军已经禁不起长期的消耗了。除非能一战击垮明军，再下江南，否则清朝怎么都是个死。
海时行反正之后，清军在山东的绿营兵力出现了巨大的缺口，始终没能补上。由于这段时间反清起义的大爆发，济尔哈朗基本上失去了与青州、莱州、登州三府的联络，如果不是因为季风不合适，明军很可能已经在山东半岛大举登陆了。兖州府东南部的沂州一带，也已经被庄鼐占领，目前清军正在与谢迁、马宝争夺济南府。济尔哈朗认为，山东百姓“不服王化”，现在又没有兵力去进行大规模的清剿，继续统治山东已经成了赔本买卖，还不如就此放弃义军活跃的鲁东、鲁南，只保留东昌府一带。济尔哈朗的睿智操作对于明军来说简直是千载难逢的两季，李定国派出党守素部迅速渡过黄河，进军沂州，进而收取整个山东。委任谢迁为山东权将军，周凤梧出任江南权将军，负责留守南京，供给军需。
是否追击清军？明军经过了几个月的战斗，大量的物资被消耗，也产生了很多伤病员，的确有休整一下的必要。何况现在运河封冻，交通不便，不如等开春南风起后，明军沿着大运河以及海路北上更为便利。
但是目前，明军后方轮输转运的压力虽然不小，可也没到承担不起的程度。官府依旧按例支付民工的报酬，百姓虽然劳苦，生计却还无碍，赣江、湘江水运在冬天也能正常运转。想当初最艰难那会儿，闯军、西军天天被官军追杀，天天无后方作战，也没说一定非得休整不可。明军既能休整，清军也能，如不趁着江南大捷，天下军民群起反清的机会死死咬住清军，让他们喘不过气来，倘若让清军缓过这一时，重整旗鼓，指不定又要出什么事情。最终李定国决定，大部队留于南京、扬州休整，整编投降绿营，只派刘汝魁、郭升所部北上，配合党守素、郝摇旗攻击撤退清军的尾部。重点放在西线战场，孙可望、刘体纯、李来亨所部蓄锐已久，该投入山西战场了。将山东、山西的局面同时打开，断清军两臂，将其彻底逼至幽燕一隅之地。
刘体纯特意把渡河地点选在了渑池，十五年前，陕西、山西的农民军就是从这里杀入中原，开始了一场席卷天下的狂飙。孙可望率领滇军从潼关渡河，攻下风陵渡，李来亨则由韩城渡河。
清军为了应对南方战事，在山西征集粮草，百姓早已怨声载道，反清起义频繁，现在明军主力大举入晋，反清运动迅速蔓延至山西全境。明朝旧将万练率领自家家丁打开偏关城门，迎接郭君镇入城；董学礼闻讯落荒而逃，刘文秀接连收复保德、宁武、岢岚。另一个明朝旧将刘迁占领了雁门关，又攻下代州、繁峙、五台，兵临太原城下；胡国鼎夺下潞安；陈杜、张斗光占据泽州；牛光天攻克平顺；虞胤打下蒲州、临晋、河津；姜建勋配合交山农民军占领交城；魏世骏前出河南接应刘体纯。就连崇祯朝的最后一任督师李建泰，都在家乡曲沃竖起了反清复明的旗号。明军所到之处，皆有本地义军响应，清朝官员除反正者外非死即逃。到了义兴四年三月，郭君镇受封山西权将军，此时整个山西已经只有太原、大同两城还在清军手中。