亳州之战是自明清战争爆发以来，最为惨烈的一场大战。参战明军约有十四万，其中李过、张能、郝摇旗统率的鄂、楚、桂部队承受了清军的连日进攻，发生了陈邦傅之变，在最后决战中硬抗了清军的数次突击，又在强渡涡河的过程中被清军压制在滩头，伤亡最重，损失超过一万八千人，再加上大量伤员，能保持战斗力的只剩下一万多人。高一功带到亳州战场的兵马战死在八千以上；刘文秀部阵亡两千四百余人，伤亡高达三分之二；川军也有五千余人阵亡，伤者七八千；李定国部则损失了近千人。明军总计付出了三万五千人的代价，如果算上将来要因伤退役的人，这个数字将接近四万。
参战的清军有十万之众，其中尼堪部的战斗力最为完好，只损失了约两千人，亳州之战结束后，明军的士气已经不足以再和清军打一场大战，刘文秀撤去了鹿邑之围，放尼堪和尚可喜撤回。岳乐部兵分五路，往来奔驰一番，掉队的人不少，但是天亮后陆续都返回了营地，战死的有四千余人。瓦克达、孔有德等负责围攻亳州的兵马经历了和李过部的苦战，损失了约一万兵力，也被基本打残了。多尔衮、满达海指挥的本队伤亡虽然也很大，但是还算可以接受，损失了约五千人。然而，这之中有一个最重要的人物——多尔衮。
军医们不敢拔出多尔衮身上的箭头，一旦贸然拔箭，很可能带下一块肉来，更会立刻鲜血狂喷。而多尔衮现在已经失血过多了，剪开肌肉取箭头也不现实。多尔衮清楚，自己的日子走到尽头了。
回忆起来，过去的很多事情现在变得可笑，自己处心积虑斗豪格，斗济尔哈朗，结果又如何？自己身死之后，万事皆空，阿济格、多铎皆非治国之才，国政还是会落到济尔哈朗手里。
在此次战役中战死的两万一千多名清军里，旗人占了半数，其中真满洲兵将有五千多人。可是从亳州战场撤出的次日，多尔衮就接到了阿济格的报告，李来亨、郭君镇发兵攻击黄河沿线的多处渡口，其众不下数万。
兵力上的巨大差距难以弥补的，多尔衮早已不止一次意识到这个问题。当年孙传庭曾经有过疑问，为什么李自成被打败十次八次，都能东山再起，他孙传庭仅仅打了一个败仗就万劫不复？其原因就在于闯军的兵力是无穷无尽的，中原百万饥民皆要反明，孙传庭那连饭都吃不上的十万大军又如何抵挡得住。其实清军的机会就在于趁着大明朝已经腐朽头顶，大顺朝还没能站稳脚跟的机会，一举摧垮闯军和西军的少数主力部队。那样的话，他们就有足够的资源和时间去组建大批绿营，去填满各处的战线，然后把八旗兵用在关键地方施以致命打击。这样便会一直控制住全国大部分的资源，始终把闯军和西军压着打，让他们没有余裕去恢复实力，直到彻底消耗光。然而大清错过了这个机会，让大明、大顺、大西三股力量合为一体，成功地建立了新的统治。如此以来，清军面对的对手就不再是过去的大顺军、大西军那样以少数老兵为核心，还没有完全整合的一次性军队，而是拥有强大的再生能力，可以长期持续作战，有源源不断的粮饷、物资、兵员供给的军队。偏偏最近的几次大会战，清军都没能对哪支明军主力进行歼灭，明军就算伤亡过半，也能迅速地补充兵员，恢复实力。明朝控制区内几千万的汉人已经让多尔衮头大了，还有蒙古人、回人、羌人、藏人组成的轻骑兵，苗人、瑶人、黎人、僮人、彝人、傣人组成的山地步兵，中华万里江山，有无数能征惯战之士，过去他们只是缺少有效的组织，才根本发挥不出实力，可如今的他们纪律严格，器械精良，饷沛粮足。从数字上来看，清军大可以宣称自己是亳州之战的胜利者，毕竟他们的伤亡数字只有明军的三分之二。可是清朝实在承受不起这样的胜利。勒克德浑死了，算上在其他战场上的损失，满洲兵在这短短一个月的时间内又少了将近六千人，就算现在立刻结束战争，这个民族至少也需要一两代人的时间来恢复元气。因为不知道李过和高一功的死讯，所以唯一能让多尔衮稍感欣慰的也就把尼堪、瓦克达、满达海、岳乐这四个侄子活着带回来而已。
入关以来，死于南兵之手的、死于瘟疫的满洲丁口已经超过两万。至今在天津一带还有“土贼作乱”，满洲人单身离城往往会被那些让圈地令害得家破人亡的百姓打死。清军当然也有可以源源不断再生的军队，他们控制了大片土地，粮饷也充足，招募绿营是很容易的。可是随着最早那批明军降将不断被干掉，绿营的质量越来越差。更何况如果仗都让汉人去打，满人的地位又如何保证？满洲人走到这一步，已经是走到死胡同了，再这样和明朝打下去，战亦死，不战亦死。
在临死之前，多尔衮做了最后一件事，将瓦克达、满达海、岳乐三人晋为亲王。他的野心也好，梦想也好，都只能留托后人了。
亳州战役既然结束，其他战场上的战斗也没有再继续的必要了，清军战术上的胜利换来的却是战略上的大撤退。河南省的黄河以南部分除归德外被完全放弃，清军主力返回归德，要张存仁赶来会合，张存仁围剿山东明军余部，进而消灭谢迁部的计划只能放弃。李成栋成功地带着自己的嫡系兵马以及阎可义、郝尚久等跟随他较久的杂牌毫发无损地带去了卫辉府，代价是全部辎重和驻守许州的河南本地绿营被刘体纯一网打尽，至于他是怎么做到的，那就不足为外人道也。高第就没有这么好的本事了，他从洛阳突围，前往怀庆府，一开始还很顺利，但是就在他快要突出包围圈时，明军开始截杀他的后队。高第只能放弃殿后部队加速逃命，可就在他赶到黄河边，与北岸来的接应他的船队会合时，孙可望的本队突然杀出。在突围过程中，清军尚能保持阵型，竭力死战，而现在他们都急于上船逃走，互相推搡甚至搏斗，根本无力抵抗蓄锐已久的滇军，被成批地赶入黄河，最终跟着高第逃到北岸的不过两三成。清军在亳州取得的战果，完全无法弥补他们在潼关、洛阳、南阳、汝宁、许州、徐州、海州遭遇的损失。