陈德颤抖着说不出话来，高一功叹了口气：“你也算个颇有本事之人，怎的心志如此不坚，没的墮了你父亲一世的名声。你父有大功于国，今日你又参与反正，过去你所做之事，便不再追究了。你随着土伦泰将军去哈密吧，从此用心为巴拜汗效力，今生今世，别再让我见到你了。你继母已生下一遗腹子，承袭你父爵位，陈家香火绝不会断绝，你放心吧。”
陈德叩谢高一功不杀之恩，退了下去，高一功对其他绿营降将一一处置。那些降清之后没有与闯军敌对，也没有屠杀百姓的，高一功全都放过，以原官留任，但是拆散分调到各地，手下的兵马也要换血。那些从未做过明军或闯军的低级将官，给清军效力不算叛变，就算和闯军作战过，只要没滥杀百姓也照此办理。那些叛变降清之后和闯军作战过的将领，都发给一笔安家费用遣散为民。至于在降清后屠杀过百姓的将领，高一功保证过只要投降就保全性命，但是活罪也难逃，通通发配青海。这几种人中都有一些在起义中立功的，高一功全部以金帛赏赐来酬功，不许以功抵罪。趁着现在军事上大获全胜，没人敢反抗的机会，高一功要好好整顿队伍，把不稳定因素都清除出去。他整顿的目标甚至包括一些参与了前期起义的兵马，由于武大定在围城期间劫掠百姓，高一功派辛思忠擒拿了武大定，吞并其部，杖责一百，废为庶人。只有左光先这个几度把闯军逼入绝境的昔日死敌赢得了闯军将领们的尊重，他是按李自成的命令留下诈降的，如今又领导了起义，使得西安免于生灵涂炭，因功被封为泾阳伯，儿子左续出任果毅将军。
西安既已失守，清军再耗下去已经没有意义了，博洛、豪格两路兵马启程返回北京。潼关交给高第镇守，襄阳和樊城则完全放弃，绿营兵的防线收缩到新野和南阳。明军对于撤退的清军只进行了小规模的袭扰，没有再发动大规模的进攻。他们今年的任务是争取时间，时间已经争取到了，就不要再冒险了。
围攻衢州的第十天，多铎也无可奈何地放弃了，再打不下衢州，刘芳亮就回来了。经过一个盛夏的战斗，清军已经师老兵疲，又没有足够的火药，继续啃这块硬骨头已经没有意义。
付出了数十万军民死伤的代价之后，明军挡住了清军的攻势，浙江沦陷，陕西光复，双方继续维持着均势。在这段中场休息时间，刘宗敏决定对全国军队进行彻底的整编。刘宗敏的身体状况仍然负担不起繁重的工作，朱慈烺降诏封李过为副将军，代摄政务。陕西被一分为二，高一功出任陕西权将军，李来亨改任甘肃权将军。这样一来，湖北、湖南两个权将军的位置就空出来了。依资历来说，党守素、辛思忠、张能、刘汝魁四人都是闯军旧将中的佼佼者，但是他们在之前的大战中的表现远不及西营的李定国、刘文秀，如果权将军之位都交给他们，未免显得太任人唯亲。最终闯军诸将商议之后，决定让在襄阳战役中给了清军最后一击的党守素出任湖北权将军，李定国出任湖南权将军。郭君镇的表现也很突出，但是他本来只是个果毅将军，升成制将军也就是了。王光恩伤重不治，由王光兴任制将军，接统其部，刘之干授果毅将军，两部兵马均隶属于党守素麾下。
贺兰、皮熊、朱旻如调入湘军，孙守法、李明忠、秦翼明调入鄂军，牛成虎、塔天宝调入黔军，郝摇旗调入桂军，辛思忠调入川军，杨彦昌调入粤军。此外还有衢州的张鹏翼受封制将军，原荆州同知张士政升任衢州知府，郭瑶部改隶张鹏翼麾下。高一功在陕西的整军已经卓有成效，此次陕甘分省，刘文秀、王文耀从陕西调至甘肃。经过这一番乾坤大挪移，闯军旧将均匀分布在了除云南外的所有省份。云南的情况比较特殊，赵印选、胡一青统率的滇军接受了孙可望的指挥之后，已经融入了西军系统，目前云南明军纪律性强，战斗力高，并没有改编的必要，而且他们还在和土司叛军战斗，目前也没有改编的条件，便暂时保持原状。
这些已经接受了武昌朝廷指挥的省份的整军工作并不困难，但是对福建和舟山两个小朝廷该采取什么态度就很难办了。按理来说天无二日，国无二主，既然有了皇帝，再弄两个监国出来算怎么回事。李过派了文安之、张洪一文一武，率领黄道周的残部护送黄道周的灵柩前往福州，向唐王致谢，同时探查一下让福建归治的可能性。
就唐王朱聿键本人来说，他对权力并不渴望。半辈子都在囚笼中度过，他没有那么多的欲望。郑芝龙、郑鸿逵兄弟对于拥立唐王倒也没有太大的兴趣，他们不过是随便拉个藩王来做号召而已，但是他们绝不能接受像马进忠、曹志建那样接受吞并式的改编，郑家的独立自主是一定要保证的。毕竟郑家现在名义上还是忠于明朝的，武昌朝廷暂时也不好对他们有什么动作，目前仍以维持现状为上。
明军在缓缓恢复襄阳血战造成的损失，但清朝这边，事情就没那么简单了。
“屯齐这个狼心狗肺的东西！商原之战时若不是本王救援，他早已死于明军之手，竟然做此狗彘之行！”豪格怒不可遏，他率部北返，已经来到太原，却得到消息，屯齐与尚善、屯齐喀等人合谋弹劾自己，罪名是在商原之战中丧师辱国，以及包庇部将三等梅勒章京希尔艮与护军统领阿尔津、苏拜争功，越级提拔因与豪格结党营私而被诛的议政大臣杨善之弟机赛等小事。与此同时，他们还弹劾郑亲王济尔哈朗，说他府邸逾制，擅用铜狮、铜龟、铜鹤等物，又翻起了旧账，说济尔哈朗不举发两黄旗大臣谋立豪格的罪行，还有在山海关大战时擅自令两蓝旗越序立营前行。豪格气得暴跳如雷：“多尔衮的睿王府修得像皇宫一样，郑王多摆两个王八就成了大罪了！这帮奸佞小人！大清的事都坏在他们身上！”
岳乐好不容易才劝住豪格，他对豪格说，郑王在朝中也颇有根基，诸王贝勒也并非都是是非不分之辈。当今天子乃是肃王的亲弟弟，怎会不保兄长。若是现在对屯齐下手，反落口实，坐实了罪名。在岳乐苦口婆心的劝告下，豪格总算按耐住了脾气，决定抢在屯齐前面快马进京，在议政王大臣会议上据理力争。
但是豪格刚刚离开军队，岳乐便与尼堪、满达海、屯齐一起接管了兵权，豪格回京之后立刻被囚禁起来。济尔哈朗被定为死罪，当然不能真的处死，要是那么做的话，宗室之中难免人心惶惶，济尔哈朗被降为郡王，平素与济尔哈朗、豪格亲近的一批大臣丢官罢职。数月之后，豪格死于狱中，多尔衮与阿济格各纳了豪格的一个福晋。
博洛回京之后，弹劾耿仲明临阵脱逃，陷死大将，以及私藏逃人一事，多尔衮大怒。耿仲明惶惧不已，在回京途中悬梁自缢。
刘泽清被控指使刘之干等人谋反，枭首于市。
此次三路大军南征，除多铎略有斩获之外，其余两路均以失败告终，光是都统就死了六个，出征的一万五千满洲兵中，阵亡及残疾的多达三分之一，北京城中处处挂孝，博洛失陷了四都统和数千满兵，就算甩锅给耿仲明也不可能没事，被革去郡王之职，回家闲住。清廷诸王都清醒地认识到，与闯军、西军合流之后，如今的明军已是今非昔比，是清朝前所未遇的劲敌，如果任由他们把南方的资源全部调动起来，那么恐怕爱新觉罗家族将死无葬身之地。以多尔衮为首的满洲勋贵们进一步加紧搜刮经费，招募绿营，准备至迟在明年春季，再对明朝发动一次决战。如果再拖下去，恐怕不等他们进攻，明军就要打过来了。
为了在进行战争准备期间拖住明军的脚步，多尔衮出台了新政策：以汉制汉。