早已对董卓忍无可忍的士族趁机组织“义兵”。东郡太守桥瑁伪造文书，谎称皇帝和百官遭受董卓迫害，请求各地州牧、郡守发兵救驾。桥瑁檄诏一发出，各地牧守群起响应。
初平元年（190年），后将军袁术、冀州牧韩馥、兖州刺史刘岱、豫州刺史孔伷、陈留太守张邈和渤海太守袁绍等十几路军队，组成关东联军，推袁绍为盟主，扬言要找董卓算账。
董卓得知消息，慌张之余，更多是恼怒。因为讨董联军的牧守中，很多都是门阀士族的代表，还是他进京后一手任命的。
其中也包括袁绍。袁绍得罪董卓，逃出京城后，董卓本想下令追捕，但听从手下名士劝阻，又不想得罪四世三公的袁氏，便任命袁绍为渤海太守。不曾想袁绍根本就没打算跟他言归于好，还跟着起兵闹事。
诡异的是，关东联军和董卓的军队就好像隔着一条看不见的马其诺防线，打起了静坐战。
只有曹操、孙坚等少数积极分子跟董卓军打了几场硬仗，其余十几万人马都在后方置酒高会，夜夜笙歌，个个心怀鬼胎，只想维持军阀割据的局面。
关东联军不思进取，董卓也不愿硬碰硬，决定避其锋芒，迁都长安。如此，可以进一步靠近自己的根据地凉州，占据潼关，进可攻退可守。
他一把火烧了洛阳，命手下将士押解百姓迁徙，数以万计的洛阳居民被迫上路，一路上互相践踏，有的饿死路旁，有的惨遭杀戮，二百里内荒无人烟。凉州兵还掘开汉朝皇室陵墓，将其中所藏的珠宝抢掠一空。
士族的反抗，将董卓的最后一丝耐性消磨殆尽。从这一刻起，董卓彻底转变为独夫民贼。到了长安，他在关中的郿县修建了一个坞堡，高厚各七丈。郿坞中囤积了三十年的粮食，此时，董卓打的算盘是，事成雄踞天下，事不成，守此也足以终身。
董卓却不知，反董势力已经分为两条战线，一条是以袁绍为首的关东联军，另一条，是朝中的士大夫。
为首的是司徒王允。
实际上，王允也要感谢董卓的信任。王允出身山西的名门望族，年轻时曾受宦官迫害。何进与宦官相争时，任命其为河南尹，负责京城治安。在董卓掌权时，王允又被提拔为司徒，成为朝中的二号人物。
然而，王允不甘心做老二，他想除掉董卓，取而代之。这是门阀士族对庶族豪强的一次夺权行动。
正当王允为刺杀董卓一筹莫展时，听说董卓和吕布闹起了矛盾。当时吕布因与董卓的婢女私通，被董卓发现。董卓一气之下，拎起手戟掷向吕布，两人遂生嫌隙。
“人中吕布，马中赤兔”。吕布是董卓手下一员猛将，弓马娴熟，武艺高强，有虓虎之勇，手中又有兵权，是刺董的不二人选。
王允邀请吕布加入刺董行动。董卓曾和吕布“誓为父子”，吕布有所顾虑。王允说：“将军姓吕，和董贼并没有骨肉之亲，何来父子一说，何况如今你连自己的性命都无暇顾及！”
吕布听完，被成功策反，双方一拍即合。
初平三年（192年）四月，董卓入宫，由吕布随从护卫。当董卓的车队行至宫门，吕布事先安排好的军队手持武器杀出，刺向董卓。
董卓身负重伤，摔下车来，不禁大惊失色，慌张之余，一如往常高呼吕布护驾。可是，在一旁吕布却拿出王允一党拟好的招书，冷眼道：“有诏讨贼臣！”说罢，率众将董卓斩杀。
长安城顿时沸腾。朝中众臣高呼万岁，为诛杀国贼而欢欣鼓舞。老百姓载歌载舞走上街，甚至将珠宝拿去换成酒肉，欢饮达旦。
据说，当董卓的尸体弃置街头，人们在其肚脐眼上插上一根灯芯。由于董卓生前大腹便便，一身肥油正好助燃，灯芯点燃后，续航能力一节更比六节强。
董卓死后，王允取代他独揽朝中大权，开始居功自傲。
王允自称，董卓死了，自己现在谁也不怕。他甚至连满朝文武也看不起，每次与群臣议事，他都正襟危坐，不给人好脸色，俨然一副大佬的样子。群臣由此与他渐渐疏远。
还有一些士族怀念董卓。董卓伏诛后，蔡邕站出来唱反调，当着王允的面，为老领导不住叹息。
王司徒立马就怒了，骂道：“董卓这国贼差点就让汉室倾覆。你身为汉臣，应该和我们一样感到愤恨。难道因为他对你有恩惠，你就忘记了为臣的大节吗？董卓这毒瘤已除，大家都起来嗨，就你一个人唉声叹气，我看你就是逆贼同党。”
随后，蔡邕被王允关进监狱，交给廷尉治罪。
在狱中，蔡邕上表请求减刑，称毁我容貌、断我双足都好（黥首刖足），只求能继续完成汉史的编撰工作。王允不肯饶恕，蔡邕还是带着未尽的遗憾冤死狱中。
王允没有意识到，董卓手下的凉州兵才是最棘手的问题。董卓余党大都没有官居要职，却手握重兵，王允对这些人不仅没有加以安抚，反而企图削夺其兵权。
王允的做法，最终引董卓余党李傕、郭汜杀回长安。王允手中无兵，无力抵抗，落得个身败名裂的下场。汉献帝刚出狼窝，又入虎口，被迫逃难，成了流浪皇帝。
这边厢长安风云突变，那边厢关东联军也在内斗。
兖州刺史刘岱干掉了东郡太守桥瑁，渤海太守袁绍又击败冀州牧韩馥，取而代之。袁绍和袁术这哥俩互相不对付，袁术勾结和袁绍争夺河北的公孙瓒，袁绍又联络荆州的刘表钳制袁术。
军阀混战，仿佛无人记得当初为何举兵。天下惨状，正如曹操在那首《蒿里行》所写：
白骨露於野，千里无鸡鸣。
生民百遗一，念之断人肠。
董卓曾想借士族重建帝国秩序，可不按套路出牌，擅行废立惹怒朝堂内外，荼毒生灵丧失天下民心。
因此，无论是以王允为首的朝中大臣，还是以袁绍为首的关东义士，都谴责他残害百姓、祸乱朝纲。但他们却将董卓的恶放大了数倍，让天下陷入更大的乱局之中。
屠杀恶龙的勇者最后也变成了恶龙，一个董卓作乱，世间便会有千万个“董卓”。
从中平六年（189年）董卓进京，到开皇九年（589年）隋军南下灭陈，整整四百年的岁月里，董卓的流毒丝毫未减。祸乱相寻，兵革互兴，一个个野心家称王称霸，你方唱罢我登场。
苦的是天下苍生，是无辜的黎民百姓。