太史真找到了陶土印，他和郑经招募民工，重修轩辕古城，轩辕明堂是城中最高建筑，上圆下方，里面正中央雕塑四面轩辕黄帝像，四张脸分别注视着东南西北四方。后土的稼穑台上，盛放五色土，种植五谷杂粮。宫室群、夯土墙、指南车、古文字、酿酒、医药、蚕桑、战鼓、陶器等，都得到修复。
在城墙外围，引入河水，曲折流淌。水渠边上按腾蛇的形状重建了一座座军营和瞭望烽火台，还饲养熊、罴、貔、貅、貙、虎和雕、鶡、鹰、鸢等猛兽猛禽，再现了黄帝的军团。太史真让赵国名将李牧之后李深训练士卒，让郑经主持新生的古城的经营工作。太史真将这支军团取名为腾蛇军团。
不久，太史真让达摩去帮助邓砚，鸠摩罗什去帮助蒙运，佛图澄去帮助乐招，跋陀罗去帮助颜哲。
然而，京城长安传来了坏消息，拜火教教徒在快覆灭前，集中兵力突袭了长安，留在长安的十万御林军损失三万多人，才将拜火教教徒剿灭。半个月之后，一支胡狄骑兵趁着长安喘息未定之际，又突袭了长安。朝廷在上郡郡守马越出兵救驾的情况下才击败胡狄骑兵，将胡狄骑兵赶走。皇帝封马越为大将军，将一半御林军的指挥权以奖赏的形式赏给了马越。
半个月后，皇帝驾崩。托孤大臣霍明扶持太子刘伯登基，不久就擅行废立；废了刘伯并下毒酒毒杀，扶立其弟刘仲当上皇帝。
太史真闻讯，写信痛骂霍明擅自废立，把持朝政，祸乱帝国。霍明大怒，宣布解散先帝的特殊任务小组，派三万御林军擒拿太史真。
太史真召集众军士商讨如何对应，“朝廷派御林军向我等兴师问罪，腾蛇军团兵甲不足，操练未成，况且违逆天兵，是大逆。向朝廷请罪，如何？”
郑经道：“不可。大逆不道的是霍明，霍贼擅行废立，操控汉室，若向其请罪，就是向霍贼屈服。腾蛇军团虽然兵寡将微，但上应天意得陶土印，下顺民情有先帝使命，民心所向；霍贼窃取相位，朝中大臣和御林军必不服其领导。此时向全天下发布檄文，将霍贼窃国之罪昭示天下，天下必群起而响应我等。同时调遣离我们最近的金灵军团前来相助，可保无虞。”
太史真认同郑经的话，于是让郑经起草檄文，告示天下。他向伍铭发出求救信，同时和李深一起加紧操练士卒，打造兵器装甲，筹集钱粮。
郑经的檄文起到作用，有上郡、陇西郡、河东郡等二十多个郡表示支持太史真。霍明看到郑经的檄文，大怒，将太史真和郑经的家室全部诛杀，大学士郑纶也被杀害。妻儿的死让太史真和郑经悲痛不已，却更加坚定了战斗的决心。
霍明让御林军加紧讨伐，御林军就要逼近轩辕古城了。太史真和腾蛇军团更是打起十二分精神迎战。一名军士来报：“报~城外军营辕门处，有两位道士求见。”
一旁的国师林灵素对太史真道：“兴许是萨天师请来帮助我们的道友来了，让贫道出去看看。”
太史真面露喜色，道：“不才随国师前往，一同迎接。”
太史真、郑经和林灵素出来迎接，只见一老一少两位道士等候在辕门外。林灵素向众人介绍：“这位鹤发童颜者名唤河上公，这位年轻模样的名唤范长生，都是得道仙人。”
太史真大喜，热情迎接二位道长。次日，河上公和范长生请战。两军对垒，御林军率先发起冲锋，河上公让蛇形水渠和护城沟上生成浓雾，遮挡御林军视线。范长生散豆成兵，与御林军厮杀，御林军艰苦搏斗，好半天才发现这些士兵是豆子所化。
古城上国师林灵素披发仗剑，脚踏罡步，口中念念有词，突然御林军上空天雷大作，御林军惊恐地逃窜。早已埋伏在御林军逃亡路上的金刚智和善无畏又突然杀出，他们的金钟罩铁布衫和金刚指铁砂掌破敌无数，御林军大败。
御林军重新调整，带来投石车、冲撞车、云梯、搭桥木、钩墙塔等攻城武器，步兵重甲、箭手搭配芒硝、骑兵连环装甲，摆好阵型，稳健地逼近腾蛇军团。林灵素、河上公和范长生再次兴云起雾，腾蛇军团士兵万箭齐发，战鼓齐鸣，勇士们鼓起勇气，抵抗先进装甲的御林军。
战斗从早上打到日头西沉，腾蛇军团渐渐支持不住了。李深向太史真道：“我们的弓箭已经用完，城外的军营都被击破，城墙也被打出了缺口。”
太史真心想，腾蛇军团就要覆灭了吗？不，就算灭亡，也要血性地抵抗。他亲自拿过鼓锤，击打战鼓，战士们重振士气，打出一小波漂亮的反击。
很快，御林军压制住了反击，再次施展密集的攻击，更多的御林军攻进了城内。这时，东南方向出现闪闪金光。城墙上腾蛇军团的士兵高喊：“金灵军团到了！金灵军团到了！”
金光越来越亮，太史真看到了前面身穿金色盔甲的伍铭和身穿银色盔甲的巧金丝，太史真道：“金灵军团和银月军团都到了！”然后奋力地敲打战鼓，腾蛇军团士气再次大振。
在伍铭和巧金丝身后，是周华和沈泰，后面是顾敬、陆升、朱龄和张洪，再后面是金灵武士和银月射手。伍铭拔出宝刀，向前一指，周华和沈泰率领骑兵先冲杀了过去，将御林军截成两段；然后巧金丝带着银月射手们冲锋，无数银光般的箭射出，许多御林军中箭倒下；再接着伍铭和顾敬、陆升、朱龄、张洪，率领金灵武士们冲杀了上去，将御林军杀得尸横遍野。
将近天黑，御林军撤退了。腾蛇军团得救了。