话说元朝末年，具体点就是延祐七年，一个婴儿出生在察合台汗国的草原上，他就是孛儿只斤妥欢帖睦尔。他一出生就失去了生母，10岁时父亲又被叔叔毒杀了，但这都无法掩盖他身上直系的皇族血脉，于是在他13岁时，他登上了皇位，就是后来的元惠宗。有诗为证：
稚鹰起荒原，成凤需涅槃。
潜蛟游四海，化龙亦待缘。
谈到元惠宗，首先应该从他的身世讲起。他的父亲是元明宗孛儿只斤和世瓎，他的爷爷是元武宗海山。其实从那时起，元朝朝廷的内部混乱就已经初步显露了。武宗驾崩后，他的弟弟爱育黎拔力八达继位，为元仁宗，他赶走了武宗的长子也就是和世瓎，元仁宗驾崩后，又经历英宗，显宗，以及天顺帝时期，天顺帝登基后，和世瓎和弟弟图帖睦尔叛乱，图帖睦尔登基为元文宗，登基后不久让位于和世瓎，和世瓎登基后八个月又被图帖睦尔毒杀。图帖睦尔再次登基，没做几年皇帝驾崩，都没有子嗣。于是在太后主持下惠宗弟弟文宗登基，可惜文宗夭折。于是孛儿只斤妥欢帖睦尔也就是惠宗登上了皇位。
说回惠宗，他在草原上长大，又被流放桂林，直到登上皇位，他都没有接触过正常的帝王教育，又因为太后曾经参与杀害他的生父与养母，没有一丝权利的他对朝政乃至宫闱内事都没什么兴趣，宫中都被太后掌管，朝政则被伯颜掌控着。这种状况直到他遇见了脱脱和吴直方才开始改变。
伯颜是接替燕帖睦尔的一代权臣。燕帖睦尔曾经与文宗一起设计毒杀了惠宗的父亲，为了维持权势，又将自己的女儿嫁为惠宗的第一位皇后，直到他去世，其子唐其势反叛，家族彻底衰落。伯颜取代了他在朝中的地位，成为朝政的实际掌控者。更过分的是，伯颜与太后关系极不正常，经常夜宿宫中，当时坊间传言：上把君欺，下把民虐，太皇太后倚恃着。这种说法困扰着当时禁军的统领——虎符亲军都指挥使，御史中丞脱脱。一方面他是伯颜的侄子，另外一方面他自幼跟随汉儒大家吴直方学习中原文化，深受儒家忠君思想影响。随着时间推移，这种思想矛盾在他的心中愈发激化，直到他与伯颜爆发了正面冲突。
一日，伯颜清晨离开皇宫，路上一人身穿甲胄，向他施礼道：“右丞相别来无恙。”
伯颜定睛一看，却是他的侄子脱脱，于是笑着拍了拍他的肩膀说说：“脱脱啊，你是我的亲侄儿，跟我不用这么见外。对了，上次大战过后，我和太后说让你当这皇宫侍卫统领，你当的怎么样啊？”
脱脱低下头说：“谢过右丞相赏识，但这是在宫中，我还是以官职称呼大人，以免有人说我们结党营私。
伯颜收敛起脸上的笑意，盯着脱脱看了一阵，抬头走过说：“那虎符亲军都指挥使可要好自为之。”
脱脱与伯颜生了一阵闷气，下令其他士兵继续巡逻，自己回到家中向父亲诉苦说：“伯父骄纵已甚，万一天子震怒，则吾族赤矣。葛若于未败图之。”脱脱的父亲犹豫不决。于是脱脱向老师吴直方问计。
吴直方是汉人，但却是脱脱从小到大的老师，也是一代名儒。吴直方劝导说：“《传》有之：‘大义灭亲。’大夫知有朝廷耳，家固不易恤。”
脱脱担心事情不成功，反问道：“事不成奈何？”
吴直方抬头看向天空说：“事不成天也，一死复合惜。即死亦不为忠义耳。”
脱脱顿了顿脚，同样望向天空说：“吾意决矣。”
从此，脱脱就在暗中投奔了帝党，暗中支持惠宗夺回朝政。但是表面上他仍混迹于太后一党中。
惠宗也因为得到了朝中重臣的支持，开始寻求亲政。惠宗的行为使太后一党不安，他们就决定在惠宗长子出生后废帝。脱脱与惠宗决定先发制人。于是暗中联系京营，掌控军力，最终兵不血刃地完成了这场宫廷政变。只道是：
军中万兵甲，朝上百官争。
军中万兵甲，齐防叛乱生。
城南马蹄震，地动如山行。
城北人声齐，云散似雷鸣。
城东兵带甲，客商门外停。
城西马解栓，将军马上盯。
朝上百官争，血光不见平。
唇枪刚架住，舌剑露藏锋。
刀光不见血，剑影万相生。
欲去太后势，想定丞相罪。
扳倒这两位，惠宗得亲政。
惠宗亲政后，脱脱成为了惠宗的心腹。他将自己的老师吴直方介绍给了惠宗，并尽述吴直方对自己的影响，以及夺权政变全靠吴直方的计谋。惠宗得见吴直方，可以说惠宗的后半生因此改变。
惠宗道：“多亏了先生提前告知，才顺利将逆贼消灭，先生于朝廷有功。”
直方道：“臣曾任教于周王府，于明宗浅邸教书。奈何明宗北去察哈台汗国，就此分别。”
惠宗道：“原来先生还是先帝之臣，可惜阴差阳错，没有受到先生教导。”
然后，惠宗又向吴直方请教了如何治理朝政等困扰他许久的问题。
吴直方密谈惠宗，以儒家之道劝慰惠宗。惠宗自幼未曾学习如何为政，而吴直方带来的儒学思想使惠宗发现，中原王朝奉行的儒学适用于治国理政。同时，他也认为传统儒家纲常伦理是解决元朝前几代宫廷混乱的最佳方法。
同时，吴直方讲述了人民的重要性，皇权只有得到人民的支持才能长久存在。元朝疆域辽阔，而本身所辖最多的等级就是被称为南人的原中原地区的汉人。吴直方出身汉人，他想要提高南人的社会地位，于是向惠宗阐述了人民的重要地位。作为一个亲生母亲不是蒙古人的皇帝，惠宗迫切希望淡化阶级血缘观念，他与吴直方在密谈中也受到了吴直方的影响，决定重视人民的作用，并开始关注各地汉人的起义活动。这次详谈的内容有诗为证：
鲲鹏大势期，生物予己息。
一日乘风扬，万仞拔地起。
在这个过程中，惠宗认识到了中原汉人的先进思想与治国理政方面的才干。惠宗下令废除了伯颜把持朝政时对汉人的严律苛令，并同时积极希望汉人博学的大儒，亲民的政治家进入朝堂。试想如果这个政策得以实行，代表着汉人地位的提高与传统蒙元等级制度的改进，元朝可能会多延续数十年。可惜惠宗的提议受到了大多数朝臣的反对。惠宗发现，除了支持他的脱脱，大部分朝臣都因为触及自身利益而反对。朝中官员关系错综复杂，多是蒙古人大氏族的代言人，形成一张密闭网络，他们对上坑骗皇帝，欺皇帝宫门深似海，不知墙外事；对下鱼肉百姓，以正统蒙古人，高贵的第一等级欺压其他民族。这样的关系网导致了蒙元贵族骄奢放纵，欺下瞒上，深深地激化了民族矛盾与等级矛盾。
为了缓解激化的矛盾，减少不断出现的起义，惠宗任用脱脱为右丞相，进行了更化运动。恢复了科举，开印了新钞。脱脱也在同时编著前朝历史。在脱脱执政的前期，汉儒们“知无不言，言无顾忌”，惠宗颇有“励精图治之意”。但是好景不长。朝中以别儿怯不花为首的蒙元贵族一派与脱脱父子有旧怨，脱脱改革触及他们的利益，他们弹劾脱脱之父马札尔台，迫使脱脱随其父迁徙甘州。脱脱被迫辞相。有诗为证：
更化起新相，立志变朝野。
时难罢相去，迁西甘州闲。
暂且不表脱脱在甘州的生活，我们再把目光放回朝堂。赶走了脱脱一派的别儿怯不花一派彻底霸占了朝堂，这群蒙元贵族尸位素餐，不管人民死活，税赋繁重，使得刚刚缓和下来的矛盾再次激化。而且发生了严重的河患，并且河患带来了一系列的社会动荡，严重加剧了统治危机。
惠宗在宫中召见别儿怯不花，大怒道：“从前脱脱担任中书右丞时，江山安定，一直以来的起义也逐渐平息，你们弹劾逼走了脱脱，现在上天示警，黄河溃堤，河患严重，你们总是敷衍朕，河患至今未平，朕听说河患区流民成灾，劫掠商旅，冲击官府。你们究竟能干些什么。”
别儿怯不花道：“自古水患难治，臣已经派人下去查治水患了。还望陛下宽限。”
惠宗怒道：“如果治不好水患，就快将脱脱找回来。”
别儿怯不花道：“臣一定竭力治理水患。”
惠宗不知道的是，别儿怯不花表面上答应治理水患，暗地里却封锁各地起义消息，扣下对自己不利的消息以及奏折。事实上，就在这几年，山东私盐贩郭火你赤起义，福建罗天麟、陈积万起义，湖南爆发吴天保领导的瑶民起义。这一整年，全国发生起义二百余起，元朝末年的局势彻底崩坏。官贪吏污、纪纲废弛、赋役不均、河患严重、民族分歧这些都严重影响着元朝政治。
当河患终于严重爆发时，元末的红巾军起义也拉开了帷幕，这时脱脱才被视作救命稻草召回朝堂。脱脱回到朝堂后决定率兵镇压，然而起义愈演愈烈，北、南、西三路红巾军同时而起。这其中仍不免由于别儿怯不花等人暗中抵制脱脱的缘故，更重要的是民族矛盾已经到了无法缓解的地步了。脱脱在议政时也总是讳言这些伤脑之事。
惠宗召脱脱大怒质问道：“汝常言天下太平无事，今红巾军半宇内，丞相以何策待之？”
脱脱汗流浃背，无言以对。
惠宗怒贬脱脱，将他流放到了云南。蒙元贵族一派的中书平章政事哈麻矫诏，令其自尽。一代贤相，元朝最后的匡正者脱脱去世，年四十二。
表完脱脱，再回看惠宗。脱脱死后，惠宗朝上无人，仅凭自己与吴直方谋事。他为了延续统治，决定建立以廉政为目的的宣抚。然而元末的贵族大多能力不够，宣抚反而加剧了地方的疾苦。有诗为证：
九重丹语颁恩至，万两黄金奉使回。
官吏黑漆皮灯笼，奉使来时添一重。
又有诗言之为证：
奉使来时，惊天动地；
奉使去时，乌天黑地。
官吏都欢天喜地，百姓都啼天哭地。
说完朝政，再来谈谈惠宗家事。脱脱去世后，奇皇后与皇太子渐起异心，密谋让惠宗禅位，并靠威逼利诱收买朝臣，惠宗母舅老沙出与大同守军孛罗帖睦尔攻陷大都，赶走皇太子。皇太子逃至太原守军扩廓帖睦尔大营中。至此，元庭分裂。等到惠宗杀孛罗帖睦尔时，元朝重归一庭，此时朱元璋做大于南方，依次击败陈友谅、张士诚、方国珍等人，开始了北伐战争，并自立为帝，国号大明，建元洪武。惠宗北遁。
惠宗北逃时，曾与吴直方谈到：“朕不出京师，安知外事如此。”言语间多有感叹之意。
坐镇上都后，又经扩廓帖睦尔大败，意志消沉。
吴直方劝慰道：“纵然世多磨难，仍需奋力前行。”并且讲述了一个故事。那是一只神猴，受封斗战圣佛，他随师父与两个师弟东行传教。一路上遇见无数苦难，遭遇无数妖魔，他发现路上的妖魔大多无法制裁，这些害人的妖魔都是自己阵营的各位名教圣佛手下的。它很疑惑，这漫天的神佛不去保佑苦难的民众，反而放肆手下肆意妄为。他与两个师弟，认清了神佛的本质，都很愤怒。沙和尚走着走着屈服了，他留在了流沙河，纵情享乐。猪八戒走着走着也放弃了，他留在了高老庄娶妻生子。漫天神佛见这神猴要继续走下去，设计了一个考验。这神猴不惧艰难，杀掉了眼看喜、耳听怒、鼻嗅爱、舌常思、意见欲和身本忧六个毛贼，去掉了身上身为佛的紧箍咒，解放了天性，恢复了本来的人性。漫天神佛见这神猴失去控制，约定由佛祖出手镇压了它。这神猴五百年间悟尽了纷争，改名孙悟空，破开封印，斗上天庭，惨遭败北，自封修为，找到了一座秀丽的高山，盘坐山巅，化作一个孤独的石猴。
惠宗想到自己开始亲政时的意气风发，执政时受到的阻碍，各个地方贪官污吏在朝中的深厚势力，以及自己名为臣下实为好友的脱脱的死，觉得这神猴与自己异常相似。他灰暗地请教道：“如先生所言，朕只能孤独终老吗？”
吴直方说道：“陛下与其困坐朝堂，不如游遍全国，看看这大好山河，看看这地方人民。”
惠宗不语，半天道：“朕遥想继承大宝前的时光，虽为流放，朕仍流连于草原之上，忘情于桂林山水之中，虽生活困难，但每天充满欢乐。”
不久，吴直方死。惠宗偷逃出宫，游走于南方的山河之中，多与百姓讨论前朝事，方觉自己执政时百姓的困苦。
终于，他觉得自己已经无法继续向前了。他停在了南直隶的一个小城，一边说书，一边写书。他希望能给大家带来快乐，于是将吴直方告诉他的故事更改了顺序，变东行为西游，将那只神猴取名为悟空，悟遍凡尘，尽是虚空，设计了一个完美的美好结局。当他最后在封面题上《西游记》后，思考了片刻，想到了吴直方对他的劝慰，笑着题上了作者——吴承恩。