长毛贼（太平军）自桂林四月二十二日撤围后，毫不费力地占领了兴安，然后分水陆两路兵马大张旗鼓杀奔全州，约在四月二十五日抵达全州。此时，守城的全州知州曹燮培、参将杨映河带领着2000人镇守城池，湖南宝庆的协都司武昌显也率有兵丁3000人奉咸丰帝旨入桂，两者共计约5000人，兵力十足。为固守城防，曹燮培招募有民团，并强征妇女上城熬粥，释放出城里的囚犯来与太平军对战，总兵力有6000余人。
实际上，当时太平军并没有要攻打全州的打算，打算和平过境，迅速摆脱追兵，陆路军只绕城而过，水军前锋已经到达了全州镇的蓑衣渡。全州守军也不敢出城挑衅。太平军前队已过多时，可是偏偏有一个守城的清军不识时务，自恃有从桂林跟随而来的援军，因而挑起战端。
其时，天王洪秀全中军部属抬着天王中军大旗路过全州城外，全州一炮兵看见后队有一显眼大旗，知道是太平天国的中军路过，忍不住向黄旗放了一炮。这个炮兵确实是一个神炮手，仅一炮即命中了黄旗，中军大旗应声而倒，这炮打得太过犀利了，这还了得，天王洪秀全也被这一炮极大地激怒了，致使太平军全军都悲愤不已，洪秀全、杨秀清决定命令回师攻城，已过境的前队纷纷开回，定要血洗全州，于是杨秀清下令所有太平军人马回师攻打全州城。
太平军在全州城先是从东、西、南三面对城池进行围攻，全州城的守军虽不多，但城墙坚固，西面城墙高有一丈五六，东面城墙也高达丈二三，城墙上每隔二、三十步远就有一个可住十人的小房，城门是用石头筑成的，加上守军准备充足，又释放有囚犯出来作战，在城上又有强征的妇女帮煮粥熬桐油，桐油中和上松脂或大粪，以至太平军多次使用吕公车、云梯攻城都被清军击退，守城的清军将滚烫的桐油稀粥往下泼，或浸泡竹筒将滚热的桐油射到攻城的太平军身上，受伤的太平军皮肉腐烂不堪，却无药可医，因此死伤非常之多，太平军围攻了10日（五月五日），仍没有将全州城攻破，太平军为此发誓，破城之后要荡平全州城，不留任何一个战俘。
其时，从桂林一直尾随太平军的清军提督余万清、刘长清则率领着万余清兵，因惧怕太平军声势，驻扎在全州城西门外，为保住自身性命，一直在城西的鲁板桥和城北的太平铺两地观战，始终不敢和太平军接仗。曹燮培见孤城危在旦夕，先后三次用血书向余万清和刘长清救援，但余万清和刘长清一直都置之不理。因城里的清军的守城人数有限，随着太平军不断的加紧攻势，已感到无力支撑了。这时，驻扎在全州江西会馆的太平军，利用门前的戏台窗眼，架设炮位将炮弹打进全州城里，守城清军见有炮弹飞来，一直不敢抬头，太平军开始趁清军顾不上这里看守的时候，开始组织人马挖掘地道。
1852年5月8日地道得以掘成，太平军即用棺材装满16担火药埋入城墙底下，随着“轰隆”一声巨响，城墙被炸开二丈有余，太平军乘着硝烟弥漫之际，发起了冲锋，一举攻入了全州城内，入城后马上开始四处搜索敌人，大开杀戒，当场就击毙了千总叶永林，把总张之福、前州牧瑞麟。知州曹燮培在城还没有破时就蜷缩在城东义仓底之下，被太平军搜出后当场杀死，太平军入到全州城后这一通斩杀，到第二天中午才收手，破城之后，6000多名守军无一生还。
攻克全州城后，太平军在城内休整了三天，然后分水陆两路大军继续向湖南永州进发。
太平军攻破全州庄之后（五月11日），向湖南进军是走水路，准备沿着湘江浩浩荡荡地开向长沙。当时，在水塘湾的两岸都驻有大量的清兵，清兵奉咸丰帝旨意埋伏在蓑衣渡，当时太平军的东西很多都是用船来运输，大约有大小船只百多只，在河里十分壮观，这船上都装得满满的军用物资。蓑衣渡位于全州县城约五公里的地方，此地形势险要，据文献记载，蓑衣渡大道，系楚、粤往来道衢，山径崎岖，行路多难，前经修砌，业已过半，今复继续。告劂成功，两旁绝荆棘，挑工，拾侠频往来。蓑衣渡大路，上通州城，下达湖南，虽非关津，实为通衢，可见蓑衣渡在当时是交通要渡。
长毛贼先头部队早已经出发，天平天国南王冯云山作为战争的总指挥，一般是在中间作为重点保护对象，同时，后方押着粮草及一些兵器军用物资。然而，坏就坏在南王的行军过程太张扬，当时，有名清军看见有一乘非常气派的大人物，旁边很多人簇拥着前进，刚好站在山坡上一名清军参将部下炮兵看见，他们看这架势，肯定是太平天国的一把手，俗话说，挽弓当挽强，用箭当用长，射人先射马，擒贼先擒王。这士兵也不请示领导，不等待命令，就一时冲动，遂取出火燃的那种土炮，对准那队大人物人马，轰然一声，果然被炮击中，这群被保护大人物，正是是太平天国副军师后军主将开国第一功臣南王冯云山，他受了重伤。
当时，太平军见清军的一支不大的炮打伤了主要领导，就马上进行了报复性打击，刚好太平军有一门专用保护领导的九节铜炮，很大，很重，也很贵重，这个铜炮一般情况下很少使用，但在这个节骨眼上，向打中南王的清军开了一炮，那可以说是惊天动地，把清军驻扎旁边一棵足要五六个人才能围抱的大樟树都轰倒了，那一批清军连同放炮那小子，也一同打下江去喂鱼了，可见其威力是非常巨大的。虽然仇是报了，可是，太平天国真正的创始人南王冯云山却永远闭上了眼睛。
太平天国南王冯云山被炮击身亡。开创了清军和太平天国开战以来第一位被杀主要开国创始人，咸丰帝在接到八百里奏报时已经在一个多星期后了。随后咸丰帝大喜，下旨嘉奖有功之臣，整个朝廷上下振奋。