首领团六大巨头坐镇梁山主寨。
忠义堂后建筑雁台一座，顶上正面，大厅一所，东西各设三房。东边房内，“呼保义”宋江、“智多星”吴用、“小旋风”柴进。西边房内，“玉麒麟”卢俊义、“入云龙”公孙胜、“神机军师”朱武。
第二坡，左一带房内是行政司：“扑天雕”李应、“神医”安道全、“鬼脸儿”杜兴。右一带房内是军政司：“圣手书生”萧让、“铁面孔目”裴宣、“神算子”蒋敬。
忠义堂左边是行政司内务组：“玉臂匠”金大坚、“通臂猿”侯健、“铁扇子”宋清。右边是行政司军备组：“紫髯伯”皇甫端、“九尾龟”陶宗旺、“金钱豹子”汤隆。
山上六关有步军一十二名头领把守。
六关之外，金沙滩上，设立五个旱寨，按照东、西、南、北、中五个方位，分别驻扎着“大刀”关胜的“天勇军”、“豹子头”林冲的“天雄军”、“霹雳火”秦明的“天猛军”、“双鞭”呼延灼的“天威军”、“双枪将”董平的“天立军”。
靠近关前，左有“小李广”花荣的“神箭营”，右有“金枪手”徐宁的“金枪营”、中间是“小温侯”吕方和“赛仁贵”郭盛的“虎豹骑”，这三支兵马是专司保卫主帅的亲兵护卫队，也执行特种任务。
金沙滩旁边的鸭嘴滩上，也设立两座旱寨，左边是“花和尚”鲁智深的“天孤军”，右边是“行者”武松的“天伤军”，背后是“轰天雷”凌振的“石砲营”和它的护卫营。
岸边设立两个水寨，左边是“混江龙”李俊的“天寿军”，右边是“立地太岁”阮小二的“天剑军”。
马、步、水三军七十七位作战头领各安其位。
探报军大头领、总探长“神行太保”戴宗驻扎在南山宛子城大关，掌控梁山遍布天下的情报网——这个情报网的主体框架还是朱武在少华山时搭建的，二十八星宿中原各州，一个不缺。
“矮脚虎”王英、“一丈青”扈三娘夫妇负责在水泊外探事，充分利用王英灵敏的感官系统和扈三娘高超的武艺，确保来去自如、抓获细作。
“铁叫子”乐和、“鼓上蚤”时迁、“金毛犬”段景住、“白日鼠”白胜四人通常不在山寨里，都撒出去在周边州城、县镇活动，搜集情报，供朱武和军政司参详。
水泊外修建了三座酒店，为进出梁山水泊的耳目，原南山酒店重建后，由“旱地忽律”朱贵、“笑面虎”朱富兄弟二人打理。又在东山设立一处酒店，由“小尉迟”孙新、“母大虫”顾大嫂夫妇二人打理。西山设立一处酒店，由“菜园子”张青、“母夜叉”孙二娘夫妇二人打理。
封职事、定编制、设驻地，梁山山寨在新一届首领团的领导下，焕发出勃勃生机，准备与即将汇聚梁山脚下、水泊之外的朝廷军大干一场。
如今梁山一百单八将聚齐，大批原朝廷官吏、武将和一些富绅的加入，使梁山头领在构成上发生了根本性的变化，不再只有草莽英雄，呈现出多元化的倾向。“绿林联盟”的称谓也不再符合发展潮流。
梁山现在的两个都头领“呼保义”宋江和“玉麒麟”卢俊义，一个原是朝廷的刀笔吏，富绅出身，另一个原是北京大名府员外，超级富豪，他们对梁山聚义的意义与价值的思考，都与“白衣秀士”王伦、“托塔天王”晁盖这两代领导人有着截然不同的视角。
显然在他们眼中，“替天行道”仍旧是值得追求的理想，但“劫富济贫”已经并非合适的手段。梁山在他们的领导下将何去何从。
“神机军师”朱武是梁山首领团六位成员中唯一一个曾经占山为王的正牌贼寇出身，他与其他几位首领在治寨理念上的分歧是不可避免的。
梁山，已经分成了若干个利益集团的组合，只不过眼下水泊梁山面临着朝廷大军的又一次大规模围剿，对手即将兵临城下，梁山群雄只有齐心合力，才能化险为夷，度过难关。但是，梁山内部依然存在许多问题，危机四伏。
名义上的梁山大寨主“托塔天王”晁盖还在曾家府史文恭手上，生死不明；
代理寨主“呼保义”宋江能否压服出身不同、性格迥异的一百多个兄弟；
“河北三绝”“玉麒麟”卢俊义的武艺冠绝天下，是否甘心情愿做宋江的副手；
梁山军师“智多星”吴用城府极深，究竟是心怀旧主晁天王，还是诚心实意辅佐宋江，或是另有他图；
闲云野鹤的“入云龙”公孙胜法力高强，为何却奉师父罗真人之命下山，前来投奔梁山，其目的何在；
“小旋风”柴进在后王伦时代，以前投资人的身份成为梁山管理者与决策者之一，能否对宋江施加影响，继续执行“王伦”的意志；
以“大刀”关胜等五虎大将为首的前朝廷武将集团，达到了空前的二十一人，而官吏、富绅出身的头领则有二十三人，这些人占了一百单八将的四成，并掌控着山寨重要位置，他们对朝廷的态度，直接影响了梁山未来的战略走势；
以天下十三座山头为骨架组建的“绿林联盟”，原班人马中除朱武之外，都沦为配角，昔日的“东瑞西武南鹏北飞”，隐身于众多顶尖高手散发的光芒之中。
朱武虽名列首领团六大巨头之末，保留着草莽英雄最后的荣光，但掩盖不住乱世中，出身卑微的江湖好汉注定无法成为时代的缔造者。他们最先发起反抗，却把果实拱手让给了野心家。
历史历来如此。
这一年，“神机军师”朱武二十七岁，离开淮南西路濠州定远县的家，已经过去十一年。
这一年，朱武褪去少华山大寨主、“绿林西盟”盟主的光环，成为更大的势力集团——梁山的首领团成员，有一百多个聚义兄弟，即将开启更加波澜壮阔的人生旅程。
这一年，朱武俘获了十六岁少女玉娇枝的芳心，人生第一次要承担起一个女子的未来。
水泊梁山在首领团六巨头的领导下，将与童贯、张叔夜、史文恭、高廉、李成的联军对峙，大战一触即发。
（《水浒神机军师》第二卷·绿林联盟，完结。请关注第三卷·制霸天下）