大唐贞观十四年，侯君集等率兵行至柳谷，探马禀报说麹文泰将要安葬，高昌国人到时候聚集一处，可趁机袭击。但侯君集却认为趁其墓葬时偷袭不是问罪之师，而拒绝这么做。
侯君集于是领大军敲着鼓前进，攻略高昌国的田地。高昌人据城坚守，侯君集劝降但没有成功。当初大军出发前，李世民征召山东擅长制作工程器械的工人全部随军。侯君集于是砍木填充城壕，用推车撞击矮墙，撞开的穴口有数丈之宽，又用抛车往城中砸石头，阻挡的敌人都被砸得碎烂，有的人披着毡子，用来遮挡落石，城上的守军都没有立足之地。于是唐军攻克城池，掳获男女七千余人。侯君集乘胜进兵，包围高昌国都城。
高昌新王麹智盛穷途末路，于是致书给侯君集说是先王对唐天子无礼，而自己刚刚继位没有什么过错，希望侯君集能手下留情。侯君集回书给麹智盛说如果是真心悔过，就在军门束手投降。但麹智盛还是没有出降。侯君集命士兵填平城壕，用抛车以攻城。又修建十丈高楼，俯视城内，落石砸中的地方或被砸中的行人，都大声高呼，城内的人都躲入室内了。
当初，麹文泰与西突厥欲谷设约定，如果高昌被攻，则西突厥就来援助。等到西突厥听闻侯君集到了，欲谷设害怕向西逃走千余里，麹智盛失去援助，无计可施，开城投降。侯君集于是分兵平定高昌各地，高昌国灭亡。侯君集俘虏麹智盛及其百官，刻石纪功班师回朝。
侯君集灭高昌后，在未奏请李世民的情况将一些没有罪的人发配，又私自将高昌国宝物据为己有。手下将士们知道后也开始盗取金银珠宝，侯君集害怕自己做的丑事被揭发，于是不敢治将士们的罪。
而且，被宝物迷了眼的侯君集还犯了一个大错，那就是斩草没有除根。
侯君集在高昌的行为已经是错了，他自己也意识到这点了，因此后期有意识的组织了屠城，虽然在后世看来这很不人道，可是在当时这却是很正常的一件事，别说是侯君集，就是李靖李绩程咬金甚至是牛进达这些人都干过这事，李二也知道，但是一般不告到他跟前他也是不过问的，将士们在外拼命，难免想发点外财，死几个蛮夷不足惜。
可是呢，侯君集做事不细致，这样的事居然没有处理好，让城里几个王室成员悄悄脱逃了，等到发现时快马追杀已然是赶不上了。
本来高昌王室已经被侯君集给全部捉拿了，屠城这事他们也是不知道的，可是偏偏就有几人躲了起来，这些人算是麹智盛的子侄，准备等唐军走后再出来东山再起的，结果却是意外见到了唐军屠城。
人家都已经投降了，屠城确实有点过，但是你处理干净了也没事，反正人都死光了也没人去告你不是，结果这些玩意只顾着杀人捞钱，大意之下却是发生了这样的事。
跑掉的人不难查，侯君集很快的就知道了是麹智盛的侄子麹高为和侄女麹康，以及随行的贴身护卫三人，护送着这兄妹二人跑了。侯君集用屁股想都知道二人逃出生天后会去哪，于是紧急的用快马给沿途必经的驿站和关隘都传了信，要是遇上了请这里的人帮忙‘照顾’一下。
好在呢，从高昌都城到长安，这一路所必经的城镇都还是有自己的熟人的，就算交情不深，至少也没有过节，这点忙还是愿意帮的。
但是呢，等了许久的侯君集也没有等到这兄妹二人的消息，屡次派人去问也是这个结果，侯君集除了撒出人去广泛的找之外，每日里就只能焦急的等待。
而长安城，李二也大致的知道了侯君集的困境，说实在的，李二是不想处理侯君集的，这点事在李二看来完全不叫事，自己都做过。有时候军饷粮草不继，你画个大饼人家就拿命去帮着你拼，到头来得到的宝物你占了大头，娘们你一个人睡，人家就只是抢点钱财杀点人罢了，讲理来说真不是个事。
可是呢，这事也得分开说，那个时候是打天下的时候，自然不去追究那些，就算是有漏网之鱼他都没地方去告，顶多就是加入敌方阵营跟自己作对罢了。可是李二这辈子弄死了这么多人，自己的亲兄弟都弄死了两个，还真没怕过这个。
但是现在不同了啊，大唐立国二十余载了，天下早就大定了，自己治下的贞观之治也是有模有样的了，百姓不敢说富足至少也是衣食无忧了，在这个时候大家就更想的安定祥和了，你突然给弄出个屠城的大新闻出来，容易激起人们反感啊。
而且天下靠打，江山靠守，虽然在李二眼力没有守这个词，但是也应该是治天下啊，侯君集这个时候弄这么一出确实有点不合时宜。
想到这里李二都有些怪侯君集了：你给没出息的玩意，屠个城都屠不干净，还得朕给你擦屁股。且瞧着吧，那兄妹俩一准就跑长安告状来了。魏征那老匹夫到时候还不知道怎么喷朕呢，更别说还有马周孔颖达这帮子文臣，李二想想都头疼。
好在呢，侯君集目前还是做了一些补救的措施的，李二也只能祈祷他能截住这两人，不然到时候真的不好处理。
李二叫来了史太监：“侯君集他们定的何时班师啊？”
史太监回道：“目前侯君集传回的讯息说的是四月底班师，大约十月到长安。”
李二想了一下说道：“给张亮去封信吧，要他帮着留意一下西域那边过来的人。”张亮目前镇守在贺州，李二不能发明旨，只能私信给张亮，李二也相信张亮肯定是会执行的。
安排完了这些，李二心里还是有点担心，高昌战事一了，西域的战事就基本上结束了，除了昭武九姓那些杂胡之外，也就一个党项还有点实力，但是也翻不起浪花来了，西域也算是彻底的打通了，也算是回复了汉朝时的丝绸之路，赶上了前人的步伐。
希望侯君集这事能妥善处理吧，为西域之战留个好的结尾。