早在朝中时，袁崇焕曾与内阁辅臣钱龙锡有过这样一段对话。

　　钱龙锡：“你说五年复辽，有何计划？”（辽东诸事如何？）

　　袁崇焕：“要先从东江镇下手。”（当从东江坐起。）

　　钱龙锡：“为什么不从陆地进攻，要走海路？”（舍实地而问海道，何也？）

　　袁崇焕：“只要毛文龙听话，就可以不杀他。”（毛文龙此人，可用则用之，不可用则杀之。）

　　关于毛文龙的问题，是很头疼的。工科给事中潘士闻曾上疏弹劾毛文龙贪污军饷、杀降冒功（糜饷杀降）；尚宝卿董茂忠也曾上疏请求撤销东江镇，在山海关、宁远治兵（请撤文龙，治兵关宁）。袁崇焕也凑过热闹，说至少派个财务去核一核东江镇的工资开销（遣部臣理饷），却被毛文龙上疏反驳。

　　这些建议朝廷均未采纳，事实上，毛文龙的问题朝廷是知道的。当初，毛文龙孤军下海，深入后方，自己开辟了新的根据地，就这一点，功不可没。再说，由于身处敌人背后，天高皇帝远，管理不便也属正常。所以没办法，毛文龙得用，东江镇得设。

　　从一定程度上说，毛文龙是不怎么听话的，于是袁崇焕决定动手，杀毛文龙的方法也十分讲究。

　　首先，袁崇焕切断了登莱与皮岛的海上通道，要求一切物资走宁远运送。

　　走陆路，从宁远出发，过锦州，再深入后金腹地，要绕一圈，才能到达皮岛。此时岛上的毛文龙经济已十分困难，见迟迟不来粮饷，便派人去袁崇焕处索要。袁崇焕趁机演了一出戏，故意说道：“既然缺饷，怎么不早点说啊。”于是主动拨了粮饷，并给毛文龙写了慰问信，送去了银两。

　　毛文龙还蒙在鼓里，见新督师如此慈眉善目，打算拜见拜见，于是亲自前往宁远问候这位新上司，袁崇焕也表现得十分高兴，表示下次来皮岛做客（阅兵）。

　　袁崇焕早已制定了杀毛文龙的办法，六个字——入其军，斩其帅。此时的袁崇焕不敢动手，一旦毛文龙在宁远被杀，那么皮岛的那一批人将不受节制，后果不堪设想，唯一的办法就是在毛文龙的地盘杀了他。

　　崇祯二年（1629）六月初三，袁崇焕登上双岛口，毛文龙率众将迎接。袁崇焕显得轻松自如，而一旁的毛文龙则对上司的突然造访略显紧张，见袁崇焕如此，毛文龙也就放松了警惕，下令撤了身边的卫士。

　　次日夜晚，袁崇焕准备最后一次试探毛文龙。酒饭过后，二人开始了一段充满火药味的谈话。

　　袁崇焕：“当今的皇上很英明，很看重我。”（皇上神圣，合尧舜汤武为一君，臣子当勉旃疆场。）

　　毛文龙明白袁崇焕来者不善，立刻做出了反应：“昔日天启皇帝也很看重我。”（熹宗皇帝恩遇之隆也。）

　　袁崇焕：“你久居边关，十分辛苦，早点回杭州老家歇着吧。”（久劳边塞，杭州西湖，尽有乐地。）

　　毛文龙：“我早就想了，但现在后金尚在，国家大事，离不开我。”（久有此心，但惟我知灭奴孔窍。灭了东夷，朝鲜文弱，可袭而有也。）

　　袁崇焕：“会有人代替你的。”（朝廷不勤远略，当有代君者。）

　　毛文龙：“这儿都是我的人，谁人能替代？”（此处谁代得？）

　　谈话失败。

　　第二日，袁崇焕终于亮出了底牌：“本部院披肝沥胆与你谈了三日，只道你回头是迟也不迟。哪晓得你狼子野心，总是一片欺诳，到底目中无本部院犹可，方今圣天子英武天纵，国法岂容得你！”

　　接着袁崇焕宣布了毛文龙有十二大罪当斩（看来作业没少做）。这十二大罪我曾查过，没一条足以要人命，举几条说说：贪污军饷、冒领军功这些就不说了，那年头，但凡当兵的，多多少少都有点作风问题，这类事儿袁督师估计也没少干。有几罪是说毛文龙私自通商，军中不设朝廷监军等，更扯的一罪是毛文龙的一句吐槽。

　　毛文龙曾说：“八旗军如此强大，幸好没有水军，不然可以从海上攻打南京。”这本就是一句闲话，不知袁崇焕怎么把这事了解到的，还弄成了毛文龙的一罪，实在苦心孤诣。

　　总的来说，这十二项罪名虽说有事实，但也罪不至死。一旁的毛文龙明显也不服，大呼：“文龙无罪！”

　　见毛文龙不老实，袁崇焕接着说：“今日杀了毛文龙，本部院若不能恢复全辽，愿试尚方剑偿命。”又向毛文龙的部下说：“毛文龙如此罪恶，尔等认为应不应杀？若我屈杀文龙，尔等就来杀我。”说完，做了一个引颈受戮的姿势。

　　不得不说，袁崇焕的演技确实高超，这一番操作直接震慑了毛文龙的部将，众人相视失色，只能叩头哀告。

　　最后，袁崇焕用了相当巧妙的一句话征服了毛文龙，“文龙一匹夫耳，以海外之故，官至都督，满门封荫，尽足酬劳保得，藉朝廷之宠灵，欺诳朝廷，无法无天！夫五年平奴，所凭者祖宗之法耳，法行自贵近始，今日不斩文龙，何以惩后？皇上赐尚方正为此也。”

　　这段话的精髓在于最后一句——“皇上赐尚方正为此也。”“为此”，为的什么？此话在毛文龙听来，就是为的杀自己。袁崇焕玩了一回文字游戏，让毛文龙误以为杀自己是崇祯的旨意。于是连连哀求：“文龙自知死罪，只求恩赦。”袁崇焕毫不退让：“你不知国法久了，若不杀你，东江一块土非皇上所有也！”随后朝西叩头请旨：“臣今诛文龙以肃军政，镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣。”说完取下尚方宝剑交给旗牌官，将毛文龙斩于帐前。

　　袁崇焕将毛文龙的军队整编后，为毛文龙举行了祭礼，拜祭道：“昨日斩尔，乃朝廷大法；今日祭尔，乃我辈私情。”

　　当此事传到北京时，崇祯气得把桌子都掀了，但没办法，袁崇焕是自己一手提拔的，还得用下去。紧接着，顺着袁崇焕的意思论了毛文龙的罪，毕竟人都死了，也算是卖袁崇焕一个面子。

　　袁崇焕感激涕零，难得遇到这么好的老板，打算以死报国。但袁崇焕不知道，他已经给自己挖好了一个坑，然后就要栽进去。

　　这就是袁崇焕杀毛文龙的始末。至于说袁崇焕通敌的那些史料，大多来源于当时朝廷弹劾袁崇焕的奏疏，一经传抄，就形成了清初史料中袁崇焕议和投敌的说法。从几次袁崇焕的试探也可以看出，袁崇焕对毛文龙的态度是有转变的，从最开始的“只要听话，就能活命”，到后来“只要回家（弃权），就能活命”，二人之间是有周旋的。不是说袁崇焕一上来就准备杀毛文龙，然后拿毛文龙的头去找皇太极交易，这不是一个精明的、对权力有着极大欲望的人能干出来的蠢事。

　　但有一件事没有争议，那就是毛文龙之死影响真的很大。由于毛文龙死了，皇太极大松了一口气，出征时再也不用担心自己的屁股。而毛文龙手下有三个人，失了业，后来混不下去，直接奔后金大营去了。再后来清军入关，这三人成为清消灭明朝残余势力的主力军之一。

　　这三人分别叫孔有德、耿仲明、尚可喜。