四月十二日。
太皇太后原本打算采用苏轼昨日的建议，先以宋哲宗的名义立案审查，然后再宽恕蔡确，然而事情的走向随着诏令的下发后发生了偏差。诏令命安州衙门取来蔡确诗文原稿，同时将官员弹劾蔡确的内容告知于他，允许他上章自辩。此诏令一出，满朝哗然。
翌日。
中书舍人彭汝砺上书启奏，听闻吴处厚说蔡确作诗涉嫌讥谤，朝廷下旨让蔡确自辩。诏令一出，议论纷纷。自己夙夜反复思虑，以至于废忘寝食，实在想不通朝廷这么做是何道理，乞盼朝廷趁着诏令还未走远，尽快废除，再行下旨。
紧接着，梁焘、吴安诗、刘安世也相继多次上书弹劾蔡确，言辞激切，请求朝廷对其严惩。
与此同时，安州衙门那边也传来了回信，蔡确所作诗，初题在牌上，然后移至邓州，走了一驿的距离后，安州衙门派人取回牌子，上交公使库。
而蔡确的自辩奏章也同时被送达汴京，呈送御前。蔡确奏章中写道：臣在安州作诗涉嫌讥讪，朝廷下诏让臣启奏此事。他们说我被贬安州，包蓄怨心，公然肆无忌惮地在诗篇中讥谤，这是臣僚横加诬陷，欲以激怒朝廷，而不知当时处置的始末，妄加猜测臣在怨恨。
臣前年夏天在安州，所居住的西北角，有一座旧亭，名为车盖亭，下临涢溪，上与白兆山相对。臣处理完公事后就在车盖亭上休息，观赏此景，偶然诗兴大发，作了数首小诗，没有一句一字涉及时事，也没有对贬谪有不满之意。诗意浅显，读一下便可知晓，不料臣僚却在诗的意思之外多方注释，横加诬蔑，说我有隐晦之意。如果真是这样，那么寻常人开口落笔，虽没提及某事，都可以用某事来治他的罪，说他有隐晦之意……
蔡确在奏章中将官员弹劾其诗文中的讥讽之意一一辩解，还说古今诗句用海变桑田事的人特别多，就像近些年苏轼在坤成节大宴上致语也说“欲采蟠桃归献寿，蓬莱清浅半桑田”，祝寿之辞都用这些，为何臣吟诗用此旧事就不是佳句？
数日后。
由于蔡确的奏章提到了苏轼的诗句引用“桑田”，刘安世、梁焘与同僚又议论起苏轼当年被李定等人诬蔑讥讽的“海变桑田事”。很快，苏轼又被人弹劾诸多罪状，此事传入苏轼耳中，他急忙于四月十七日上章自辩，以证清白，并表示如果再有人弹劾自己，请朝廷将弹劾奏章外付施行。
苏轼隐约感觉到再不走只怕自己也会被卷入车盖亭一案，急忙带着全家远离这个是非之地，前往杭州赴任去了。
由于御史中丞李常和侍御史盛陶不太想参与，结果遭到梁焘、刘安世等人的弹劾。梁焘指责李常、盛陶表面上意图护佑蔡确，实则是想要治吴处厚的罪，而刘安世则弹劾两人身为御史，目睹蔡确无礼于君亲，却在观望，不上书弹劾。
与此同时，中书舍人彭汝砺上书营救蔡确，又遭到了梁焘等人的弹劾。没多久，吴安诗又弹劾中书舍人曾肇教唆彭汝砺营救蔡确，自己却不上书，其奸恶程度超过彭汝砺。
数日后。
延和殿。
太皇太后对蔡确之事心力交瘁，召集文彦博、与吕大防、范纯仁等三省宰相们一同商议此案，不禁感慨道：“要是司马君实在，必不至于这样。”
文彦博等人不知如何接话，只得面面相觑。
随后几日，太皇太后又召集范纯仁、吕大防、刘挚商议，感慨道：“蔡持正在朝中有很多朋党啊！”
范纯仁自从回朝后就一直希望调和各派，听闻太皇太后如此一说，抢先回应道：“蔡持正没有朋党。”
吕大防反驳道：“蔡持正确实有朋党在朝，范尧夫所言不对。”
刘挚随声附和道：“吕微仲所言极是，蔡持正确实有朋党。”
三人争执不下，太皇太后甚为烦躁，只得随后再议。
五月。
朝廷下诏龙图阁直学士、御史中丞李常为兵部尚书，朝奉大夫、侍御史盛陶为太常少卿。蔡确责授左中散大夫、守光禄卿、分司南京。诏令一出，再度引发朝中热议。
彭汝砺作为中书舍人拒拟草招，并上书乞求朝廷对其予以宽恕。
梁焘、吴安诗、刘安世认为处罚得太轻了，上书请求朝廷对其予以重判，并指责彭汝砺没有学术，妄自尊大，诞谩愚人，以邀虚誉，与曾肇一心为恶，时常怀念蔡确的私恩，朝夕盼望其回朝；而曾肇尤其阴险狡诈，借着草拟诏书的权利，用官家的话抒发爱憎，上侮人主，下结奸臣，欺君卖国，人神共怒，官家却对此茫然不知。
御史中丞傅尧俞、侍御史朱光庭、右谏议大夫范祖禹等人也跟着相继弹劾蔡确。至此，谏院、御史台大多数言官都参与到了车盖亭一案中，而殿中侍御史翟思、监察御史赵挺之以及王彭年因为不想参与，没有上书弹劾遭到了和之前李常、盛陶一样的下场。
数日后。
在台谏官们的不断弹劾下，朝廷下诏，殿中侍御史翟思任宣州通判，监察御史赵挺之任徐州通判，王彭年任庐州通判，而之前已被改任侍御史、太常少卿的盛陶再次被改任汝州知州，已被改任龙图阁直学士、兵部尚书的李常又被改任邓州。
诏令一出，尚书左丞王存启奏道：“臣以为不应责罚盛陶等人，如果因为不谏言就责罚御史，恐怕后来者会不择而言，只为逃避责罚。
太皇太后道：“台谏言多谏言有什么害处呢？只要朝廷能明辨是非即可。”
王存只得作罢。
与此同时，在被台谏官们连续攻击下，朝廷下诏，中书舍人彭汝砺改任朝奉郎、徐州知州，中书舍人曾肇本来改任给事中，因其请求离京外任，遂改任宝文阁待制、颍州知州。
车盖亭一案并没有因为蔡确被贬而平息，反而越闹越大，尚书、中书、门下三省、谏院、御史台等部门全部参与其中。