同年八月十八日，耿炳文兵临真定，徐凯屯兵河间，潘忠、杨松驻军郑州。壬子日，燕兵攻陷了雄县，潘忠、杨松战在月漾桥，被抓。郑州攻陷。壬戌，耿炳文与燕兵战在滹沱河北，失败，李坚、宁忠、顾成被擒，耿炳文退守真定。燕兵攻不下，离去。
召辽王朱植和宁王朱权归京城，权力不到，下诏削除护卫。丁卯，曹国公李景隆为征虏大将军，代替耿炳文。九月戊辰，吴高、耿嗽、杨文率辽东兵，围攻永平。戊寅，李景隆兵住河间，燕兵援救永平，吴高退至保山海关。
冬十月，燕兵从刘家口抄小路袭击攻陷大宁，守将朱鉴战死的。总兵官刘真、都督陈亨援救大宁，陈亨叛降燕军。燕王以宁王朱权及朵颜三卫士兵返回北平。辛亥，李景隆围北平，燕王军回救
。十一月辛末日，李景隆及燕军战于郑村坝，失败，逃奔德州，各路军队全部溃败。燕王朱棣再上书朝廷。皇帝为取消齐泰、黄子澄官职，仍留在京城。二年春正月丙寅初一，下诏天下来朝官员不要祝贺。丁卯，释奠先师孔子。二月，燕兵攻陷蔚州，进攻大同。
李景隆从德州支援，燕兵回北平。保定知府雏佥叛降燕军。甲子，又以都察院为御史府。平均江、浙赋税。下诏说：“国家有服务，江、浙的赋税独重，而苏州、松江官田全部准私税，使用惩戒一时，怎么可以成为准则。
现在全部减免，每亩不得超过一斗。苏、松人仍然得任户部。三月丙寅初一”，天上日食忽氟。赐胡广等进士及第、出身不等。
夏四月二十六日，李景隆与燕兵战于白沟河，失败的。第二天再打，失败，都督瞿能、越隽侯俞渊、指挥滕聚等都战死，李景隆逃奔德州。五月十四日，逃到济南。燕兵攻陷德州，于是攻打济南。
庚辰，李景隆兵败于城下，南逃。参政铁铉、都督盛庸竭尽全力抵御的。六月十八日，派遣尚宝丞李得到成告谕燕王收兵。
秋八月一日，承天门发生火灾，下诏求直言。戊申，盛庸、铁铉击败燕军，济南解围，收复德州。九月，下诏审查洪武年间功臣罪被废黜的后面。
辛未，封盛庸历城侯，提升铁铉山东布政使，参赞军务，不久进升为兵部尚书。以中庸为平燕将军，都督陈晖、平安副的。盛庸屯兵德州，平安和吴杰屯兵定州，徐凯屯兵沧州。
冬十月，召李景隆回京，赦免不杀。庚申，燕军袭击沧州，徐凯被擒。十二月甲午日，燕兵侵犯济宁，迫近东昌。乙卯日，盛庸击败他。斩其大将张玉。丙辰，再打，又打败他们，燕兵败走馆陶。盛庸军势大振，号召各屯军一起进攻燕国，切断他的归路。
三年春正月初一日，神宝落成，祭告天地宗庙，奉天殿接受朝贺。乙丑，吴杰、平安合击燕兵于深州，不利。辛未，在京城南郊大祭天地。
丁丑，祭祀太庙，宣告东昌大捷。恢复齐泰、黄子澄官职。三月十四日，盛庸败燕军于夹河，杀了燕将谭渊。再战失利，都指挥庄得、楚智等奋力作战而死。壬午，再打，失败，盛庸败走德州。丁亥，都督何福增援德州。
癸巳，贬齐泰、黄子澄、告谕燕王收兵。闰月己亥，吴杰、平安和前燕交战于藁城，失败，回守真定。燕王军攻打真定、顺德、广平、大名。朱棣上书请求召回诸将休战，派大理少卿薛岩回报的。这个月，《丧礼》成功，颁布实施天下。五月甲寅日，盛庸用兵扼守燕运送粮饷的道路，没有成功。朱棣又派遣使者上书，下让他在监狱里。
六月壬申，燕将李远侵犯沛县，焚烧粮船。壬午，都督袁宇攻击李远的，失败。秋七月十八日，燕王军攻打彰德。丁酉，平安在真定进攻北平。
壬寅，大同守将房昭率兵从紫剂关奔向保定，在易州西水寨。九月十九日，平安与燕将刘江战于北平，失败，回守真定。冬季十月丁巳日，真定诸将派兵增援房昭，等到燕王战于齐眉山，失败。
十一月壬辰，辽东总兵官杨文进攻永平，与刘江战于昌黎，失败。己亥，平安败燕军李彬在杨村。十二月癸亥，燕兵焚烧真定军储。下诏中官奉使侵暴吏民的，在有关部门拘留所。这个月，驸马都尉梅殷镇守淮安。
《太祖实录》完成。四年春正月甲申，在蒙化召见原周王朱橚，住的京城。燕兵连陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华，济阳县教谕王省皆死的。甲申，魏国公徐辉祖率领军队增援山东。燕兵攻陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死的。癸丑，薄徐州。
二月甲寅，都督何福及陈晖、平安陈军济宁，盛庸陈兵淮河上。己卯，改定品官功勋等级。三月，燕王军攻打宿州，平安追在淝河，斩其大将王真，遇到伏兵大败，宿州陷落。夏季四月丁卯日，为什么幸福、平安败燕军于小河，杀了他的将领陈文。
甲戌，徐辉祖等人败燕军于齐眉山，杀了他的将领李斌，燕兵害怕，阴谋北归。适逢皇帝听到谣言，说燕兵已经北，召徐辉祖回京，何福陷人孤立无援。庚辰，诸将与燕兵大战在灵璧，失败，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明都被抓。
五月癸末日，杨文率辽东兵赶赴济南，在直沽被击溃。己丑，盛庸军队溃败在淮河上，燕兵渡过淮河，到扬州。指挥王礼等叛降燕军，御史王彬、指挥崇刚死的。辛丑，燕兵至六合，诸军迎战，失败。
壬寅，下诏天下勤王，派遣御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道征兵。召齐泰、黄子澄还。苏州知府姚善、宁波知府王进、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方各自起兵入卫。
甲辰，派遣庆成郡主到燕国的军队，讨论割地罢兵。六月癸丑，盛庸率舟师在浦子口战败燕兵，再战不利。都督佥事陈瑄率舟师叛变归附燕王。
乙卯日，燕军渡过长江，盛庸战于高资港，失败。戊午，镇江守将童俊叛降燕军。庚申，前燕国的军队抵达龙潭。辛酉日，命令各王分守都城，派李景隆及兵部尚书茹瑺、都督王佐到燕军，申前约。
壬日，又派谷王朱橞、安王朱楹前往。都不允许。甲子，派遣使者送蜡书四出，催促勤王兵。
乙丑，燕兵侵犯金川门，左都督徐增寿图谋内应，被杀。谷王朱橞及李景隆叛，接纳燕兵，京城陷落。宫中起火，帝不知所终。燕王派中使晋出帝后尸体在火中，第八天壬申日下葬的。
有人说皇帝由地道出逃。正统五年。有一个僧人从云南到广西，假称建文皇帝。恩恩知府岑瑛上报于朝廷。调查，于是钧州人杨行样，年已九十多岁，下地狱，查看四月死。同谋僧人十二人，都戍守辽东。
从此以后，滇、黔、巴、蜀间，相传有皇帝为僧人往来的行踪。正德、万历、崇祯间，诸臣请求续封皇帝、皇后，当加上宗庙谧号，都交部议，没有成功。
大清乾隆元年，诏令朝廷大臣商议，追谧为恭闵惠皇帝。
总结：惠帝天性仁厚。即位之初，亲贤好学，请用方孝孺等。典章制度，锐意复古。他曾因病晚起，尹昌隆进谏，就深深自责，宣他疏于中外。
又授任军卫单丁，减少苏、松重税，都爱护百姓的大的。于是革命之后，纪年又称洪武，此后子孙臣民来记载为嫌疑，民间传疑，不没有错误。更越朝，可以经评定，你的名字一惠，你可用德彰，美啊