时间转眼就来到了6月，阿莱克修斯在这两个月里做了许多救国的事，首先他回到了特拉比松，控制来往人群，随后他又收留从君士坦丁堡逃来的难民，尽全力为他们提供帮忙，接着他又临时拼凑了一支规模不大的军队，向被普洛尼亚领主控制的农村地带扩张，通过一系列妥协领主的办法换取了他们对自己的信任，使他们接受了统一领导，从而在最大程度上整合了抵抗拉丁帝国的罗马人势力，有了一定的代表性。
到如今，阿莱克修斯·科穆宁的势力已经完全控制了特拉比松地区，在本都山脉以外还有一些不愿意合作的领主由于靠近罗姆苏丹国的领土，阿莱克修斯一时半会还不能动他们。
虽然现在做到了名义上的统一，但实际情况远比想象中的糟糕。
第一是农业问题，要知道在生产力落后的古代，农业的发展是至关重要的，农业的兴衰为国之根本，是国家生存的基础和保障，即使是东罗马帝国这样高度依赖贸易税收的商业帝国，田税也占国库收入很大的比例。
而在阿拉伯人入侵，帝国丢失了埃及、阿非利加这些重要的产粮区后，帝国的国库税收直接锐减三分之一以上！后者不得不实行军区制。在接下里的几百年里，帝国最重要的产粮区则转变为了肥沃的小亚细亚沿海地区，西西里岛或许还可以为帝国提供粮食供给，但不久后也被外敌入侵彻底丢失。
小亚细亚地区最肥沃最精华的地区就是沿海地带，这里生活着数百万希腊人，加之自古希腊人就喜欢居住在沿海地区，所以这里的人流量一直很高，长期保持着人口逐步上升的情况；直到后来土地被突厥人逐步吞噬，奥斯曼帝国强制移民大量的突厥人到这里，才导致当地希腊人比例逐渐下降。
古代农业除了需要当地肥沃值高，还需要有足够的人来耕种。1204年后帝国被分割成几块，拉丁帝国占据了色雷斯一块，在萨洛尼卡、雅典一带还有一些由拉丁骑士建立的公国，而伊庇鲁斯、尼西亚、特拉比松构成了帝国的三股流亡势力，但却又勾心斗角，权力让昔日的同胞兄弟成为了战场上的敌人。因此，阿莱克修斯虽然占据了特拉比松这块宝地，但劳动力紧缺，没有足够的年轻人来耕种土地，加上本都海岸走廊地带时常受到突厥人的进攻，很难从西小亚细亚调动人力过来，更何况占据尼西亚的拉斯卡利斯家族自身难保，更不可能将本就紧缺的人力资源送给特拉比松，两个势力之间不存在和解的理由。
没有足够的劳动力，意味着土地大量荒废且没人耕种，加之可用土地基数少，与横跨三洲的东罗马帝国不可同日而语，其可耕地面积不足，严重束缚了农业的发展；人力资源短缺将会是阿莱克修斯长期面临的经济、军事双重问题，广袤的土地上劳动力严重缺乏意味着连扩军都成为了难题，这些都对阿莱克修斯的势力发展将受到极大的影响。
第二，是工商业问题。由于帝国的海军几乎消耗殆尽，无力对抗海上贸易强国威尼斯，威尼斯人强占了大片地理位置优良的贸易港口，将沿途而来的财富通通汇集在自己手中，但特拉比松位于小亚细亚东北部，对于黑海贸易有着至关重要的地位，在克里米亚半岛的殖民据点也被热那亚人占领，使得威尼斯的垄断贸易无法进行，一向看重利益的威尼斯人必然会通过战争、经济制裁等手段解决这一问题，因此也将影响特拉比松的工商业发展；加上刚才说的缺粮问题，还有一些急需的资源，如人力、蚕丝、茶叶、丝绸、玻璃等等，这些都是特拉比松短缺的。以上几点构成了严重的贸易逆差问题，说简单点，特拉比松要花费大量的资金进口物资，而能出口换钱的商品却少之又少，国内商品需求不稳定，政府开支将消耗极大，对这个新生的势力来说将非常不利。
第三，是当地社会矛盾问题。东罗马帝国的危机始于11世纪，究其原因大贵族土地兼并、小农日益贫困、最终破产是最重要的社会矛盾，帝国的财政出现困难，严重打击了帝国的经济基础，加之中央的无能和日益严重的腐败问题，导致当地社会出现两极化的消极情况，富人越来越有钱，地主（富农）阶级越来越庞大；自耕农越来越少，破产者越来越多，被饥饿和疾病逼急的穷人到处掠夺物资，给当地社会的秩序带来了沉重打击。
这个问题也将极大限制农业的发展，农民没了自己的土地，加上被压迫，劳动积极性便会极速下降，自然粮产量会降低。
第四，是雇佣军问题。对外战争的胜负对国家的重要性不必多说，阿莱克修斯必须建立一支强大的、罗马人自己的军队。让罗马人自己来保护国民免受虎视眈眈的狼群的侵害。
外国雇佣军在罗马历史上几乎始终活跃，即使在军区制时期，它也是一股重要的军事力量。
雇佣军叛乱、拒绝出兵等问题时常发生，如果特拉比松真的想要“富国强兵”，就不能过度依赖这些反复无常的雇佣军，军队“罗马化”的重要性尤为重要；而不是像以往皇帝一样指望外国军队。
罗马人要想在战争中取胜，就必须得依靠自己的力量，而不是联盟军队或外国雇佣军。过于依赖外国雇佣兵是科穆宁王朝后期，帝国的边防力量薄弱的重要原因，君士坦丁堡被攻占的直接原因之一就是雇佣军的言而无信，未参与君士坦丁堡保卫战。
第五，军区制问题。罗马帝国四分五裂，阿莱克修斯只能偏居特拉比松，自夺取特拉比松起，他的最终目标便是重返君士坦丁堡，再现东罗马帝国往日的辉煌，因此，如何强军是阿莱克修斯最该考虑的问题。
东罗马帝国的军区制，最早在7世纪出现，是一种军政合一的制度，按军区、师、团、营等军事序列管理帝国各级行政区域，各级管理机构实行战时体制，不仅军政权利由将军控制，而且军区的各级权力机构也按军事建制设立，行政系统附属于军事系统，军区首脑“将军”比以前的“总督”拥有更大的权利。国家给予小农世袭土地换取小农服兵役的义务与税款收入。
士兵从政府那里领取农田，自己耕种或雇人耕种，提供自给自足的军粮。在军区制下，军区制主要是通过在各地区分别建立新军区、确定军区内部军事序列和以田代饷建立军役地产等一系列措施逐步确立起一个以农兵阶层为主体的小农经济形态为帝国经济基础的政治军事管理体系。
这种军政兼容、兵农合一的制度促使农兵阶层的形成和发展，对加强帝国国防力量，稳定社会经济均起到极为重要的作用。拜占庭帝国初立时，帝国内部及周边国家也是战事不断，甚至面临危机，但军区制使帝国有了强大的军事力量，不仅可以保卫帝国，并且支持着它一路扩张。12世纪时军区制在帝国范围内无法为继而被废除，帝国的军事力量急剧下滑。
阿莱克修斯知道12世纪废除军区制之后对于帝国军事实力的影响，他必须立即着手恢复军区制，并与社会改革同时进行。
军区制之所以衰落是因为土地兼并小农破产，农兵阶层瓦解，但君士坦丁堡的陷落使得贵族土地不复存在，小农与其的人身依附关系也随之解除，如果再把社会两极化问题暂时解决，那么军区制的最重要弊端会被暂时的消除，阿莱克修斯想恢复军区制的想法便有了可能性。
东罗马帝国在公元7世纪左右强敌环伺，特拉比松也一直被塞尔柱突厥帝国、罗姆苏丹国或蒙古帝国，甚至于其他罗马人势力所扰，二者的所面对的局面何其相似，所以特拉比松欲恢复军区制也就不难理解了。
军区的农兵以终身服役换取经营小块军区地产的权利，平时携家带口耕种农田，战时则自备武器给养，随军作战。
只要搞好军区制，那么特拉比松人力资源匮乏、兵源不足的问题得到解决，稳定的兵将极大的提高了部队的战斗力和作战效率；加之小农的耕种增加了国家的农业税，同时农兵自备武器、干粮为政府节省了常年征战所产生的大笔开支，这一切都将极大减轻了政府的财政负担；此外军役地产使会让流亡的罗马人安定下来，人口流动受到限制，社会阶层趋于稳定，这有利于社会秩序恢复和重建。
总之，特拉比松倘若能解决以上几点问题，那么特拉比松将脱胎换骨，容光焕发，甚至会比科穆宁王朝晚期和安格洛斯王朝治下的帝国更为健康，在各个方面都将比以前更完美，帝国的活力和气数也尚未耗尽，重建强大的科穆宁王朝，罗马帝国的重新复兴也是完全有可能的。