刘秀兄弟和南阳宗室子弟的兵马被称为舂陵军(形成以其为首的南阳军事政治集团)。虽然当时兵少将寡，武器很差，甚至在初期，刘秀是骑牛上阵的，但战果还不错。后经过激战杀死了新野尉，刘秀才有了战马。
不久又杀死湖阳尉，占领棘阳。但随即就遭遇甄阜、梁丘赐等所率的新军，在小长安溃败，刘秀“单马遁走”，途中还救下了妹妹刘伯姬，但姐姐刘元却拒绝上马以害怕因此拖累刘秀，最终与她的三个女儿被新军杀死。(从此看他的姐姐是一位好姐姐，为他死于小长安，这也是刘秀后来对其二人，十分仇视，不接受投降直接杀了，称帝后他册封刘元为新野节义长公主。)
此次兵败后，新市、平林打算放弃对舂陵军的支援，刘秀便偕刘縯、李通到宜秋去拜见下江兵首领王常，说服他让其加入，最终新市、平林、下江与舂陵兵联合作战，于翌年正月在沘水、淯阳等地大败新军，并击杀甄阜、梁丘赐等新莽将领。
更始元年（23年）二月，西汉宗室刘玄被绿林军的主要将领拥立为帝，建元“更始”，是为更始帝。对此，刘縯及南阳刘姓宗室极为不满，只是迫于在联军之中，绿林军人多势大，又有强敌在前，只得暂且作罢，但暗中有所动作。更始政权为了安抚南阳集团，便封了刘縯为大司徒，以及封刘秀为太常偏将军。
更始政权建立，复用汉朝旗号，此举大大震动了新朝，王莽即遣大司空王邑、大司徒王寻发各州郡精兵共四十二万扑向昆阳和宛城一线，力图一举扑灭，这一个新生的更始政权。
同年五月，王邑、王寻率军西出洛阳，南下颍川（今河南省禹州市），与严尤、陈茂两部会合，迫使刘秀的部队从阳关（今河南省禹州西北）撤回昆阳（今河南省平顶山市叶县）。昆阳汉军仅九千人，众恐不敌，欲弃城退守荆州故地。刘秀以“合兵尚能取胜、分散势难保全”为由，说服诸将以退为守，固守昆阳。此时新莽军队已逼近城北，刘秀率13名骑兵乘夜出城，赴定陵县、郾县调集援兵，后有步兵、骑兵一万七千精兵赴援昆阳。
王邑等人自恃兵力强大，扬言：“百万之师，所过当灭，今屠此城，蹀血而进，前歌后舞，顾不快耶！”王邑军向昆阳城发起进攻，并挖掘地道，制造云车。昆阳守军别无退路，坚守危城，拼死一战。此时新军久战疲惫，锐气大减。刘秀于六月一日率领步骑万余人驰援昆阳。刘秀亲率千余精锐为前锋，身先士卒，反复猛冲，斩杀新军数十人，来鼓舞军队的士气。
诸将看后就说：“刘将军平生见小敌怯，今见大敌勇，甚可怪也，且复居前。请助将军！”汉军士气大振，刘秀继续追击，迫使新军退却，诸部也乘胜攻击新军，斩首数百千级。随后刘秀又以勇士三千人，迂回到敌军的侧后，偷渡昆水（今叶县辉河），向王邑大本营发起猛烈的攻击。
王邑依旧轻敌，下令各营勒卒自持，不得擅自出兵，自行和王寻率及万人迎战，王邑兵马陷入困境，王寻战死，诸将未敢出援。昆阳守军见城外汉军取胜，乘势出击。新军大乱，纷纷夺路逃命，互相践踏，积尸遍野。此时突然大风飞瓦，暴雨如注，滍水暴涨，新军万余人涉水被淹死，滍水为之不流。(天时地利人和，都在帮刘秀，此昆阳之战怎能不胜，王邑又怎能不败。)
新朝号称百万大军的主力覆灭于昆阳城下，三辅震动，新莽政权瞬间土崩瓦解。
更始元年（23年）九月，绿林军攻入到长安之中，王莽(被乱军所杀，其头颅被收藏)死于混战之中，新朝覆灭。
其原因：王莽的尸体被碎尸万段，头颅扔到街市之中，深受其苦的百姓竟然“共提击之，或切食其舌“，后来又被军士带回皇宫，对于王莽的头颅，新的继任者自有安排。
刘秀命工匠将黑漆刷在王莽的头颅之上，随后又传术士进宫做法，匠人们用了特殊的方法将王莽头颅上的皮肉剥去，只留骨骼，然后小心保存起来。
至于这颗头颅究竟藏在哪里，民间并无人知晓，有人说藏在皇陵，有人说藏在国库，还有人说这颗头颅被悬挂在皇宫内院的某个地方。
这样的传说多少带着一些惊悚的色彩，不管是收藏在什么地方，堂堂大汉皇室为什么要存放着这样一颗头颅在自己身边？而且这头颅的主人又不是什么忠臣良将，而是一个窃国之人，在迷信非常严重的汉朝，皇帝难道就不怕王莽的鬼魂？
汉朝人有多么的害怕鬼神，人尽皆知，汉武帝因为一个“巫蛊“连废两任皇后，连太子都因“巫蛊之祸“而死，历代汉朝皇帝没有不怕鬼魂的，王莽这个家伙生前尚且把汉朝搅得乌烟瘴气，何况死后？
但是大家偏偏对这种方式没有提出异议，这背后同样有着深意。最重要的自然就是对于叛国者的惩罚，中国人讲究入土为安，否则就会变成孤魂野鬼，就算是某些昏君，例如隋炀帝、李后主(李煜也不一昏，从目前来看他是一名合格词人，但不是一个合格的皇帝，说他昏有点过了)也都得到了相对体面地安葬。
但是王莽他的性质不同，隋炀帝再如何昏庸，至少在中国古代的看法里他还是合法继承，是隋文帝的亲生子，天然具有对王朝的继承权，李唐王朝尽管造了反，对于这个前任君主也可以保持最后的体面，何况隋唐王室之间还有些亲戚。但是王莽与他的下一任君主刘秀之间，并非如此，王莽是篡位，是汉朝王室的仇人，他凭借着汉王室对他的信任上位，却反过来把刀对准了王室成员，不知有多少刘姓王室因王莽而死，在这种情况下，刘秀和王莽之间就不仅仅是夺权，更是一场来自汉王朝的复仇，对于仇人，是不必保持体面的。
而且王莽篡位的性质非常恶劣，自吕后以来，西汉的每一任皇帝几乎都要与外戚做斗争，窦太后、霍光、王氏一族，每个新君对于外戚都是十分惶恐的，但是从前的外戚至少只是越权而非取而代之，王莽却开启了外戚篡位的先河，汉朝的皇帝离不开母族的支持，但是如果母族亲戚想要篡位，这件事情就变得非常可怕了。
所以为了警示后世，刘秀必须给王莽施以最严厉的惩罚，让他永远无法安稳入葬，后世的外戚想要犯上作乱，也要仔细想一想王莽的下场。
另外还有一个稍微迷信一些的心思，古代人认为王莽这样的叛贼死后不得安息，会在地府受苦，变成难以化解的恶灵，但是把这种恶灵悬挂在皇城之中，可以起到“以毒攻毒“的效果，让其他的邪祟不敢靠近，保一方太平。某种意义上这种方式是处理谋逆之人的常见做法，或是曝尸荒野，或是点天灯，总之是让这个人生前死后都不得安宁，甚至是让这个人永世不得超生，再也没有办法作乱，只有这样，统治者才能放心，也才能发泄心中的恶气。
而且王莽虽然一时成功篡位了，但是最后他还是失败了，人们也就认为这样一个人不是上天庇佑的真龙天子，是没有办法和真正的天命之人刘秀对抗的，所以人们并不担心这个失败者会伤害到刘秀的气运，反而相信他会被刘秀的天子气震慑。因为这个头颅有着特殊的意义，所以即使东汉灭亡，继任的曹魏、西晋也默默把这颗头颅收藏了起来，希望能够起到一些虚无缥缈的作用。
但历史的变迁是由一个个齿轮共同推动的，他们有意或无意地成为了这历史的推动者，但在王朝更替之际，也许不是王莽，也还会有别人，时也命也。
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