机遥天榜上的人物都知道董秀、刘协和刘琰的关系，所以当招安长安并册封董秀为冠军王的时候，也就一些平民百姓和不重要的官吏议论议论，并没有引起太大的风波。
相比之下，兵马的调动才是大汉上下更关心的事，目前大汉帝国所有的精锐士卒已经全部被录入机遥天榜，其中步兵大约50万，水军大约20万，骑兵大约30万，总数约为100万人。兵员来源比较复杂，步兵大都来源于益州、中原和黄巾军，水军大多来源于荆州和扬州，而骑兵大多来源于雍州和凉州。由于刘琰的刻意干涉，大汉帝国并没有历史上三国时期人口衰减的那么多，目前不算幽州冀州和并州，只计算洛阳朝廷的统治区域，大约有2000万人口；并州大约还有200万人口，冀州还有400多万人口，幽州大约还有150万人口，胶州还有100万人口，若是加上这些，总人口也不到3000万，大约是黄巾之乱之前的一半，那个时候大汉帝国的人口有将近6000万。
目前这个时期，正处于小冰河期，粮食减产，百姓难以裹腹，在黄巾之乱前甚至发生了人吃人的惨象，而黄巾之乱后天下生产被大肆破坏，也没好到哪里去。好在这四五年中原地区被洛阳朝廷恢复的比较好，人吃人的惨象是杜绝了，但忍饥挨饿、糠菜半年粮还是少不了的。
所以大汉帝国仍然要面临努力发展农业生产的重任，只有粮食产量提升了，国家才有安定的基础，军事上才有对外扩张的实力。
所以刘琰决定重新确立官职制度，实行军政分离。在经过与荀彧周瑜等人的严密确认和甄选之后，结合神书中的完美法典，刘琰开始在大汉境内大刀阔斧的实行改革。而且为了避免天下世家大族的抵触，这次改革全部是以机遥天榜中人为基础来进行的。
仍旧以都城洛阳为大汉帝国最高指挥管理中心，彻底取消以前的三公九卿制度，改成八部四十司，八部不设主官，美思的大司长即是大汉帝国的最高主官。
八部第一部，相部五司。情报司大司长李儒，按察司大司长沮授，裁决司大司长荀彧，复核司大司长田丰，执行司大司长顾雍。情报司负责收集天下重要情报，情报经过整理分析递交给按察司，按察司拟定意见交给裁决司，裁决司判决之后交给复核司审查是否公正合法，最终的意见由执行司进行监督执行，而执行司执行效率则由情报司来监控，相部五司相互制约、相互监督，是大汉帝国的实际掌舵部门，决定了大汉帝国整体的发展和走向。
八部第二部，法部五司。立法部大司长陈群，普法部大司长张松，监法部大司长张纮，论法部大司长崔琰，修法部大司长马良。这五司掌管天下法律的制定、普及、监督执行以及反馈修改。
八部第三部，政部五司。吏司大司长张昭，礼司大司长董昭，户司大司长华歆，刑司大司长钟繇，医司大司长张机，分别负责官吏的选拔考核、仪礼、户口、刑事和卫生医疗。
八部第四部，军部五司。国防大司长陈登，治安大司长满宠，军政大司长步骘，后勤大司长蒋琬，参谋大司长廖立。国防司负责各地驻军的监督、名单、军职、军衔、调遣驻派的监控等事务，治安司负责各地盗匪缉拿、官府卫护，军政司负责军兵士卒的政治思想教育，后勤司负责各军粮草、装备、器械等，参谋司负责各军参谋的选拔、任命、考核。
八部第五部，生部五司。农务司大司长王朗，工务司大司长刘晔，商务司大司长糜竺，财政司大司长娄圭，国库司大司长蔡琰，分别负责农业生产、工业制造、商业发展、财政投资和国库管理。
八部第六部，地部五司。盐司大司长温恢，金司大司长贾逵，水司大司长张既，林司大司长田畴，路司大司长田豫，分别负责盐业开发与分配、金属矿藏管理与开发、水利建设、林业资源管理、道路开发管理。
八部第七部，卫部五司。仆侍司大司长陈琳，驻卫司大司长吕岱，护行司大司长马云禄，总管司大司长桓阶，暗卫司大司长张燕。仆侍司负责皇家、勋贵、军政大员的官仆官婢官奴的管理，驻卫司负责都城和都城中官衙官署、重臣家宅的护卫，护行司负责皇家、重臣的出行安全，总管司负责皇宫内的管理，暗卫司负责暗中保护和机密行动。
八部第八部，外部五司。外贸司大司长刘巴，外交司大司长鲁肃，间谍司大司长陈宫，殖民司大司长诸葛瑾，征伐司暂不成立。外贸司负责与外国贸易，外交司负责对外交涉，间谍司负责国外间谍网建设和国境内敌国间谍的清除，殖民司负责殖民地的开发和管理，征伐司负责对在征战事务的审核管理。目前大汉帝国以回复生产为主，征伐司职能暂由四方驻军代替。
八部四十司衙署都在洛阳城内，各司副手和主事官员均由大司长自选；所属兵丁士卒办事人员也由大司长自选，不过所选机遥天榜人的人数限定为水兵2万、步兵14万、骑兵2万。八部四十司的直属上官是刘辩和刘协。
地方驻军方面，决定把大汉帝国分为东南西北四方，分别驻守。东方区域包括黄河以南的青、兖、徐、豫和荆州北部、扬州北部，长沙、豫章和会稽郡及其以北。南方区域包括荆扬南部、交州、益州南部（长江为界）、以及更南的南方区域。西部区域包括西羌、益州北部、雍州、凉州、北方草原。北部区域包括并州、冀州、幽州、辽东、高句丽、北方草原。这些地方包括大汉十三州和四方的附属国、附属地、附属民族。
东方还是周瑜为主帅，称为东大将军部，周瑜为东大将军，部下大将以孙坚、吕蒙、甘宁、魏延、臧霸、周瑜之妻小乔、程普、黄盖、贺齐、朱桓、陈武、韩当、典韦、许褚、孙观、郭嘉、戏志才、陈到、曹纯、韩猛、程昱、彭羕等为主，治所在金陵城，统帅精锐水军十万、步军五万、骑兵五万，以及十万协从军。
南方以陆逊、孙策为主帅，称为南大将军部，十八岁的陆逊为南大将军，孙策为辅，部下大将以太史慈、文聘、郝昭、高顺、孙策之妻大乔、董袭、蒋钦、徐盛、霍峻、李严、吕范、周泰、夏侯惇、高览、贾诩、蒯越等为主，治所在交趾郡大罗城，改为升龙城，统帅精锐水军八万、步军十万、骑兵二万，以及十万协从军。
西方以十九岁的诸葛亮为主帅，称西大将军部，诸葛亮为西大将军，部下大将以诸葛亮未婚妻黄月英、关羽、徐晃、张郃、公孙瓒、黄忠、李恢、黄权、马岱、严颜、徐荣、张任、马超、张飞、胡车儿、荀攸、庞统、张绣等为主，治所在长安，统帅精锐步军十万、骑兵十万，以及十万协从军。
北方以司马懿为主帅，称北大将军部，二十岁的司马懿为北大将军，部下大将以赵云、赵云之妻貂蝉、秦真、张辽、曹仁、夏侯渊、麹义、李典、乐进、夏侯尚、赵俨、曹洪、颜良、文丑、庞德、法正、徐庶、吕布、廖化、吴懿、昌豨、昌霸、杨修、管亥、杨阜、韩遂、华雄、阎行等为主，治所为幽州治所燕城，暂由太原代替，目前所辖为并州一地，统帅精锐步军十万、骑兵十万，以及十万协从军，主防御并州，三年内协助西大将军部平定雍凉和羌人，并攻占北方草原，三年后与袁绍决一死战，收复北方。
周瑜、陆逊、司马懿、诸葛亮号称大汉帝国四大将军，他们的年岁本来有差距，但因为机遥天榜录入时间不同的缘故，4个人看起来都是十七八岁的模样，不再变化。这是因为不同的世界时间的流速不同，对各自世界的生灵寿命影响也不同，比如这个世界时间的流速是樊虎所在世界的3650倍，而樊虎他们的真灵原本是寄存在外面世界的天道规则中的，所以他们才可以在这个世界过十年而实际寿命才过去一年；相反，如果这个世界的生灵去外面的世界，那么即便这人能活100岁，在那个世界也最多只能活10天；机遥天榜让人长生不老的原因就在于，这些生灵的真灵被转寄存在机遥天榜中，而机遥天榜中的时间是不流动的，所以他们会一直保持进入机遥天榜中的模样。
此外，冠军王董秀还有直属的两员大将于禁和邓芝，于禁统帅步军1万、邓芝统帅骑兵1万。同时在洛阳修建新的冠军王府，与摄政王府分列皇宫的两侧，建好之后董秀将正式搬入洛阳城，把长安正式交给西大将军部。但与刘协不同的是，刘协将常驻洛阳城统领八部，而董秀的任务则是率大军南征北战。目前大汉帝国东方已经彻底平定，北方暂不开战，唯独西方与南方与周边的附属区域纷争不断，所以董秀与刘琰进行了分工，董秀率领西大将军部收服西羌和匈奴鲜卑，并培养诸葛亮尽快成长；而刘琰则率领南大将军部收复交州、南蛮和更南方的蛮夷之地，并培养陆逊尽快成长。