在鸣人与佩恩战斗期间，因她透过蛞蝓为众木叶伤者治疗而耗用大量查克拉，故战后变回老年状态陷入昏迷。

　　在得知鬼鲛夺去木叶的相关资料后，宇智波林渊和四代雷影艾、三代土影大野木、五代风影我爱罗、五代水影照美冥召开会议讨论如何应对掌握军事情报的“晓”成员。随即派遣奈良鹿久与情报队一起行动，并且命令救护后援队马上集合应对忍界战争。

　　后来鸣人与奇拉比欲前往战场，却被雷影阻挡并展开对决，纲手出面表明“应该让人柱力在战场上发挥其才能”的立场，同意鸣人与奇拉比前往战场协助。后来纲手得知真正的斑被秽土转生复活并让我方兵力损伤严重，纲手便决定立刻前往战场，她要求用雷影秘书的“天送之术”送她到战场，雷影也同意一并前往，纲手认为对付斑的火遁必须要有强大的水遁忍者，于是在身上作标记，在抵达战场后有四代火影的护卫队以飞雷阵之术将水影传送至战场。

　　纲手与雷影抵达战场时刚好阻止了斑与二代土影的进攻，并且反击，这时纲手解放阴封印，因是光速传送，一般人肉体可能早就被撕裂，纲手只有部分撕裂，身体没有大碍，所以解放一些查克拉进行再生。

　　在战斗期间，斑得知纲手是初代的子孙并要把她先收拾掉。斑称纲手这程度的医疗忍术只不过苟延残喘一会罢了，和柱间比起来简直有着极大的差距，作为柱间的子孙没有什么可以拿出手，连木遁也不会，医疗忍术也不如柱间，甚至还是个弱女子。纲手回答：“我虽然是初代火影的子孙，但是我的确不会木遁，同初代不用结印的医疗忍术比起来我也没什么了不起的。但是我可不是一个弱女子，我拥有的不是纯粹的力量，而从初代那里传承下来的火之意志才是我真正的力量，别小看火之意志！”

　　随后以怪力击败斑的木遁分身，却被斑以须佐能乎刺穿身体，但是她斩断须佐能乎后，“百豪之术”虽然使伤口自动恢复，却还面对着五个斑的木分身。最后五影被宇智波斑击败，纲手的身体也被宇智波斑用树界降延打成两段，重伤之下召唤蛞蝓为自己和其他四影疗伤。

　　赶到战场的大蛇丸治好纲手，并与其他四影赶往战场对抗成为十尾人柱力的宇智波带土。纲手和樱一同召唤出湿骨林蛞蝓的十分之一为忍者联军疗伤，但查克拉也因此基本耗尽，在鸣人被我爱罗救下时我爱罗请纲手协助治疗，而纲手已无力施展医疗忍术，便把鸣人托付给小樱进行治疗。之后，和春野樱一起召唤出十分之一的蛞蝓

　　成为十尾人柱力的宇智波斑开启无限月读后，纲手身中月读被神树包裹住全身。梦中的她和成为火影的加藤断在一起，并且看到和大蛇丸在一起的自来也正将小黄书塞给她的弟弟绳树。

　　而大蛇丸自幼父母双亡，与自来也、纲手为木叶隐忍者学校的同期学员。六岁在忍者学校毕业后，被分配到猿飞日斩所带领的班级。

　　他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才”，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为“猿飞老师心中只有大蛇丸一个”。因此在年幼时期，他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态。

　　因为看到了父母及同伴一个个的死亡，本性善良的大蛇丸感觉受到了生命的脆弱，而大蛇丸本身热爱研究，所以便开始研究不老不死之术以及复活死者的术。

　　在第二次忍界大战中，木叶与雨隐交战，半藏通灵出山椒鱼井伏释放大范围毒物令木叶大批忍者倒下，最后战场上仅剩下了自来也、纲手、大蛇丸三人仍在坚持，半藏非常赏识他们，因此赋予他们“木叶三忍”的名号。在返回村子的途中，他们三人偶遇三名雨隐村的孤儿，分别是弥彦、小南和长门。原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护而存活了下来，更得到自来也传授忍术。这场战役中，自来也、纲手、大蛇丸三人为木叶立下了无数功劳，同时他们三人的名号也威震忍界，然而，不幸的事情也随之来临，自来也接到一个蛤蟆送来的卷轴，他们得知那三个孩子死了，自来也意识到自己曾经的做法是错误的，然而这也是大蛇丸预料之中的事情，毕竟战争是残酷的。

　　大蛇丸当过御手洗红豆的老师，是木叶备受尊敬的忍者，也曾经一度被认为是第三代火影的继承者。亦曾经担任根的成员，并招揽了药师兜成为他的情报收集员及得力助手。

　　但后来由于一心研究禁术，并抓走村中忍者作为实验对象。令第三代火影及暗部留意他的古怪行为，最终他叛离木叶，成为叛忍。他叛离木叶的时候，自来也曾经追上去挽留他，但还是无法改变他离开木叶的决定。后来自来也仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此连火影也不当，多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。曾经初代火影柱间在与宇智波斑的激战中，使用木遁秘术制服了九尾，但是在他之后没有人继承此术，要想制服尾兽，写轮眼或木遁必不可少，于是，木叶村开始倾尽全村之力为复活初代木遁秘术而做起研究。然而，在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来。

　　然而，大蛇丸为了收集各种忍术，所以仍旧在继续已被封禁的柱间细胞移植试验，他陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...就在大蛇丸准备处理尸体的时候，因为其他的实验暴露，所以大蛇丸最后离开了木叶。不久后，在刚获得风魔一族的认同后收到了来自名为晓组织的来信，大蛇丸赴约后发现了天道佩恩的轮回眼，在一段欺骗后准备偷取佩恩的轮回眼，但却不敌突然出现的佩恩六道。当得知晓内拥有大量的研究素材后答应收集尾兽。

　　在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上，与蝎组队。相信在那时候，他的转生禁术即使还没完全成功，也接近完成。在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，他试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬的幻术定住。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。后来他集结势力，在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲、鬼灯水月、重吾、香燐、药师兜、音忍五人等。大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。

　　十二年后，此时的大蛇丸已进入中年时期，他与第四代风影·罗砂结盟，二人联手进攻木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶隐村，而他自己也伪装成一名来自草隐村的女中忍考生混入木叶隐村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因为大蛇丸打算以佐助的身体当转生容器，所以给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他追求力量。后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。

　　在第三场中忍正式考试中，伪装成四代目风影的大蛇丸受三代目火影特意邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场与三代目火影一同观赏这场淘汰赛，期间由大蛇丸的四名得力部下多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近伪装成两名砂隐忍者作为护卫，由于宇智波佐助为赶来参加考试，三代火影多次推迟考试时间后佐助仍未来参加，随后三代火影决定取消其资格，但因“四代目风影”的劝阻，三代火影打消了此念头。

　　五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故意给了佐助天之咒印。后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。

　　在战斗前，大蛇丸以秽土转生的形式将初代目火影与二代目火影复活，并将他们的意志完全抹杀，二人无法发挥原本的实力。在战斗过程中，使用水遁忍术与木遁秘术与猿飞日斩展开激烈的战斗，他在往日的师父面前露出自己的真面目——面具下一个不为人知的年轻貌美的女忍者的脸，去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此人的身体作自己之用长达多年。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。

　　二人交战时最初打得不相上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈体衰，实力不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雍剑将第三代火影重创，最终未能完全封印大蛇丸，只废了他的双手，使其无法使用忍术。他的双手被废掉后，失去了使用忍术的能力，只好带领音忍撤退。砂忍后来才知道真正的风影已被大蛇丸暗杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃计划”，最终以失败告终。大蛇丸为了治疗双手，他和部下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手-纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和恋人复活作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。最初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点稳占上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术-螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，结果剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦。

　　三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索，令大蛇丸吃惊的是，试验体大和存活了下来，随后与因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗，后来却因身体已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先去寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。

　　第四次忍界大战期间，佐助、重吾、水月将大蛇丸从御手洗红豆的咒印中复活，并从兜身上取回了自己的查克拉以及兜在这期间所掌握的情报，与佐助、水月和重吾一同去寻找“知道一切真相的人”。