为得知晓的情报，追寻佐助的下落，木叶决定锁定鼬，新七班和第八班联手行动。后众人与“晓”的新成员——一个戴着面具、自称“宇智波斑”的神秘男子对战。“面具男”凭借出神入化的时空间忍术将木叶众人玩弄于股掌之中，众人的攻击均对其无效。之后绝突然出现，宣告佐助和鼬的战斗已经结束，鼬已死亡。达到目的“斑”离开，向卡卡西显露写轮眼，并抢先一步赶到决战现场，和绝一起带走了佐助。佩恩六道突然来袭，木叶陷入混乱局面。正当伊鲁卡老师照顾受伤的木叶忍者时，遇上了佩恩天道，幸好卡卡西及时相救才没事，卡卡西快速躲开佩恩的攻击，并结印召唤土流壁，欲以雷切攻击，却被佩恩使用神罗天征弹开。卡卡西又召唤雷分身，发出雷犬试探。可是雷犬也被吸收。后修罗道也出现，联合万象天引，卡卡西的雷分身被破。此时卡卡西已经了解到佩恩的部分能力就是“类似于引力和斥力”的东西。二对一的情况绝对不利……秋道父子赶到攻向佩恩，修罗道被之前破掉的雷分身击中，无法逃脱而被“打扁”。卡卡西告知丁次父子，佩恩能力的5秒间隔时间和自己的计划。随后，卡卡西佯装从地底突袭佩恩，佩恩被迫又一次使出神罗天征将卡卡西弹开，在天道走近卡卡西欲攻击他之时，秋道父子出动肉弹战车攻击佩恩，实则是要借佩恩的能力将他们弹开。佩恩以为只是单纯的攻击，却没想到卡卡西在实行地面攻击之前就将铁链布置在了地下。佩恩天道被牢牢地束缚在了中间，卡卡西用雷切准备攻击。可是这时，未被杀死的修罗道却出现在卡卡西的雷切前，这为天道再次使用“神罗天征”争取时间。天道害怕卡卡西还有其他打算，打算和卡卡西保持一定距离，用钉子射向卡在废墟中无法动弹的卡卡西，但被卡卡西用神威转移。修罗道向丁次发射了跟踪导弹，此时卡卡西的查克拉已所剩不多，但是他最后发动了神威将导弹转移到异空间，保护丁次。因为卡卡西说：这是为了拯救木叶的最好方法——将自己好不容易得来的情报交给能离开的人。虚耗过度的卡卡西，想起了琳、带土、第四代火影以及他父亲……纲手通过通灵兽感知到卡卡西的状况后，愤怒的破坏一根柱子……鸣人回到木叶后，因变成仙人模式可以感觉到大家的查克拉，但没有感觉到卡卡西的查克拉。后鸣人成功感化佩恩的本体——长门，长门运用外道·轮回天生之术使全木叶村所有人复活。卡卡西在精神世界中见到父亲后醒来。纲手在佩恩一战后仍然昏迷，火之国召开会议推选新的火影，卡卡西被奈良鹿久提名为火影候选人，并受到火之国大名和高层认可，然而在团藏的影响下，大名任命团藏为六代火影。团藏下达了追捕佐助的命令，鸣人执意反对，卡卡西开导鸣人，并对佐井表示信任。卡卡西、大和与鸣人三人小队暗地离开木叶，途中遇到雷影一行人。鸣人跪地恳求无效，卡卡西也帮忙劝说未果。“面具男宇智波斑”再次不请自来，被大和用木遁束缚，卡卡西以雷切威胁“斑”说出目的。“斑”说了一番大道理后以时空间忍术离开。我爱罗推荐旗木卡卡西，受到众影认可。木叶与鸣人同期的学员商议由他们解决佐助。樱作为代表与佐井、小李、牙一行找到鸣人，向鸣人告白，鸣人不解其意，樱愤怒离去。佐井分身出现，说明真相，向鸣人解释了樱的想法。众人惊讶，卡卡西已猜出大概，樱想自己去解决佐助。随后，风影我爱罗一行人来到，告知了卡卡西五影会议推荐他为火影之事。卡卡西表示他对火影之名没有兴趣，但既然需要他会担起这个责任。找到刚刚杀死团藏的樱欺骗佐助要背叛木叶加入他的队伍，佐助开出条件是要樱动手杀掉香燐。就在樱准备用毒苦无刺杀佐助时，佐助早已先下手为强想杀害樱，跟踪许久的卡卡西飞身救下樱，并与佐助对战。卡卡西明白佐助真的堕落了。想到了第七班的过去，他决定自己要背负这个重担，于是与佐助展开战斗。卡卡西指出自己不想杀佐助，并劝导他放弃复仇，但这更加深了佐助的愤怒，使出了须佐能乎完全体攻击卡卡西。卡卡西躲避不了便使出神威勉强将须佐的箭转移到异空间。佐助因为过度使用万花筒写轮眼而突然失去了光明，而樱在身后欲攻击佐助，然而却举棋不定。佐助毫不留情地攻击了樱，而卡卡西因为使出了神威导致身体反应迟钝，已经赶不上去救樱，幸而鸣人及时赶到使樱免遭其害。五大忍国与“面具男宇智波斑”之间的战争，忍者联军八万忍者集结主要分为五大部队。第三部队是中短距离支援部队，由兼备速度和体力的忍者组成，旗木卡卡西担任队长。卡卡西结束和被药师兜秽土转生复活的忍刀七人众的战斗后，与阿凯在“斑”欲吸收鸣人的一瞬间夹击“斑”，但被“斑”觉并且躲过，成功救出了鸣人。在与“斑”的对战中因不敌“斑”，而与被“斑”控制的尾兽僵持，僵持一段时间后，尾兽集体准备发出尾兽玉攻击卡卡西与阿凯，危急时刻，卡卡西欲使出神威将尾兽玉转移，阿凯却认为尾兽玉过于巨大无法全部转移，欲牺牲自己开八门遁甲的第八门死门来抵挡尾兽玉，最终被鸣人九尾模式所救，“斑”使用九大尾兽的查克拉复活十尾，忍者联军抵达战场，在忍者联军的接连攻击下将十尾暂时控制住，此时卡卡西已经很累，被鸣人传输了九尾的查克拉以后，体力恢复。鸣人用螺旋丸攻击带土，“斑”用宇智波团扇反弹。于是使出迷你尾兽玉向“斑”发动攻击却穿身而过。迈特凯的攻击也是穿身而过。鸣人四人碰不到“斑”的身体。一切皆为徒劳.......卡卡西趁机用神威试图弄断外道魔像的脑袋，被“斑”用时空间忍术解除。鸣人等无法对魔像下手，只能先击败带土。卡卡西扔了一只苦无，还是穿身而过，苦无飞向鸣人。苦无被卡卡西用神威传送走。攻击结束后，“斑”的面具上多了一道裂痕。卡卡西认为产生裂痕的成因是被传送到异空间的苦无！卡卡西的神威异空间和“斑”异空间相通！随后在异空间把“斑”炸伤的螺旋丸证明了这一点。卡卡西质问“斑”：“你是从哪得到这个眼睛的！？”“斑”回答：“硬说的话，是在神无毗桥之战！”卡卡西震惊地准备说出面具男的名字。卡卡西用神威将鸣人分身转移到异空间，“斑”未注意。在异空间中，“斑”的面具被鸣人的影分身用螺旋丸打碎。“斑”的真面目竟然是昔日队友宇智波带土。卡卡西十分惊诧，质问带土为什么走上这样一条路，带土冷冷的回答：“我的生死已经无关紧要了，如果要问我为什么会活下去的话，也是因为你对琳见死不救！”“我对你已经无话可说，剩下的只有这最后的决战！”随后真正的宇智波斑也来到众人面前。宇智波斑前去对付八尾与九尾，带土则对战卡卡西，带土将查克拉变为数十个巨型手里剑扔出，卡卡西发动土遁防御，但被带土穿过并砍伤了卡卡西的腿，阻止卡卡西逃跑用神威将其吸入异空间。卡卡西神威扭开异空间出来。带土转身跳起用膝盖重创卡卡西，用双十字手里剑戳穿卡卡西胸膛，瞬间血流不止。紧要关头，鸣人分身保护了卡卡西。带土使出木遁束缚住九尾鸣人，要用神威再将卡卡西吸入，但正处于虚弱的卡卡西被吸入进去后就无法发动神威的查克拉，一旦被吸入就无法出去。情急之下无法动弹的鸣人用脑门撞了带土。带土被撞飞。这时九尾把大量查克拉传给了卡卡西。带土却趁机把卡卡西吸到异空间.......九尾攻击带土，带土虚化。在异空间的卡卡西趁机袭击带土，将其重创。在佐助和四影赶往战场之际，卡卡西和带土进入异空间展开激烈的战斗，两人在双杀的瞬间分别使用雷切与黑棒互相穿透双方的身体，带土也因此毁掉了斑埋入的禁锢咒符。在十尾人柱力带土摧毁忍界之际，卡卡西因伤势过重而停留在异空间中使用医疗忍术针线缝补自己的伤口，在十尾人柱力带土被忍者联军、漩涡鸣人以及宇智波佐助击倒之际，卡卡西利用神威从异空间出来手持苦无打算杀掉带土，以亲手了结二人之间的羁绊。水门不让卡卡西动手，并对两个人进行教诲，指出卡卡西没有及时从内心深处改正带土的错误，卡卡西第一次向水门吐露心声。紧接着斑也到达现场。为了取回轮回眼，斑开始再次劝诱带土，为了阻止带土走向斑，我爱罗双手拍地使用沙漠波，卡卡西左眼释放神威，水门向斑的脚下扔出一支三叉式苦无，紧接着，水门使用仙人模式，我爱罗的沙子在带土的面前变为一面墙，打算以此阻止带土前往斑，卡卡西的神威也企图将带土吸入异空间，接着，水门通过斑脚边的三叉式苦无的术式来到斑的面前发动螺旋丸向斑展开攻击，然而却被斑无视，使用六道禅杖瞬间打断了水门的左臂，令其无法恢复。随后斑一脚将手持螺旋丸的左臂踢开，接着斑直接将水门踢开，随后，手持螺旋丸的左臂与水门同时击中在我爱罗与卡卡西的身上，因此，三人的攻击被斑瞬间化解。在鸣人佐助与斑的对决中，斑为了集齐自己的一对轮回眼。他以迅雷不及掩耳之势夺取了卡卡西的左眼万花筒写轮眼，并将其放入自己的左眼处，接着斑发动神威进去异空间取回自己的轮回眼。随后失去左眼的卡卡西被鸣人使用阴阳遁将其创造出一个普通的眼睛。在斑发动无限月读之际，卡卡西和原第七班成员被佐助的完全体须佐能乎保护，因此没有受到无限月读的影响。无限月读开启后卡卡西提出将第七班领导权交给拥有轮回眼的佐助，遭到了鸣人的反对、但佐助并没有表示出自己真实的想法，之后宇智波斑遭到了黑绝的背叛，黑绝利用斑复活了大筒木辉夜。大筒木辉夜复活后，小樱本想冲上前去但被卡卡西制止，劝诫小樱不经过思考的行动毫无意义。之后辉夜发动术时卡卡西、小樱和带土险些掉入岩浆中，卡卡西用一端系着苦无的卷轴救了自己和小樱，另一边用苦无定住了带土的一只手使他免于掉入岩浆中。最后在佐助和鸣人的帮助下成功脱险。与鸣人，佐助一同对抗大筒木辉夜。一息尚存的带土利用辉夜进入时空间的空档使用神威成功与小樱和卡卡西进入到神威的时空间中，带回了佐助。佐助回来以后辉夜打开了超重力场，企图用尸骨脉干掉鸣佐二人，但尸骨脉被卡卡西和带土挡下，带土用神威转移掉了尸骨脉救下了他，自己却光荣牺牲，在另一个世界里见到了野原琳。琳为卡卡西和带土仍然有深深的羁绊而感到高兴，可是带土说在到那个世界之前要帮助卡卡西，因为他对卡卡西跟稻草人一样站在那里看不过去。带土用神威进入了卡卡西的精神世界，跟卡卡西进行了一番对白之后将双眼给予卡卡西，卡卡西利用双眼开启了完全体须佐能乎救了小樱一命，并打算和带土等所有人一起见证这一切。最终在卡卡西的指导下，第七班合力封印了大筒木辉夜以及黑绝。第四次忍界大战结束后，旗木卡卡西接替宇智波林渊成为火影，因为佐助解除无限月读的功绩以及鸣人的恳求，而对佐助以前犯下的罪过不予追究。若干年后，漩涡鸣人接替卡卡西成为火影。在新一届五影会谈中，由奈良鹿丸担任鸣人的护卫。鸣人在位期间，鹿丸和他是完美搭档，他们之间的组合像极了当初的初代火影柱间与二代火影扉间；一个拥有强大实力和美好的畅想，一个拥有将其实现的头脑。