在激战中，第三代使用“忍术·瓦片手里剑”攻击大蛇丸，但轻易被大蛇丸躲过，对方立即反击、以“潜影蛇手”袭击他；不过这只是他的“土替身”。第三代之后以“土遁·土流大河”、“土遁·土龙弹”及“火遁·火龙弹”袭击大蛇丸，但大蛇丸不是泛泛之辈，虽然不敢再轻视第三代，但亦扬言自己不过这么简单被解决。大蛇丸要求第三代认真决战来做个了断，第三代亦“应邀”脱去火影制服，显露其忍者战装。不过，就在第三代使用“手里剑影分身之术”之时，大蛇丸以秽土转生的形式将初代火影与第二代火影复活，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。在战斗过程中，初代火影与二代火影一同奔向日斩，与日斩展开体术攻击，但被日斩击开，之后，日斩使用“火遁·火龙炎弹”从口中吐出火焰向兄弟二人扑面而来，面对火遁的攻势，第二代火影使用水遁·水阵壁从口中猛烈喷出如海浪一般的水之墙，抵挡住日斩的火遁攻击！紧接着，第二代火影双手合十后，使用水遁·水冲波在一瞬间凭空召唤出犹如龙卷风般快速旋转上升的水，之后水犹如瀑布一般扩散并向下冲击日斩，日斩则使用土遁·土流壁筑成巨岩阻挡洪水；但就在从岩石返归城楼之际，先后被初代火影拳打脚踢后被二代火影强行拖入水中，在挣脱下才逃回土壁上面。二代火影使用水遁·水断波射出多支水柱击溃土壁，日斩再度落在城楼之上。此时初代火影使用木遁秘术·树界降诞从地上快速生长出多棵树木，树木连根拔起，在一瞬间制造出一片森林，并且树枝牢牢的捆绑住日斩的双手与双脚。日斩无法解开树枝的缠绕，于是以“通灵”召唤出通灵兽“猿猴王”猿魔，并令其化为“金钢如意棒”斩断缠绕着的树枝。得到通灵兽“猿猴王”猿魔的协助，日斩使用其化成的“金钢如意棒”作为武器，跟大蛇丸从口中拿出的“草薙之剑·空之太刀”对战，双方打得一度不分胜负。但随即初代与第二代纷纷来犯，他没法同时对战三人，只好在初代及二代肢体上留下引爆符，直接被大蛇丸踢飞。大蛇丸一度走近被打到城楼面上的第三代，称对其表示失望，第三代亦一度因为想起童年的大蛇丸而流泪起来。但不久日斩重拾战意，以敏捷的身手攻击大蛇丸，猿魔亦从如意棒中把手伸出、企图勒死大蛇丸。大蛇丸及时化为泥泞躲避猿魔的攻击，并向日斩展示自己脸皮底下的第二真面目--就是利用“不死转生”、而成功侵占肉体的年轻女忍者面孔。大蛇丸表示这只是他第二次转生的容器，而下一个目标就是拥有写轮眼的宇智波佐助。日斩引爆初代及第二代身上的引爆符，以顺利阻止两者的攻击，然而他们“秽土转生”的肉体可立即修补过来。修复身躯后的两名火影，即对爱徒继续攻击。初代使用木遁术欲再抓击日斩，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。初代亦使用“幻术·黑暗行之术”，将日斩封锁在黑暗环境当中，并对日斩展开攻击。

　　由于此时的日斩年迈体衰，实力已不如全盛时期这么厉害，因此，日斩只好使用禁术尸鬼封尽，随后，日斩使用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，日斩不幸被大蛇丸操纵草锥剑从背后插入，迫使日斩无力将大蛇丸的灵魂抽出，因此日斩决定利用死神将大蛇丸双手废掉，使大蛇丸永远不能结印以使用忍术。在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，期间日斩向佐助讲述了他所知道的有关宇智波鼬、宇智波一族和木叶村的一切，在讲述完一切之后，佐助决定守护木叶，于是日斩与其他三位火影一同赶赴前线战斗。日斩奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，三代火影已提高警惕做好准备，成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。随后日斩自豪的笑了，看到鸣人佐助小樱三人，让日斩想起了自己的弟子大蛇丸、自来也、纲手，随后，日斩宣称，新时代来临了，让鸣人佐助小樱尽管冲。此时带土使用六道十尾柩印将十尾吸收在自己的体内，形成球体状，紧接着球体破碎。带土成功变成十尾人柱力，打破了柱间的明神门，利用背后红色的火焰形成的手扯碎了四赤阳阵。随后日斩观赏了第二代火影大人发明的互乘起爆符，因为日斩清楚二代火影大人这招的威力，所以告诫水门快跑。

　　为了分析带土的出招和能力，日斩使用大型手里剑影分身独自一人对抗十尾人柱力模式的宇智波带土，不幸被带土使用阴阳遁球体击碎上半身，后自行恢复。此时的带土已经发动无限月读，神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，在千钧一发之际，日斩使用如意金箍棒打断神树分裂体的树根，救出险些被十尾吸尽查克拉的鸣人。随后日斩通过第二代火影的飞雷神术来到忍者联军的战场。日斩与大蛇丸联手对抗神树分裂体，师徒二人先利用大蛇丸潜影蛇手缠绕住神树分裂体，之后日斩使用金箍棒将神树打断。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。之后，日斩与忍者联军联手对抗使用木人之术的阿飞，在紧要关头，日斩使用五遁大连弹术抵消了阿飞的攻击，保护了忍者联军。在宇智波斑发动无限月读后，由于是秽土转生之躯的猿飞日斩和其他三位火影并没有受到影响。日斩原本打算用手扯断包裹着中了无限月读人们的树藤，然而却没有一个人醒来，而且很快又有新的树藤缠了上来。随后日斩察觉到鸣人他们战斗的地方有异样决定与其他三位火影一同前往查看。为弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被初代火影否定，随后四位火影尝试别的办法，当初代火影触摸到失败的斑的下半身时，六道仙人留下的查克拉出现，四位火影见到了六道仙人。在大筒木辉夜被封印后，与六道仙人以及其他16位已逝去的五影们共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。之后由六道仙人解除秽土转生，灵魂回归净土。

　　而水门自童年时代便立志当上火影。漩涡玖辛奈原本不太看好他，认为他过于阴柔。但在她被云忍掳走时，水门是唯一一位注意到玖辛奈利用红头发留下追踪线索的人，并从三位云忍手中救了她，并夸赞她的红头发很漂亮，完美地上演了一出“英雄救美”。玖辛奈对他的态度从此改变，并爱上了他，也爱上了她自己的红发。第三次忍界大战中，水门遇到了云隐村AB组合——即将继任雷影之位的第三代雷影之子·艾，以及其义弟八尾人柱力·奇拉比。水门与两人展开激烈交战，在战斗中水门对奇拉比的实力大加赞赏，并且看穿了比所拥有的“珍贵之物”，以此对艾进行开导，但艾并没有理解水门所说之话的含义，战斗以双方平手结束。

　　此后，木叶因前所未有的战力缺失，所以令当时还是上忍的波风水门以及旗木卡卡西、野原琳、宇智波带土去炸毁敌方补给要道——神无毗桥。当时12岁的卡卡西当日晋升上忍，水门将带有飞雷神标记的苦无送给卡卡西。身为上忍的卡卡西带领琳和带土自成一队，在遭遇敌人之时率先发动攻击，但因为没意识到“千鸟”的缺陷而陷入危机，此时水门以飞雷神之术迅速斩杀敌军的上忍，在救下卡卡西之后前往正面战场。后卡卡西遇险，水门以苦无上的标记救下卡卡西，并得知了带土的死讯。之后，与卡卡西和琳一起摧毁了神无毗桥并且结束了第三次忍界大战，从此名扬忍界。第三次忍界大战结束后，在木叶做出让步的前提下，木叶与岩忍村签订了和约。为了对在战争中牺牲的木叶忍者负责，同时迫于木叶高层的压力，第三代火影主动辞去了火影之位。凭借在第三次忍界大战中出色的表现和强大的实力，在征得火之国大名的一致同意之后，水门顺利成为了火之国木叶忍者村的第四代火影。

　　在鸣人出生当天，水门喜极而泣。但就在此时，一个戴着面具的神秘男子突然现身，杀死除水门一家外所有在场人员，并挟持了鸣人来威胁水门。“面具男”的目的是控制玖辛奈体内的九尾袭击木叶。虽然水门救下了鸣人，但“面具男”劫走了玖辛奈并打开封印放出了九尾，九尾在“面具男”操纵下对木叶大肆破坏。水门及时救下了玖辛奈，在安置好鸣人和玖辛奈之后便前去迎战九尾，在用时空结界成功转移九尾的尾兽玉后，“面具男”突然从背后偷袭，水门用飞雷神之术脱身。随后二人展开对决。水门怀疑“面具男”可能是当年与初代火影交战过的宇智波斑，而且是个极其危险的人物，必须阻止他。在经过两个回合的交手后，水门分析出对手忍术的弱点并制定出克敌之策，使用飞雷神二段并以螺旋丸重创“面具男”，并在“面具男”身上留下了飞雷神术式。随后水门使用契约封印解除了“面具男”对九尾的控制，“面具男”受伤逃走。此时九尾仍然袭击木叶，水门以飞雷神之术将自己和九尾带离木叶村，同时将玖辛奈和鸣人带至现场。水门认为“面具男”将来一定会给忍界带来腥风血雨，为了阻止他，水门决定让鸣人成为九尾人柱力。水门将九尾的阴属性查克拉以尸鬼封尽和自己一同封印在死神体内，阳属性查克拉则以八卦封印封印到刚出生的鸣人体内，同时把自己和玖辛奈残余的查克拉一同封印入鸣人体内。在对鸣人留下最后的遗言后，水门和玖辛奈便双双去世。