少年时期鹿丸是以一个没有斗志、总在抱怨麻烦的人，与漩涡鸣人同时从忍者学校毕业，性格懒散，悠闲的他却是个天才。可是在中忍考试期间鹿丸表现出了他出色的战略家头脑。中忍预选赛中，他对阵音忍金，利用金控制铃铛的线在地下的投影，成功发动影子模仿术，并且利用两人与墙壁的距离差击败了金。鹿丸在与手鞠的比赛中更加体现了他的才智。一开始他好像徒劳地尝试一个又一个战术，努力抓住手鞠，可实际上是让她移动到某个位置，通过地洞从后面用影子抓住她。之后他草草放弃比赛，并解释了他放弃比赛的原因——尽管他想好了200个不同的策略，可无奈他过度使用影子术致使他的查克拉耗光。其次，他不想伤害女人。理所当然地怕麻烦是最主要的原因。尽管鹿丸放弃了比赛，但他精彩的战略意识吸引了每个人，当然包括第三代火影。所以他是中忍考试后唯一一名晋升的下忍。之后，当砂忍和音忍的攻击开始时，他是三个没有中幻术的下忍之一。但是，他装做仍然在中幻术使他可以躺在那避免打斗，直到小樱试着解他的幻术时“诡计”才被识破，然后被帕克咬醒。他是木叶九名下忍中唯一在中忍考试后被提拔为中忍的人。鹿丸，鸣人，小樱和卡卡西的忍犬帕克一起去阻止追赶我爱罗的佐助。可他们却被九个音忍跟踪。他分析自己的处境“我们这里只有一个傻瓜，一个毫无特色的女忍者，一只狗，还有……一向都是逃跑No.1的我了。”可是鹿丸最终选择留下拖住音忍，尽管他知道这是最有可能丧生的任务。运用他的智慧，他成功的抓住其中八个音忍，而第九个却藏在树上。虽然他知道那个音忍的位置，但他在中忍比赛中消耗殆尽的体力无法使他继续施术。就在他体力不支解开影子束缚术时，他的老师阿斯玛及时赶到，瞬间击败最后一个音忍。连阿斯玛老师也在心里赞叹：“能做到这样已经很了不起了！”鹿丸作为中忍的第一个任务就是营救佐助。他的队员是鸣人，日向宁次，丁次，犬冢牙。任务的困难来自于“音忍四人组”的干涉。鹿丸在编队时充分发挥了聪明才智，将每个人放在最适当的位置。最后，队伍分散攻击，并会使用幻术束缚对手。鹿丸战斗中再次展示了精彩绝伦的战术，并成功用影子抓住了多由也。但是，多由也的力量远不止如此，她释放了咒印状态2，直接强行解开影子束缚术。之后鹿丸中了幻术而不能移动，可就在多由也用苦无刺向鹿丸时，她停住了。原来鹿丸用影子折自己的指头，用疼痛驱散幻术。等多由也一靠近，他又使用忍术抓住多由也。距离的减少使忍术束缚更强，并可使用升级版的影子锁喉术。不过多由也的力量依然强于鹿丸，两人僵持一段时间后，鹿丸查克拉耗尽，忍术被解，正当这时，一阵风将多由也卷走，援军居然是手鞠。结果当然是以手鞠的胜利而告终。虽然鹿丸尽了最大的努力，可当他回到木叶时依然很痛苦——不仅是任务失败了，而且他的队员们也都伤痕累累，有的还面临死亡，包括他最好的朋友丁次。若不是我爱罗他们及时支援，他们大概都会被音忍消灭掉。知道这样的结局后，鹿丸准备放弃做忍者，可他却被手鞠嘲笑为在困难面前低头的懦夫。他无可争辩，正欲离开，他父亲的话传入耳畔：“如果你放弃了忍者，那么会有另外一个人带领你的朋友继续任务，若是一个差劲的队长，你的朋友也会死。你只有增强你的能力，才能保护你的朋友。”当得知朋友们转危为安时，鹿丸流下泪水，下定决心成为更优秀的忍者。青年时期的鹿丸身高长了不少，可他的模样没太大变化，穿着略有些改变。他学会了新的忍术，“影缝”，使他可以用影子刺穿多个敌人。鹿丸第一次展示这个忍术是毁坏佐井画的狮子。作为中忍，他还要负责为中忍考试当“志愿者”。虽然鹿丸是第一个当上中忍的，两年后他仍然是中忍，鹿丸告诉鸣人，他是参加中忍考试那些人当中唯一一个还未升级的人了。一次，在鹿丸与阿斯玛下将棋时，阿斯玛告诉鹿丸，如果将木叶忍者比做棋子，鹿丸以他不拘一格的灵活的思考方式，作为威力不大但能跨越其他棋子移动的桂马，而阿斯玛自比为用来当炮灰的成银。而对最重要的玉，阿斯玛卖了个关子。之后，阿斯玛，鹿丸，出云，子铁开始了追杀“晓”的成员的任务。[29]他们的目标是飞段和角都。一开始，他们用团队合作束缚了飞段，当出云、子铁将剑刺入飞段身体后，他们惊异地发现飞段是不死之身。角都出现，解开影子束缚，再之后阿斯玛与鹿丸协同作战，但阿斯玛还是被飞段伤了一刀，于是飞段用血进行诅咒仪式，即对飞段的伤害都会转嫁到阿斯玛身上。情况危急，鹿丸再次使用影子束缚，千钧一发之际救了阿斯玛一命。在这种情况下，鹿丸展开分析，终于发现飞段诅咒仪式的一个弱点——必须在一个圆圈中进行。他于是艰难地将飞段拉出圆圈，接着阿斯玛一斩，本应胜利了。可就在此时，角都再次出手，飞段依然未死。结果可想而知，虽然援兵到达，阿斯玛还是因为“诅咒”而死。阿斯玛在弥留之际，终于讲出了谁是玉。而在342话中，鹿丸与他老爸下棋时，终于说出真相：“担起木叶大梁的孩子们就是“玉”，当队伍回到木叶，鹿丸自己告诉了红关于阿斯玛的死讯，于是红顿时伤心起来。阿斯玛的葬礼，鹿丸并没有参加，他只是一个人躺在草地上望着云，孤独的吐着烟。阿斯玛的死改变了鹿丸，就是这次意外，鹿丸开始认真的面对每一件事，性格有了一百八十度转变了。这件事导致了鹿丸，丁次，井野三人组走上了复仇之路，目标是杀掉飞段和角都，之后鹿丸练习使用阿斯玛留下的查克拉刃，使其能融入自己的查克拉，固定影子。他还查阅资料，制定了一套对付“晓”二人组的战略。之后，猪鹿蝶组合踏上复仇之途。由于旗木卡卡西的加入，鹿丸迅速改变了策略，这令卡卡西都惊叹不已。他给了卡卡西一个小东西，让卡卡西赶紧使用。在另一方面，飞段和角都出发前往木叶。可即便他们非常小心，也被井野控制的鸟发现，于是战斗开始。鹿丸通过一系列战术的使用，成功地用吸收了自己查克拉的查克拉刃定住飞段和角都的影子，使两人无法移动。鹿丸用影子模仿术控制飞段，使其攻击角都。就在攻击差点得手的时候，角都破坏了查克拉刃，从而免于伤害。于是丁次进行攻击，角都用土遁把身体硬化，又安然无恙。角都开始反击，但是被卡卡西的雷切及时打中，倒地不起。可是角都只是装死，在卡卡西接近飞段时迅速攻击。这时，鹿丸也到极限了，影子束缚解开，飞段和角都联合攻击，展现了恐怖的能力——角都背后出来的怪物居然可以使用多种属性的查克拉。原来卡卡西打倒的只是其中一个怪物，那些怪物是用其他人的经脉系统做成的。接着，鹿丸改变策略，决定引开两人。于是鹿丸再次上阵，成功的抓住飞段，并将他引到远处，用起爆符将他与角都隔离。可就在那一瞬间，影子模仿术到了极限，飞段拔出刀刺向鹿丸，鹿丸倒下，脸上留下一丝血迹，飞段迅速完成仪式，用刀向胸口插去，可受伤的却是角都。原来鹿丸使用了卡卡西采集的角都的血液，被“诅咒”的只是角都而已。卡卡西告诉角都他们低估了鹿丸，因为鹿丸不会浪费阿斯玛用生命换来的情报。飞段还没明白发生了什么时，鹿丸跃起，用查克拉刃割向飞段，但割得过浅，飞段只是流血而已。不过飞段再次被鹿丸用影子抓住。但这次，鹿丸查克拉的极限使飞段居然可以移动，并走近鹿丸，举起利刃向下插时，鹿丸使用新忍术影子拉近术将周围的起爆符拉拢贴在飞段身上，然后用刀启动一个机关，使飞段身下出现一个大洞。此时出现阿斯玛的幻象，他对鹿丸说，干得好，然后消失了。鹿丸点燃阿斯玛留给他的打火机，向飞段扔去，起爆符全部爆炸，飞段被埋在深深的地洞中。当鸣人和卡卡西他们追捕宇智波鼬失败后，回到木叶得闻自来也被佩恩杀害的消息。因自来也死前在蛤蟆仙人森作大人的身上留下暗号，第五代火影命令鹿丸召集暗号解读班解读暗号，同时亦四处搜查相关资料。面对鸣人就自来也之死而情绪一度低落，作为朋友及曾遭逢同遇的他，劝鸣人要振作起来，与他一样要立志成为超越先辈的忍者。及后鸣人回到木叶，他与父亲也在迎接的群众行列内。后来与红班、凯班及阿斯玛班成员聆听了小樱出发前请求保密的事件。佩恩六道突然袭击木叶，木叶顿时陷入混乱的局面。正在病院怀着孕的夕日红被外面的嘈杂声惊醒，正当她走出病房，这时候突然出现了畜生道的通灵兽，幸好此时鹿丸赶到，用影缝术解决了通灵出来的兽物，并承诺把她送到安全的地带，这也是为了阿斯玛——鹿丸死去的老师。接着鹿丸与木叶的忍者们继续投身到与佩恩六道战斗之中。在第四次忍界大战爆发时候，奈良鹿丸被任命为忍界联军第4部队·远距离战斗部队代理队长。金角银角出现后，奈良鹿久派鹿丸与井野、丁次增援达鲁依，后来通过猪鹿蝶的配合成功封印金角。后再遇角都，从角都口中得知，阿斯玛也被转生了。鹿久要求鹿丸、丁次、井野去对付阿斯玛。鹿丸果断地前去对付阿斯玛[43]。奈良鹿丸小组遇到阿斯玛后，因为丁次无法忍心对阿斯玛下手导致鹿丸他们无法打败阿斯玛，后来阿斯玛鼓励丁次从而丁次成功羽翼化，成功对阿斯玛封印，并得到阿斯玛的赞扬，认为鹿丸三人是完美的猪鹿蝶组合。在忍者联军对抗外道魔像时，分析出了面具男利用金角银角收集其九尾查克拉的目的。后来宇智波鼬对药师兜实施幻术解除秽土转生后，鹿丸作为增援部队来到鸣人所在的战场，在奈良鹿久阵亡后，继承了父亲鹿久的意志，率领忍者联军设法对抗十尾的尾兽玉，被手鞠称赞鹿丸一定能成为不错的火影。在秽土转生的四位火影以及佐助等人赶来后，对于佐助要成为火影的惊人发言表示惊讶，随后与其他伙伴一起对抗十尾的分身。此时带土发动无限月读，使神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，由于神树分裂体的树藤吸尽了鹿丸的查克拉，因此使鹿丸处于濒临死亡的状态。鸣人在战斗的同时将九尾的查克拉传递给了忍者联军，他想救鹿丸的心情极为迫切。在濒死之际，鹿丸意识到自己还不能死，因为鸣人与初代火影大人不一样，那个笨蛋身边没有二代火影大人那样能为他出谋划策的兄弟，所以，正因为这样，等那家伙当上火影，鹿丸必须站在那个笨蛋身边，因为没有人比鹿丸更适合当鸣人的军师了。鸣人的九尾查克拉与信念的力量救活了鹿丸，后来在小樱和纲手的治疗下，鹿丸重新获得力量宇智波斑发动无限月读后，鹿丸中了幻术并陷入自己的梦中，梦中的他和手鞠在一起看着鹿丸父母吵架，感觉结婚很麻烦。后随着无限月读的解除而获救，第四次忍界大战也以忍者联军的胜利为结束。