接下来的剧情本应该是在东西海交锋之后，凯多对商岛展开报复行动，大妈坐守新世界，克里斯被迫暴露了商盟的存在，并击退凯多，不过成员的巴基（驻地，参与防守）、克洛克达尔（不在）、莫利亚（复仇）、伽治（不在）、艾尼路（不在）都没有暴露，其余成员全部显露，引得一定忌惮，但是也让世界政府舒心了一些，毕竟他们以为看透了。
同时新海军对大妈发动进攻，黑胡子趁机入局，掠夺走了大量人造恶魔果实，以及科学家凯撒，卡塔库栗在克里斯的话语中产生动摇，开始想办法如何针对修女，在这个时间里黑桃海贼团横扫白胡子地盘，与白胡子二世分庭抗礼。
迷路艾尼路在旅途之中莫名其妙对了一批信徒，就很怪。
伽治来到南海，开始新的生物研究。
等到战事平息，世界政府的威慑力再度下降，而新海军与商盟则是名声大噪，世界暂时归于平静。
随后的事件便是北海谢尔德侦破天王秘密，那是一个有所损坏的卫星轨道炮，操作权在五老星手上，不过五老星担心使用过后过载，这才迟迟未用。
古代武器冥王则是属于阿托斯罗家族，也就是三桅帆船的核心武器，曾在灭国前移交给了一位船匠，最后毁于弗兰奇之手。
海王是就人类为了能在以后迎敌元素与恶魔的入侵，做出适应性的进化，没成想被天龙人截胡，成了低阶生物。
梵冈被迫撤出红土大陆，回到宗教总部进行修养，同时着手培养自己的特殊行动部队，准备下一次的反攻计划。
基德入侵南海，救出了已经与暴君无异的兄弟回到了西海，却被皇帝凯撒看破，在病毒肆意前，成功隔离开来，幸运的是，基德本人并没有被感染，从此基德与BOWY公司不共戴天。
本因各地势力的崛起而降低海贼出现的这个时期，红伯爵横空出世，并快速的集结了一批恶徒，于乐园区域扩展地盘。
红发海贼团放弃斡旋的想法，有些摆烂性质的玩乐起来，而好战的巴雷特在胆小鬼的劝说，静静等待格局的变化，泰佐洛成功找到了猎杀小队，与之展开了合作，黑市苏楚再次活跃，与摩根斯和红伯爵开展结盟性质的合作，世界格局逐渐从纷乱化作群雄。
随着草帽小子海贼团出现，世界隐隐约约中再起波澜，并且在机缘巧合下，他们进入和之国，与其势力展开斗争，猎杀小队出现，并提前结束了堪十郎的生命，收获画画果实。
面对即将完蛋的凯多与大妈，新海军与海军同时出手，准备一网打尽，却被图谋历史本文的史基与调和的红发海贼团破坏，虽然捕获了凯多与大妈，但是其干部几乎脱逃，除了以卡塔库栗为首的暂时保住大妈海贼团的名号，百兽海贼团彻底被史基吸收，引起世界政府的强烈忌惮，而草帽大船团也与此成立，白胡子二世获得震震果实。
随着梵冈再次现身红土大陆，世界政府与天龙人不再忍让，调动了大部分陆军与情报人员对西海发动攻击，同时调动天王攻击东海，一世君主太一殒命，而他的遗言并没有将位置并传给自己的儿子或者大臣，而是给予了辛塔姆的考特，商盟看在佛耶戈的面子上，下手协助站台，第二发带走了教廷算是报复。
然而这本该极具威慑力的行为却被谢尔德发现，武器天王彻底损毁，港口黑手党全军出动施压红土大陆，数道屠魔令发出，几乎将海军百分之八十的战力掏空，赤犬当场高血压。
不过这批成员之中出现了一个变数，那就是明哥，他感觉时机已经到了，在战斗不但划水，还用能力拖后腿。
BOWY公司见势不对，下场调控，对他而言，动荡是好，但是失衡就不行了，展现真正实力的公司，快速压制住了革命军，并且调出生化武器援助梵冈的侵袭，获得时间的世界政府全力向西海发动剿灭战。
商盟明白如果四海议会破裂，那么天龙人可能重新拿回主权，不再保持中立，以足够利益催动商盟成员介入战斗，这时，七武海名存实亡。
在这个时间点上，黑胡子、史基、路飞三人继续角逐大秘宝，新海军介入其中。
巴雷特海贼团向世界政府发动进攻，红发继续开摆，因为此时的世界已经无法调控，在天王的失效起，已经彻底失控。
五老星不在悬坐高台，亲自下场，而这一切已被苏楚洞穿，红伯爵、猎、泰佐洛、艾尼路、阿土、黑白、计然出现，与其展开交锋。
随着北海战线的率先崩溃，港口黑手党压入红土大陆，明白事情严重性的赤犬这才全力驰援陆军，不过无法理解的地方是，世界政府依然没有撤回西海远征军。
梵冈击退生化武器，杀到三大圣城前明白了世界政府的用意，就连五老星的出动也只是为了逼迫暗处的势力，因为三处圣城都由能量罩保护，并且都配备了冥王武器，只是五老星们没想到，他们一时之间都脱不了身罢了。
BOWY公司也正是明白了这点后，开始龟缩起来，就连阿弗莱斯也是被骗出了部分实力。
但是苦苦支撑的西海千帆帝国终归败退，三将十三王全数战死，重整旗鼓的东海东帝国协同革命军远征天龙人，商盟接手西海战场，与世界政府全面交锋。
巴雷特笔直向着圣地玛丽乔亚行进，彻底打破五老星的僵局，五位老者三死一擒一逃，预示着玩漏的开端。
北海海军的败退悉数退守到了红土大陆，其中有着天龙人血脉的明哥通过撤退时的英勇表现，得到了天龙人的特赦，而这一赦，直接导致三城之一的一城失陷，由赤犬率领核心海军们其中不少站到了明哥身边，他们早已看不惯天龙人，此时他们不介意将那些家伙踢下历史舞台，这份背叛，赤犬绝不接受，一场内耗在红土大陆上展开，最终在己方势力到场下，赤犬一方落败，黄猿、青雉表示退出这场战争。
北海、革命军、教堂、东国四方汇合，杀向第二座圣城。
新世界此时也打的天昏地暗，物理性质上，不过随着黑桃海贼团的加入，本就摇摇欲坠的黑胡子海贼团彻底崩塌，红发似乎也在想清楚后，决定助力路飞，虽然历史的真相已经不算重要了，但是该让世界知道的，还是要去做，并且搬出海贼法典，使得史基、草帽小子、黑桃海贼团、黑胡子海贼团之间的混战宣布暂时结束，击退了新海军的围剿，而而黑胡子海贼团顺势逃走，退出了争斗，艾斯则是告别了路飞，继续追击黑胡子，路飞的草帽大船团在红发的见证下与史基展开了殊死决斗。
红土大陆这边，谢尔德改造出载体，使冥王大炮可以移动，成功轰开第二个圣城的防护，激烈的战斗中，两个冥王皆被破坏，谢尔德虽然结构了冥王，但是短时间内并无相应生产链，进攻进入的停滞阶段。
与此同时，新世界这边打出结果，摩根斯全程关注，并跟随路飞前往旅途的终点，红发知道，但并没有阻止其尾随，最终路飞获悉真正的历史，并通过摩根斯向世界宣告。
西海商盟打败了世界政府的主力部队，并成功联系到了白白海之上的元素领主爆炎与大地，二者联合击碎了最后的圣城，至此商盟宣布退出战争回到中立，至于天龙人，他们最终化作了历史。
眼瞅着自己可能被围剿的阿弗莱斯启动最终预案，释放高传染生化病毒，自己将基地沉入大海，然而没人想到，随着三座圣城的失守，空间开始出现裂痕，并且一股莫名的气息也在这道空间裂隙下飞速靠近，似乎不止一场危机在向这个世界袭来。
完结。