唐朝官军与回纥军大破叛军，叛军严庄与张通儒等人放弃陕郡逃跑，广平王李豫与郭子仪进入陕城，仆固怀恩率兵分头追击叛军。严庄先进入洛阳向安庆绪报告败状。安庆绪率领他的部下逃跑，放弃洛阳。回纥军进入洛阳府库收取财帛，在市井村坊劫掠财物三天。唐朝拿出罗锦一万匹给回纥，回纥停止了劫掠。
至德二年（757年），安庆绪杀死安禄山，肃宗没有听从谋士李泌的建议趁乱直捣叛军老巢，错失歼敌良机。
乾元二年（759年）三月，安史叛军与唐军在相州展开激战，肃宗却为了防范武将而不设元帅，只派宦官鱼朝恩监军，鱼根本不懂兵法，不知用兵，致使唐军大败，鱼朝恩将相州失利的责任推到郭子仪身上，肃宗李亨不明是非，罢免了郭子仪兵权。
祸起萧墙
在朝中，自鱼朝恩之后，唐肃宗李亨开始信用宦官李辅国、程元振等操纵军政大权，宦官势力日益嚣张。肃宗同时又宠信张皇后，纵容她干预政事。唐肃宗因为受制于张皇后，而不能去探望唐玄宗。
至德二年（757年）正月，狡猾阴险的宦官李辅国附会肃宗宠幸张良娣，互相唱合。建宁王李倓屡次向肃宗奏言此事，李辅国与张良娣反诬奏建宁王“恨不得为元帅，谋害广平王”[17]。肃宗一怒之下，赐死建宁王李倓。广平王李豫为此有些内怕，欲谋杀李辅国和张良娣，经李泌劝说而止。后来，张皇后与李辅国有矛盾，张皇后想废掉唐肃宗所立的太子李豫。改立越王李系为太子，还想杀掉李辅国、程元振。
因病逝世
上元二年（761年）末，肃宗患重病，不理朝政，即命太子监国。
宝应元年（762年）四月，玄宗去世，肃宗病危。张皇后惧太子“功高难制”，暗中把越王李系召至宫中，阴谋废立太子。张皇后趁机召见太子，要太子李豫帮她杀李辅国、程元振。太子李豫不允许杀李辅国、程元振。张皇后与内官朱辉光等人谋划废太子李豫、改立越王李系。张皇后选择在唐肃宗即将病死时发动政变，召太子李豫进宫，准备与越王李系除掉太子。程元振得知了他们的阴谋，告诉了李辅国。李辅国阻止了太子，出兵把太子保护起来，然后率兵逮捕了张皇后与李系的党羽，将张皇后囚禁在别殿。这一晚，李辅国、程元振出兵擒获了与唐肃宗有矛盾的张皇后、杀越王系、兖王僴。当夜，李亨病死，时年五十二岁。庙号肃宗，谥号文明武德大圣大宣孝皇帝，葬于建陵。
为政举措
政治
五都体制
肃宗一朝在平定安史之乱的同时，对“三京”体系多次作出调整。
玄宗天宝元年（742年），曾改京师为西京，[20]东都为东京，北都为BJ，即京兆、河南、太原为“三京”。此三者，或称“京”，或称“都”，地位一仍其旧。直至安史之乱爆发，朝廷播迁导致“三京”体系开始发生显著变化。
“五京”体系的剧变始于江陵南都之置。
上元元年（760年）九月甲午，唐肃宗以荆州为南都，命名为江陵府，官吏的建制如同京兆。蜀郡原来为南京，后又复称为蜀郡。肃宗此举直接将成都由“五京”之一降为一般州郡，取而代之的是荆州江陵府。此时，“五京”系统改由原中、东、西、北“四京”与“南都”组成。玄宗曾经驻跸的成都遭降级的同时，肃宗曾经驻跸的凤翔地位并未动摇，而江陵“南都”异军突起，直接取代成都“南京”。
上元二年（761年）九月壬寅，下诏去原来的尊号，称皇帝；改元至德；以建子月为岁首；并且大赦天下。还下诏去京兆、河南、太原、凤翔四京及江陵南都的称号。当时天下战乱，民生凋残，肃宗此举暗含去除浮华与收复失地之志。但停“京”“都”之号不足半年，宝应元年（762年）建卯月（二月）辛亥，唐肃宗又大赦天下；再次以京兆为上都，河南为东都，凤翔为西都，江陵为南都，太原为北都。至此，四京的名号尽改为都，与江陵南都一道并称“五都”。
限制玄宗
玄宗避地西蜀，肃宗即位灵武，形成皇帝与太上皇并存的特殊状态。玄宗通过颁行诰旨、委派宰相等方式对肃宗政治进行渗透和干预，肃宗则力图减弱玄宗的影响。[22]玄宗回京后，肃宗通过罢免玄宗委任宰相、逼迫玄宗迁宫西内、离散玄宗身边亲信等手段，使其逐渐丧失政治权力，直至宝应元年（762年）四月父子相继驾崩，代宗即位，“二元格局”方告解体。
军事
李亨在灵州自行登基后，郭子仪被封为朔方节度使（灵州，在今宁夏WZ市区），奉诏讨伐，次年郭子仪上表推荐李光弼担任河东节度使，联合河东节度使李光弼分兵进军河北，会师常山（河北正定），击败叛军首领安禄山部将史思明，收复河北一带。
乾元元年（758年），肃宗派朔方节度使郭子仪等统兵20余万攻打安禄山之子安庆绪，安庆绪入邺城固守。郭子仪等人包围了邺城。史思明出动范阳兵十三万想要救邺城。
乾元二年（759年），因为唐肃宗没有任命元帅，导致唐军各部队没有统帅，军队进退缺乏指挥。这时史思明率大军到达城外，唐朝官军与之开始大战。
乾元二年（759年）十月，唐肃宗下诏亲征史思明，群臣上表劝谏阻止，唐肃宗停止了这计划。[27]史思明率叛军进攻河阳，派骁将刘龙仙到城外挑战，李光弼派出白孝德杀死了刘龙仙，叛军大惊。[28]史思明列战船数百艘，并在前面设置火船，想要烧掉浮桥。李光弼先准备了长竿数百，用巨木承担其根部，在其头部毡裹铁叉，以阻止火船，火船没法前进，最终自己燃烧殆尽。铁叉有阻止了战船，唐军在桥上发射炮石攻击叛军的战船，被击中的叛军战船都被打沉，叛军没有取胜而离开了。
随后，史思明手下的将领李日越、高庭晖投降于李光弼。史思明再次进攻河阳，李光弼派凤翔节度使李抱玉防守河阳。叛军攻城时，李抱玉出奇兵表里夹击，杀伤了很多叛军。[31]唐军擒获叛军的大将徐璜玉、李秦授。史思明还不知道周挚战败。李光弼驱赶俘虏到河边给史思明看，史思明于是撤退。[32]史思明派大将李归仁率领铁骑5000攻打陕州。神策兵马使卫伯玉用数百骑击破之，李归仁逃走。李忠臣与李归仁等人在永宁、莎栅之间交战，多次击败李归仁。