比尼克星球在玄翼人与银翼人的连年内战中，变成了一个满目疮痍的星球，到处都是核垃圾，到处都是烽烟余烬，已经是一个不太适应生存的星球。原有一亿八千万的各种翼人，现在所剩只有五千万翼人。战争的残酷超出了人们所能承受的极限。
银翼人有着浓厚的故土情怀，明知希望渺茫，还是想要恢复比尼克星球山清水秀的旧貌。好在有太极号一支皇极舰队的帮助，一百八十万智能机器人给比尼克星球的重建带来极大的助益。玄翼人在高僧的教化之下，在比尼克星球重建的劳动中，也消磨了不少戾气。有五万银翼人自愿加入太极号，智悲安排住进了琉璃玛瑙山中的一个村寨之中，取名为“翼人村”。
智悲也向纳美人提供了入住太极号五万人口的名额，二亿多人口的纳美人，自愿报名的实在太多，经过一轮轮精挑细选后，酋长女儿娜丽丝带领五万纳美人住进了太极号，从此，太极号的琉璃玛瑙山中多出一个名叫“潘多拉”的村寨。智悲还满足了纳美人向太极号移居他们的坐骑伊卡兰的要求，同时，还移居了潘多拉猴、孔雀鹿、旋扇蜥蜴、精灵水母来陪伴他们。
纳美人担心世界末日的到来，留守星球的纳美人希望拥有太极号一样的太空飞行器，智悲又派出了一支皇极舰队，进驻到潘多拉星球，一百八十万变形金刚进入了星球的地下工厂，日夜不停地为纳美人建造太空飞行器，好在，潘多拉星球有着丰富的矿藏，特别是一种叫雷岩的矿石，是一种难得的元素，含有巨大的能量和磁性，是改善太空飞行器的重要元素。但是，建设的太空飞行器无论如何也达不到太极舰的性能，太极舰的取材来自于七宝树，加上西方三圣愿力所化，也不是宇宙之内能找到的元素。永恒动力是无法解决的难题，雷岩也只不过让飞行器更牢固些，能量更充沛些，是否能抵御宇宙毁灭带来的灾难，可能性并不大。
太空飞行器的建设是纳美人科学技术的大飞跃，使原本科技并不发达纳美人直接进入到宇宙科技的巅峰。地球已经有了太极号设计图案，但是，却是没有雷岩这种珍稀的矿藏。智悲在征得纳美人的同意后，派遣一支皇极舰队向地球输送雷岩，希望地球能建出更好的太空飞行器，灾难降临时，或许能保存更多的人类。
进入潘多拉星球已经第六个年头了，公元2066年的腊月十二，重建比尼克星球的皇极舰队回归太极号，同来的有银翼人新酋长桑尼驾驶的舰队，桑尼的姐姐番曦带着五万银翼人已经住进了太极号。银翼人给太极号和纳美人带来了堆积如山的宝物，进献给纳美人的是珍稀矿产和能源，进献给太极号的是比尼克星独有的珍稀植物和动物。纳美人回赠了不少雷岩，太极号回赠了各种舰艇的设计图纸和设计参数。
公元2066年腊月二十四日，向地球输送雷岩的皇极舰队回归太极号，接收皇极舰队的祖国政府并未派人随皇极舰队前来。曾经，皇极舰队满载而去，如今，满载而归。舱内堆满了各国的古董、字画，有金银珠宝，有熊猫、丹顶鹤、金丝猴、雪豹等珍稀动物。还给皇极舰队中型以上的飞行器都配备了服务机器人，与真人无异。
智悲和地球机器人交流得知，祖国与美国、俄国、印度等国联合建造十艘太空飞碟，直径一千公里，没有太极号内的锦绣河山，类似钢铁城市，每艘可住人口一亿，但是，需要大量的雷岩。
地球机器人禀告：“智悲佛现世后，世人皆学佛法，寺院鼎沸，本该是一片大好景象。后来，佛门出现很多假和尚，误人子弟。很多寺院和尚娶妻生子，骄奢淫逸。多国政府不得已关闭寺院，囚禁了假和尚。”智悲说：“佛门败类，政府应该严惩！”
智悲与纳美人酋长杰森商议雷岩一事，杰森说：“潘多拉星最丰富的矿藏就是雷岩，地球人口众多，能救多少，就尽量救多少。纳美人唯一能帮助地球人的就是提供雷岩，我们会尽量满足地球人的需求。”智悲盛赞道：“”纳美人有此善心，必得善果，佛祖会保佑你们的。”
智悲安排了二支皇极舰队轮流向地球输送雷岩，潘多拉星球的雷岩满足了三个星球对太空飞行器的建造。好在雷岩矿都是在地下通道内开采，采矿避开了植物根系，潘多拉星球的地表外面没有引起变化。太极号救世主的形象深入纳美人和翼人的心中，太极号上的地球人得到了极大的优待，流连忘返于潘多拉星球奇异的景观之中。拍摄的、写生的、寻宝的、练骑射的……，把潘多拉星球当作了自己的家园。
是日，太极号生物学家杨一凡，带着生物科学研究院人员，在最大的一颗灵魂树下实验，灵魂棵位于许多天然的石拱桥下，天空中漂浮着哈利路亚山，众多的哈利路亚山都有粗壮的树藤连接，哈利路亚山上栖息着各种色彩的伊卡兰，哈利路亚山上的瀑布流到了下一个哈利路亚山上，树藤垂下与地上的参天巨树连接，此处磁场很强，探测机器失灵。
杨一凡还是探知到了这棵如摩天大楼般的灵魂树，根系异常发达，主根系深入地下有一万米，须根更是遍布整个星球，这棵有意识形态的树让潘多拉星球成为了一颗有意识形态的星球，杨一凡欲将该树移入太极号，纳美人不同意，说这是他们伊娃，双方争执起来，互不相让。
智悲和酋长杰森来到树下，人们停止了争吵。了解事情原委之后，智悲用他心通探测了一下，立即发现了一个强大的意识，便化身为光进入了灵魂树，能量光顺着根系深入地下，发现了一个诺大的地下石洞天，该石洞内翠藓堆蓝，白云浮玉，光摇片片烟霞，乳窟龙珠倚挂，萦回满地奇葩。
灵魂树硕大的主根上长出的须根也粗壮无比，须根上又长出许多灵魂树，这洞里的灵魂树能结果子，其果大如石桌，晶莹剔透，内育人形果核。每果各有意识，灵魂树竟然产出活人，真是奇闻！正想时，果裂开一缝，崩出一个类似地球人类的灵魂人来，通体雪白。只见这灵魂人探出手来，手指发出光线，射向其他果子，果子都打开一缝，崩出灵魂人，约有一百八十来人，灵魂人发出淅淅沥沥之音，尤是雨语。玩耍一会之后，复回果中休憩。
出得此洞，再探各处，灵魂树须根发达，遍布星球，与星球上的各种树木根系交织在一起，形成了潘多拉星球的地下网络，尤如人体神经网络，非常复杂。探查完毕，智悲现身灵魂树下，把所见所闻告诉众人，众人惊讶不已！
智悲说道：“这树意识能量强大，能控制人和动物的意识，还能产出人类。她是你们纳美人的伊娃，也是灵魂人的母亲。我们都无权决定她的去留。她的去留只能由她决定。”众人都认同智悲所言。
智悲盘坐于树下，意识游走于树干之中，纳美人也纷纷用体外神经系统与灵魂树闪闪发光的枝条连接，智悲也最终与灵魂树实现了意识沟通。
灵魂树用意识对智悲道：“万年以后，你是我见过最强大的人类，你也是第一个全面了解我的人。”
智悲用意识道：“尊敬的伊娃，你有伟大的意识，是伟大的生命体，千万年来，你保护了潘多拉星球上的众多生灵。但是，佛祖预示宇宙将毁，星球将灭，恐怕你也无法抵挡世界末日的灾难。佛祖令我保护地球、宇宙文明，所以，我才驾驶太极号来到潘多拉星球，我希望为伊娃提供庇护，将你移到太极号中，不知您意下如何？”
灵魂树用意识道：“佛祖是谁？”
智悲道：“伊娃你是潘多拉星球的神，是潘多拉星球意识能量的总和。那么，佛祖就是宇宙的神，是宇宙意识能量的总和。佛祖有无边的法力，他能看见过去和未来。”
灵魂树用意识道：“我如此庞大，你如何移植我？”
智悲说道：“用意识，甚至是全星球的意识。”其他不用多说，灵魂树自会明白。
纳美人也明白了，他们的伊娃就要离开他们。怀着沉重的心情成排坐在智悲的身后，每个人都伸出手搭在前面个人的肩上，最后通过酋长杰森的手，传递到智悲的肩上，智悲的双手发出两道白光，射向灵魂树干。灵魂树强大的意识与所有人的意识融合在一起了。
遍布星球的须根开始收缩，缠绕在其他树根上的须根也开始剥离，须根不断的收缩，把石洞天内的小型的灵魂树和灵魂人也包裹在须根之中，伸向苍穹的树枝也开始收拢，须根窜出地面，伸向树干、树枝，把树干、树枝也包裹到须根之中，最后，整棵树被须根包裹成一个直径达五十公里的球体。
须根球体缓缓升空，光芒四射，从智悲手中发出的两股白光在下面托起须根球体，缓缓向太极号飞去。太极号也缓缓靠拢须根球，须根球飞到了太极号上空，太极号的水晶穹顶缓缓地向两边分开，球形的太极号上方出现了一个直径二百公里的洞口，须根球从洞口进入了太极号，智悲和纳美人才将手放下。
须根球垂直向下飞向皇极广场，佛祖雕像背后出现了一个直径一百公里的洞口，洞中是太极号底舱的能量核。须根球降落到能量核上，然后，须根徐徐展开，将能量核包裹在须根之中，树干徐徐伸出皇极广场上的洞口，小型的灵魂树落到了大灵魂树上，成为了灵魂树的枝干，上面一百八十五个灵魂人还在灵魂果中休憩，移植没有对他们造成任何影响。
最后，洞口的地板慢慢合拢，将灵魂树固定到佛祖雕像的身后，灵魂树看上去比一百二十公里高的佛祖雕像还要高出三十公里。
佛祖、观音、大势至的雕像都是面向众生，也就是面向阳极琉璃玛瑙山。灵魂树便处在了佛祖雕像和阴极金沙海之间。
能量核的物质和能量都来自七宝树和三圣的愿力，比土雷岩的能量高出千百倍，灵魂树在这里将会得更好的滋养。同时，灵魂树也可以向能量核提供能量，相互相成，相互补充，为太极航提供了源源不断的能量。