智悲没有料到，移植灵魂树之后带来的后果。灵魂树移植到太极号之后，潘多拉星球渐渐地出现了一些奇异变化。
首先，是死神兽的异常，它是潘多拉星球的顶级捕食者，黑色皮肤带红色或黄色条纹，体形有点像地球上的猛虎。死神兽本就凶猛无比，最近更加暴戾，频频攻击纳美人，已经连续出现纳美人被吃掉的情况。接着，出现了锤头雷兽群体攻击纳美人驻地情况，又出现蛙蛇狼群攻击纳美人群的现象，还频频出现有重铠马、伊卡兰拒绝与主人联连的现象。一切开始变得异常诡异，纳美人把这些现象都归结为灵魂树的移植，心中难免怨愤。
更加严重情况出现了，纳美人最亲近自然，晚上不用人工照明，视力极好，森林树木在夜晚能发出幽蓝色光亮。灵魂树移植之后，森林在晚上失去了它的光彩，光线变得越来越幽暗。白天，树叶开始卷曲，枝条下垂，森林仿佛失去了活力。这是纳美人无法接受的现实，纳美人的吃穿住行都来自于森林，森林就是他们的家园，纳美人的怨恨与日俱增。
这一日，杨一凡带领两名研究人员在森林里面收集精灵水母。可是晚上，没有回到营地，这是很危险的事情，就连纳美人在夜晚也不敢出去。天亮之后，人们在森林中发现三人的尸体，尸体并没有野兽吃掉，而是被摔死在森林里面，是否人为？不得而知。
但是，人们能猜到，杨一凡对灵魂树秘密的发现，成了纳美人杀他的理由。地球人渐渐地回到了太极号上。潘多拉星球上几乎没有了地球人的踪迹，只有变形金刚在地下工厂帮助纳美人建造太空飞行器。
智悲心知肚明，心中痛苦不堪。坐在佛头主控室内，连通了佛祖意识，忏悔道：“佛祖，我做错了一件事，毁掉了潘多拉星球！受到了纳美人的怨恨！”佛祖说：“你发心是好的，要继续发大悲心，纳美人终会明白，误会终会消失。”
第二天清晨，智悲出现在空中，身长百丈，端坐莲台，散发出万道佛光。纳美人渐渐汇集到宽阔的草坪上，太极号的双层机壳变得透明，里面的人静静地望着空中的智悲。
智悲开口道：“我佛慈悲，发愿要拯救苍生，然而，拯救灵魂树时，不料伤害了潘多拉星球，也伤害了潘多拉星球上的生灵。太极号应怀着赎罪的心情，投入到纳美人飞行器的建设中。太极号将再派一支皇极舰队，再造一艘太空航母，两艘航母可以容纳下全球的纳美人。同时，太极号再次向纳美人开放五万人口的入住名额。以减轻太极号所造的罪孽！”
智悲言罢，隐去身形，恢复了虚空。太极号内的人皆低头忏悔，纳美人则面对虚空跪拜于地。飞行器的建设更加紧锣密鼓地进行着，太极号内的潘多拉村，纳美人从五万变成了十万。
地球人在舱内纳美人的带动，又开始走出舱外，活动在潘多拉星球上。纳美人的怨恨也收敛起来，有了两艘航母，他们的生命将得到更大的保障，完全可以原谅地球人的无心之过。星球注定毁灭，家园终将消失，只是时间早晚一点罢了。
公元2072年，纳美人的两艘航母最终建成，航母形如橄榄球，长直径有一千里公里，短直径有五百公里，为节省空间，同地球的太空飞碟一样，内部都建成了钢铁城市。不同的是橄榄形航母内分了七层，能量核在最中间一层。地球的太空飞碟内分两层，中间突出的部分才分了七层，能量核也在中间一层。
亲近自然的纳美人在他们的航母里内布置了很多植物，好像建在客厅内的花坛。在灵魂树移走的这几年时间里，潘多拉星球的森林和动物消失了八成，甚至连空气的成份也发生了变化。变成了一颗不适人居的星球。两亿纳美人分别搬进了特鲁克号、伊卡兰号航母。
与此同时，比尼克星球的太空飞行器已建成。其形态犹如一只飞翔的雄鹰，能量核安放在扇形的尾部，水平展开的两翼达一千公里，两翼内舱分二层，中部内舱分七层。比尼克星球也难再现往日的山清水秀，由于核辐射持续的影响，许多翼人都得了辐射病，寿命大大地缩短了，比尼克星已变成了一颗不适人居的星球。
好战的玄翼人最终还是毁掉了自己的家园，比尼克星球上，留下了五百万罪孽深重的玄翼人战犯，让他们留在这颗行将毁灭的星球自生自灭。其余四千五百万的翼人全部搬进了翼人号航母。
翼人接到太极号发出的信息，最终，依依不舍放弃了他们的家园，驾驶翼人号来到了潘多拉星球。智悲和纳美人酋长杰森决定挖尽雷岩，放弃潘多拉星球。太极号内的十支皇极舰舰队全部出动，在潘多拉星球上，一千八百万个变形金刚都钻到地下，挖掘雷岩。
大约三年时光，雷岩堆满了十支皇极舰舰队的内舱，特鲁克号、伊卡兰号、翼人号也储备了足够的雷岩。潘多拉星球已彻底变成了一颗荒芜的星球，完全失去了生机。
公元2075年，太极号带领着特鲁克号、伊卡兰号、翼人号向地球出发。智悲坐在主控室内，望着屏幕上浩瀚的宇宙，心中想着地球上的事，“不知地球情况如何了，十架飞碟应该建完了吧？七十六亿人口，也只能救十亿，其余六十六亿人口就只能等死了吗？会出现什么情况？会互相残杀吗？”智悲已经感应到了地球的灾难。
四大航母在太空中以光速航行了四年半，终于到达了地球上空。地球的外太空有十架飞碟，其形如铙钹，正围绕地球旋转，在地球上，会看到仿佛多出了十个月亮。地球的蔚灰色已经变成灰蓝色，南北两极冰山不复存在。地球灾难看起来已经发生了。
智悲收到了十个地球航母发来的信息，智悲邀请了十个飞碟的代表前来太极号。代表们告诉了智悲近年来地球发生的事情，由于近年来太阳耀斑活动加剧，常有伽玛射线暴袭来，大气臭氧层出现了许多洞口，引起温度持续升高，全球平均温度高达五十度，高温天气持续时间延长，人类已经无法适应环境的变化。
北极、格陵兰、南极冰山融化，海面上升，众多岛国，以及大陆沿海城市都被淹没。农作物欠收，森林植被疯长。冰层中被冰冻了十几万年的古冠五代病毒，席卷全球，致死率高达百分之五十。疫苗对病毒根本不起作用，疫苗还未研制出来，病毒就进化到了下一代，而且病毒的危害性也越来越大。人类处于疾病和饥饿之中，所有学校、行政、交通、运输、商业、娱乐、生产等部门都已关闭了。
目前，已经发展到了古冠十代病毒，人类一旦感染，三五日之后，病人便喷血暴葬，全球死亡人数高达四十多亿。人类几乎放弃了挣扎，能产生免疫的个人，便会被飞碟派出的机器人剥光衣服，消毒杀菌，全身扫描，核酸检测，隔离二十日之后，由运输舰送到航母之内，成为航母中的一员。全球这样的服务机器人多达五千万个，在日夜不停的对人类进行筛查。机器人分工明确，工作效率很高，有扫描机器人、检测机器人、运输机器人等。
现在，进入十个航母内的人类，分别有二千多万到四千多万不等，总共有六亿多人口。地球飞碟不想放弃绝望的地球人类。十个飞碟悬浮在外太空，成为了地球的临时卫星。智悲将十支皇极舰舰队采到的雷岩，分别送到了“亚洲号、非洲号、欧洲号、美洲号、北极号、南极号、太平洋号、大西洋号、印度洋号、北冰洋号、”十架航母之中。
地球的现状越发惨烈，因粮食短缺，人类争抢食物，相互残杀。往日繁华的城市，都变成一座座死城，到处是断垣残壁、破砖烂瓦。除了机器人在活动，人类仿佛躲进了洞中。智悲派出了一千八百万变形金刚到达地球，启动了生产活动和治安管理。
经过两年的筛查工作，地球飞碟最终只收到七亿五千万人口，而剩下的是濒临死亡的人类和环境恶劣的星球。人类败给了看不见的敌人古冠病毒，病毒占领了地球。