万历二十年（1592年），袁了凡回京述职，因为他曾经在1591年向朝廷上奏折陈述过对西夏、朝鲜用兵的方针和策略，再加上朝廷喜欢安排文官掌管兵部，所以万历皇帝就将他安排到了兵部任职，升兵部职方司主事（正六品）。

　　升职的原因，并不是朝廷喜欢他，而是太多人推荐他了，受到了二十七次举荐，还被宝坻百姓建了生祠，为了笼络人心，所以朝廷还得用他。

　　同在这一年，朝鲜半岛烽火连天。日本狼子野心，铁蹄踏破朝鲜的宁静，王京沦陷，八道（道，是朝鲜和韩国的一级行政区，相当于我国的省）之中已有七道落入敌手。仅存的义州一带，如同孤岛般顽强坚守，与明朝接壤，成为朝鲜最后的希望。

　　朝鲜国难当头，情势岌岌可危。他们深知，单凭自己的力量已难以抵挡日本的侵略。于是，朝鲜的使者们纷纷踏上前往明朝的征程，他们的脚步匆忙而坚定，心中只有一个信念——寻求明朝的援助。这些使者如同穿梭在风雪中的信鸽，传递着朝鲜的求救信号。

　　万历皇帝深知唇亡齿寒的道理，他不能坐视朝鲜的覆灭。于是，他毅然决定派遣大军前往朝鲜，与朝鲜人民并肩作战，共同抵御日本的侵略。

　　1592年8月，朝廷一纸诏书，将兵部侍郎宋应昌推至了风口浪尖，命他“经略备倭事宜”。宋应昌就向皇帝上奏，准请袁了凡为军前赞画（相当于参谋）。1593年1月。袁了凡跟随宋应昌、征东提督李如松一道渡过鸭绿江，踏上了抵御日寇、光复朝鲜的征程，当时军权掌握在提督李如松手中。

　　正月初八(1593年2月1日)，天寒地冻。李如松谋划会攻平壤，决心一举歼敌。经过激战，明军大获全胜，歼敌万余，光复了平壤。随后，明军乘胜追击，收复了开城、白川、牛峰、平山等地。日军全线溃败，狼狈撤至汉城。这一战，扭转了半岛战局。

　　经过一场酣畅淋漓的大胜，袁了凡却意外地遭到了主帅李如松提督的弹劾。这看似出人意料，其实背后原因并不复杂。在权力的漩涡中，与主帅的步调不一致，甚至与之作对，往往难逃此劫。

　　李如松，李成梁之子，这对父子组合堪称明朝辽东铁骑的绝代双骄。而袁了凡，一个名不见经传的六品主事，在他们这样的武将世家面前，确实如同尘埃一般微不足道。那么，他为何敢于与这样的巨头作对呢？

　　据说，正直的袁了凡对李如松使用诈和的策略极为不满。他认为，这样的战术虽然能取得暂时的胜利，但却有损大明朝的国威。此外，他还指责李如松纵容手下滥杀无辜百姓，用无辜的生命来换取军功。虽然二人最后和解，但已经埋下了仇怨的种子。

　　在这权力的角斗场中，袁了凡的言行举止无疑给自己招来了巨大的麻烦。三月，两人的恩怨纠葛终于爆发。主帅李如松，因对袁了凡的不满，列出了他的十宗罪，将其弹劾。然而，事情并未就此平息。事后有言官向皇帝上书，指责袁了凡在宝坻县任上纵容百姓欠税逃税，罔顾国法，败坏纲纪。

　　本来就不招朝廷喜欢的袁了凡，终于被减税之事所累。三月二十六日，皇帝下旨，将袁了凡削职为民。

　　减税之事不是朝廷同意的吗？所以很多人认为袁了凡的被削职，是前线文武矛盾的展现，比如彭绍升《居士传》、乾隆《宝坻县志》等均持此观点。袁了凡在前线与李如松确实有过公开的矛盾，但是真正导致袁了凡被削职的，另有原因。

　　先说袁、李矛盾。二人的矛盾，实际上是南北军矛盾的缩影。平壤战时，北将李如柏建议堆沙桥以便登城，南将“不答，终不用其桥”（《宣祖实录》宣祖26年二月二十日条）。平壤战后分功不均，李如松袒护北军，使得矛盾彻底爆发。北军的斩首，南军全都说成是杀朝鲜人冒功；而李如松稍稍夸赞几句南军，李如柏、张世爵等北军大佬便把南军骂个狗血淋头。袁了凡和李如松的交集，就在“滥杀朝鲜人”这个问题上。

　　杀良冒功这项罪名，几乎是弹劾边将少不了的戏码，而在东征军中也有这样一个有鼻子有眼的故事流传：北军中的“向义鞑子”会跟着朝鲜人尾行，走到四下无人之处，一刀砍了脑袋，削去头发（中朝成年男子皆蓄发，只有日本剃发）拿回去报功。而这种把辽东军说成日军的流言，南兵背后的文官似乎难辞其咎（比如黄应旸就曾经宣扬说“提督辽东人，不辨皂白，只喜杀戮”）。而当流言纷然时，袁了凡站出来指责李如松，问他为什么做这种事。提督当着袁了凡的面“攘臂大叱”，并骂道：“可恶老和尚，何处得闻此语？”袁了凡则淡淡回道：“此是公论。”最后，双方各退一步，袁了凡以“闻之误”为由向李如松道歉，而“北将亦叩头谢罪云尔”。（《宣祖实录》宣祖26年二月二十日条）

　　袁了凡由于在南北矛盾中偏向南军，导致李如松破天荒地“以十罪劾了凡”（彭绍升《居士传》卷四五），可见二人之仇怨。

　　袁了凡的被削职，据《明史》卷二二四《孙鑨传》和《明神宗实录》万历二十一年三月初四条可知，与万历二十一年“癸巳京察”中的政治斗争有密切的关系。

　　万历二十一年（1593年）三月由吏部尚书孙鑨、左都御史李世达和考功司郎中赵南星主持的癸巳京察，臣僚乘机徇私毁誉，结援同党，有大批的大臣被罢免，吏部文选郎吕胤昌、给事中王三余，均被斥黜，引起轩然大波。事后言官又劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁了凡。这三个人都不是大官，但是参劾得都有深意：虞淳熙是孙鑨的同乡，无大错处；杨于廷在此前的宁夏之役中有功，甚至还未叙功；袁了凡则是正在辽东宋应昌幕下的一个赞画（参谋）。从公允的角度看，这三个人都不当去职；但是如果这样做了，就会给皇帝留下“吏部结党营私”的印象。孙鑨不虞有诈，上书辩解表示贬袁了凡可以，虞、杨无过。接下来，给事中刘道隆弹劾吏部“曲为解说”，是回护同党。皇帝闻言大怒，下严旨称吏部“回奏不伏罪，明是专权”，并且将赵南星降三级外调，吏部堂上官夺俸三月，被提到的虞淳熙、杨于庭、袁了凡三人尽数“冠带闲住”（免去现任职，但可以保留官员身份，回家自省）。于是孙鑨和李世达同时上书辞职，并且为赵南星辩护。同时，于孔坚、陈泰来、魏允贞等言官也上书为赵南星辩护，认为此次京察是有功无罪，结果都遭到贬黜的处分，朝中言官“几乎一空”。同时，愤怒的万历皇帝还更改了对袁了凡等三人的处分，从“冠带闲住”改为“削职为民”，还捎上了赵南星。

　　袁了凡被削职后回到故乡嘉善，知县章士雅聘其为重修县志主笔，负责编修《嘉善县志》，后来他迁居到江苏吴江芦墟镇赵田村，在那里建了一个万卷楼，并在那里持斋修行，著书立说，自号“赵田逸农”。他一方面结合儒、佛思想著书劝善，另一方面在举业文章上多有建树。

　　万历二十九年（1601年），袁了凡在69岁时撰《立命之学》（《了凡四训》第一篇）。

　　万历三十四年（1606年）七月去世，享年74岁。

　　天启元年（1621年），袁了凡被朝廷追叙东征功，下诏追赠尚宝司少卿。

　　乾隆二年（1737年），袁了凡入祀嘉善县魏塘书院内的“六贤祠”。

　　袁了凡博学多才，在历数、律吕、水利、兵事等方面，皆有造诣，一生著述颇丰。据不完全统计，共计有著述22部，198卷。

　　袁了凡的人生轨迹，如同一部波澜壮阔的史诗，深深地告诉了我们一个道理：积德行善，固然是为人之本，但仅凭此还远远不够，因为心念一起，命运就会出现变化。在这纷繁复杂的世界里，即便是你为了百姓鞠躬尽瘁，若不能与领导心意相通，也难免遭遇无端的弹劾与阻挠。

　　从政之道，如履薄冰，需得巧妙平衡。你既要怀有一颗为民请命、造福百姓的赤子之心，又需学会从全局出发考虑问题，与领导和谐共舞，相向而行。否则，恐怕还未等你实现心中的理想，为百姓谋得福祉，便已被领导的风暴所吞噬。

　　在这个充满变数的舞台上，袁了凡的故事如一面镜子，映照出我们每个人的影子。让我们从中汲取智慧，学会在坚持正义与全局时势之间找到最佳的平衡点，书写属于我们自己的传奇。