“臣石永年细细查实，共探明司贼文山其罪有三：其一私截属国贡物。如洪武二十六年，暹罗遣使入京纳贡。司贼文山扣留白玉象牙三对、碗石十五两、真珠十五颗。又如洪武二十八年，流求先国王薨。武宁王遣使三吾良叠入京请册封袭爵，所携红珊瑚石一件、真珠十颗、皆入司贼之手，未达天宫。凡此种种，无从列举。其二私授吏员。洪武二十八年，国子学司业致仕，司贼一力保荐门生严文德、白安福二人，言司业必从此二人择。其后吏部天官果然以白安福为司业。又如洪武二十九年，天官调仪制司员外郎姚喇入户部，调令竟为司贼私扣，月余吏部又另择人选。司贼势大，竟至于斯。其三结交异人。司贼府中常有和尚僧人往来，臣密密访来，此些和尚皆不是京中寺庙的，自言皆是北方云游僧。妖僧出手豪放，所使宝钞花纹，与京中不同。此时虽无根据，但事关重大，臣不敢不奏。臣冒死探出，妖僧乃周王亲信，所以结交司贼，其意在何，臣实不敢言。……
石永年的密奏，所有公文的格式、体制一概不用，这也是朱允炆给石永年的特权。奏折虽然不长，但满满的都是干货。其它的事情不好查证，这截留贡物的问题，却很好验证。历年诸属国进贡，都有礼单直接呈达御前，是礼部伪造不得的。朱允炆找出石永年所说的事件礼单，再与内帑中的入库记录一一对比，石永年所记录的这些礼品，果然好像是人间蒸发了一样。能做成这样的事情，其中知道内情的人必然不在少数。司文山敢这样做，背后的能力越想越让朱允炆害怕。
石永年认为，截留贡物是与天家争利，是大逆的罪行，当然放在首位。至于私授官员，最多只能算是以权谋私，而结交异人的罪行最轻，甚至都不能算罪过，充其量是行为不轨。但是在朱允炆看来，这三件罪行却是一件重过一件，司文山能控制礼部大小官员的升迁任免，必然与户部有着千丝万缕的联系。而在朝六部中，若有两部结为一党，其势力就足以对大明造成很大的影响。官员结党，是历朝天家都深恶痛绝的亡国之道，眼见洪武朝欣欣向荣的背后，确是如此大的隐患。朱允炆不禁冷汗涔涔，他甚至有些同情自己的这位前世。要在怎样困难的环境下，坚持抵抗来自北方能征善战的边军达四年之久。至于石永年所说的妖僧，朱允炆当然更是也心知肚明，这恰恰是建文朝最大的忧患。
更另朱允炆感到恐惧的是，内帑中的这些物件，竟然鬼使神差地又出现了。
仅仅十日后，朱允炆命太监整理出司文山入主礼部以来，历年各属国进贡的礼单，亲自前往弘义阁内帑，打算搞清楚，这位礼部尚书究竟截留了多少贡物。然而礼单上一桩桩一件件，竟都陈列在弘义阁库房内。日前石永年奏报，自己亲自勘验出的几件缺少的物品，此刻也一件不少。
司文山敢截留贡物，弘义阁监守又岂能不知。日前见天子亲往弘义阁查点，虽然当时没有降罪，但毕竟知道事情即将败露，早告知司文山，将所截留的贡品尽数补上。此刻天子再行查验，自然是滴水不漏。有些物品司文山早变卖为财，只好另寻相似之物补上，好在番邦进贡的原物，天子从来也未见过，纵然发现有些礼物不对，也难发觉。
司文山截留贡品之罪，从此再无真凭实据。至于司文山有私授官员的能力，除了捕风捉影的几句话之外，石永年也无法找出更多证据。司文山与吏部勾结，所有官员任免的文书，既然出自吏部，当然很容易做得天衣无缝。至于结交僧人，更是无从入罪。如何处置司文山，成了朱允炆眼下头疼的第一件事。
朱允炆随口说出一个名字来，就能查出这么多问题。朱允炆甚至有些不敢想象，朝堂之上君臣一心、一团和气的背后，到底有多少暗流在涌动。自己这个表面上四海一心的皇帝，实际上还有多少权力。
司文山的诸般罪行，既然没有真凭实据。皇帝当然没有理由直接罢免司文山的职务，但平级调动，甚至升迁，却十分正常。眼下朱允炆想出的办法，是把司文山的职务调整为大学士。明初的大学士是皇帝的近臣，以侍从顾问的形式协助皇帝处理政务。大学士品级大都不高，却掌握着较大的权力。在洪武朝，朱元璋对这些一手提拔的大学士十分信任，他们的一个建议，往往就能决定一位高官的生死。
翌日早朝，朱允炆就宣召，礼部尚书司文山加封太子太师，仍领正一品衔，入调文渊阁大学士。司文山本来是太子少师，加封太子太师是荣誉升格。文渊阁中官员，品级以四品、五品为主。要调司文山入阁，当然不能再降为四、五品的小官。朱允炆目前所能做的，只是将司文山和礼部、吏部这些掌握着实际权力的衙门隔离开而已。至于入阁之后，朱允炆当然也不会向他问政，司文山没有了实际权力，也就不足为患，今后自己能形成对权力的绝对控制，解决司文山就简单得多了。
然而，就是这样一道升职的诏书，也遭到了群臣的反对。
“礼部事务繁多，臣乞陛下收回成命，臣愿在礼部为国分忧。”司文山道。
“司大人在礼部多年，熟悉礼部诸事，不宜有变，臣也希望陛下三思。”不出意外，吏部属官也站出来为司文山说话。
“礼部上下，皆仰仗司大人提纲掣领，司大人若走，微臣恐处事不周。”礼部右侍郎道。身为司文山一手提拔的侍郎官，他岂不知这封诏书的实际意思。
“陛下若缺少侍从学士，翰林院中有供奉百人，供陛下挑拣。司大人国之栋梁，伏乞陛下三思。”太常寺卿道。太常寺掌管礼乐，与礼部当然有着千丝万缕的关系。
“诸卿所奏，属实有理。此事暂时作罢，以后再议。”只是调动一个礼部尚书，阻力竟然这么大。朱允炆不知道，今日如果强行调动，会带来怎样的结果，但必然是对自己大大不利的。