之后水门与二代火影使用飞雷神互瞬回旋术配合灼遁·光轮疾风漆黑矢零式击中带土，但被带土使用阴阳遁将其无效化。而后，水门因对带土所说的相当于忍者始祖的力量感到不解而询问二代火影大人，二代火影凭借自己生前的战斗经验冷静的分析出带土的能力是以阴阳遁为基础的术，能够将所有忍术无效，也就是说即使是秽土转生的身体，只要中招，也会因为无法转生而死亡。并告诫水门不能再受伤了，水门也因此变得更加谨慎的战斗。

　　接着第二代火影与鸣人察觉到了带土不能化解仙术的弱点，之后第二代火影以飞雷神之术配合鸣人的仙术螺旋丸瞬间移动至带土的身后对其造成伤害。望着空中的鸣人，水门对鸣人连自来也老师的仙术都学会了表示感叹。紧接着带土在地面上制造出神树并同时释放出四颗尾兽玉，第二代火影原本打算与水门使用飞雷神术一人转走一个，但因考虑到即使转走了两个，但剩余两个尾兽玉却无法转移的问题而尝试别的办法，初代火影告诉大家不用担心，只要改变尾兽玉的运行轨道就可以，到时候四位火影会想办法把它们打到海上，并拜托大家制造土遁之壁，自己用树界降诞将尾兽玉引导向大海，然而柱间的想法立即被带土彻底打消，带土使用六赤阳阵封将忍者联军封锁在结界里，之后二代火影意识到只能用飞雷神术把尾兽玉转移到结界外部去了，随后二代火影询问水门能否同时转移两个，然而四代火影的飞雷神在无法标记的情况下，一个已经是极限，所以水门尝试别的办法。

　　随后水门打算将尾兽玉连同树一起转移到结界外部去，然而这一想法却被带土嘲笑，在紧要关头，鸣人提出了一个主意，水门与鸣人碰拳使自己的查克拉与鸣人的查克拉进行接触，从而使自己的查克拉与鸣人留在忍者联军神树的查克拉连接了起来，因为忍者联军身上附有鸣人和九喇嘛的查克拉，所以使水门成功将忍者联军所有人转移到了结界外部，随后第二代火影也详细解说了这是利用了影分身的原理，即便自身的查克拉分散四处，只要有哪怕微量的查克拉残余，当本体为控制查克拉再次开始凝练时，分散的查克拉便会产生共鸣而联动。

　　紧接着水门与鸣人开启九尾尾兽化，在第二代火影使用飞雷神术的帮助下，瞬间转移至带土的身后，使用螺旋丸成功击中带土，但被带土使用阴阳遁抵挡。因此与带土打了平手。此时的带土已经发动无限月读，神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，由于神树分裂体的树藤消耗了水门太多的查克拉，因此使水门无法拯救鸣人，只能眼看着鸣人即将被神树分裂体的树藤吸尽查克拉。随后水门通过第二代火影的飞雷神术来到忍者联军的战场。

　　为了能够打败带土，他将自己的阴性九尾查克拉模式的部分力量传输给鸣人。水门为了拯救鸣人的性命打算将自身的阴九尾查克拉传输给鸣人，却在传输的途中被黑绝将阴性九尾查克拉吸收，随后，水门使用螺旋丸轰炸黑绝，但黑绝却通过浮游术钻在地底下。紧接着斑也到达现场。为了取回轮回眼，斑开始再次劝诱带土，此时波风水门进入仙人模式企图使用螺旋丸向斑发起攻击，卡卡西和我爱罗也同时展开行动阻止带土走向斑，斑无视水门的突袭使用六道权杖瞬间打断了水门的手臂，并且无法恢复。随后斑将水门与螺旋丸踢向我爱罗与卡卡西，因此，三人的攻击被斑瞬间化解，卡卡西和我爱罗也因此被打飞。

　　失去双臂的水门难以再战，不过仍然在一旁支援迈特凯的战斗，在李投出三叉式苦无的瞬间，水门以飞雷神术舍身替阿凯转移斑的阴阳遁术攻击，以使阿凯的攻击奏效。当斑施展无限月读之际，水门对突然发生的异变感到惊讶；而后，水门为了保护鸣人而与其他三位火影一同赶往鸣人所在的地方。为弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被初代火影否定，随后四位火影尝试别的办法，当柱间触摸到失败的斑的下半身时，六道仙人留下的查克拉出现，四位火影见到了六道仙人。在大筒木辉夜被封印后，与六道仙人以及其他16位已逝去的五影们共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界。

　　在六道仙人解除秽土转生之际，鸣人连忙赶到水门的面前，水门微笑着向鸣人祝贺“生日快乐”，鸣人流泪着向水门说出了之前没能说出的各种话语，并希望水门能将这些话语传达给母亲。水门说“我一定会传达给她的”，之后水门的灵魂回归净土。

　　而即将成为火影候补的卡卡西与宇智波带土、野原琳为木叶隐村忍者学校的同期学员。被分配到波风水门所带领的班级。在卡卡西年仅12岁，即刚刚成为上忍之时，波风水门带队去神无毗桥执行的一次任务，水门班和第七班则刚好相反，来自宇智波一族的带土并不是队中的精英，而是个性格比较胆小、很爱哭的家伙，故常被卡卡西嘲笑为爱哭鬼。因此最开始宇智波带土和卡卡西虽在同一队，但彼此的性格也不是非常合得来。带土在整篇中虽然比较胆小，但对同伴很重视，他得知琳被敌人抓走后立即要求卡卡西一同放弃任务也要先救伙伴。

　　后来带土了解到：卡卡西的父亲旗木朔茂是一位了不起的伟大忍者，但在一次执行任务中，为救同伴选择了放弃任务，结果给村里带来了巨大的损失，他的父亲受村人仇视，就连所救的伙伴也反过来指责他，木叶白牙最后自杀身亡。少年时期卡卡西亲眼目睹其父含恨而终，从此以后，卡卡西性格变得冷漠，并且坚持认为，身为忍者，不能被感情所影响，有时候为了完成任务，同伴的牺牲也无法避免。

　　由于琳在任务中被岩忍们抓走，带土要求立即先拯救琳，但是如果这样的话任务很可能会面临失败，自己将会重蹈覆辙，卡卡西毅然决定先执行任务，后解救琳，并且还说感情这种东西只是执行任务的绊脚石，面对卡卡西的这种冷漠，带土非常气愤，临走前他对卡卡西说“违反忍者规定的人，我们称之为废物。可是，不懂得重视同伴的人，连废物都不如！”并补充说道：“木叶白牙才是真正的英雄！”卡卡西表面若无其事，但内心已有所动摇，最终下定决心，先救同伴，赶来的卡卡西为了救带土而被岩忍大石砍伤左眼。在他们成功救回琳返回的过程中，卡卡西被左方来的碎石击中并倒在地上，带土看见，立刻赶回来救卡卡西，自己却被压在巨石下，右半身被压碎。临终前带土让琳用医疗忍术将自己刚刚觉醒的写轮眼，连眼轴一起移植到卡卡西受伤的左眼处，并对卡卡西说：他希望自己能成为卡卡西的左眼，帮助他看清未来。而卡卡西每天迟到几个小时的理由也是因为去慰灵碑前看望带土。神无毗桥之战，这一天，木叶产生了两名拥有写轮眼的英雄，其中一人的名字被刻在了慰灵碑上，另一个就是在忍界赫赫有名的“复制忍者卡卡西”。在神无毗桥之战结束后不久，卡卡西和琳就遭遇到雾忍的袭击，当时体内已经被雾忍们植入三尾的琳为了保护木叶不受三尾的袭击而冲向卡卡西的雷切自杀。卡卡西则由于先后失去带土和琳这两位同伴而大受打击，身体和精神都受到连续不断的噩梦折磨。身为卡卡西曾经老师的波风水门为了让卡卡西摆脱这种状态而请求他加入暗部，卡卡西也自此开始了他的暗部生涯。

　　一进入暗部的卡卡西被水门安排看护正在妊娠期的漩涡玖辛奈，卡卡西轻轻松松完成了任务。直到漩涡鸣人出生，水门为保护村子而牺牲为止。水门死后第三代火影重新担任了火影一职，而志村团藏为了夺取村子的控制权利用了卡卡西心中的黑暗，诽谤三代火影。卡卡西陷入了困境，然而卡卡西跟三代火影的谈话消除了心中的疑惑。志村团藏打算在三代火影前往火之国首都接受任命的途中将其杀死，卡卡西中途背叛了团藏使三代得以幸存。三代火影出于大局考虑赦免了团藏的过错。在前几次的行动中卡卡西发现了团藏直属暗部-根中存在会使用木遁的忍者，年龄符合之前木叶失踪的一批儿童。在卡卡西潜入火影办公室查阅资料时被三代火影发现，三代对卡卡西讲述了这一切的来龙去脉，并告诉卡卡西切勿轻举妄动。经过一连串的事件以后，大蛇丸的人体实验暴露，但是面对曾经自己最优秀的学生，三代火影无法痛下杀手，让大蛇丸逃脱，但废了大蛇丸的双手。第三代指示暗部一定要将大蛇丸带回木叶，一旦大蛇丸叛逃敌国将会对木叶造成巨大的损失，卡卡西受命前往寻找大蛇丸。与此同时团藏表面上与第三代火影“合作”，实则为了帮助大蛇丸逃脱木叶的追杀，于是团藏派出了“甲”前往秘密据点。卡卡西误闯秘密据点被据点的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命，当卡卡西再度回到据点时，秘密据点的人已经全部被大蛇丸杀死，自己跟大蛇丸展开了战斗。大蛇丸自知再打下去对自己不利便撤退了，卡卡西对甲和据点唯一幸存的人说“我从来没有来到过这里，也没有见到任何人，更没有发现大蛇丸”，便离开了他们。志村团藏的右眼是写轮眼，由于多次使用已经渐渐失明，而宇智波一族拥有写轮眼的成员又很难下手，故团藏决定夺取卡卡西的写轮眼。之后团藏假借任务为由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密据点。甲对卡卡西露出杀意时被卡卡西察觉并败在卡卡西的手下，经过与卡卡西的一番对话之后甲消除了对卡卡西的疑惑。这时据点内白磷大蛇复活，卡卡西拼命保护甲，最后失去了知觉，但甲并没有夺取卡卡西的写轮眼而是背叛了团藏。最后卡卡西会见三代火影，将甲从根调离而分配到了暗部卡卡西所在的一组，甲恢复了原名天藏。

　　卡卡西的组缺少人手，于是宇智波鼬便加入了卡卡西所在的一组，起初年纪比较小的鼬不被他人留意，反而招来了冷嘲热讽，但不久之后鼬的能力展现了出来令所有人惊奇并由衷的佩服，直到宇智波叛乱鼬出走木叶结束。卡卡西说过鼬加入了这么长时间自己却对他还是一无所知。由于迈特凯等人在和卡卡西一同执行任务时亲眼目睹了卡卡西冷血的眼神，便连同同期忍者请求三代火影解放卡卡西让其成为担当上忍收徒，希望通过收徒改变卡卡西心中的黑暗，第三代火影同意了这个请求。在成为担当上忍以后卡卡西立志不允许让不懂得珍惜同伴的人成为忍者，果然他所在的组通过率为0，卡卡西也在扪心自问如果当时波风水门发现自己根本没有团队意识的话会如何。同时怀疑自己的要求是不是太苛刻了。第三代火影跟卡卡西谈话，再一次消除了卡卡西心中的疑虑，而曾经教过的学生们并没有恨他反而很感谢他当初的做法，更加坚定了卡卡西的信念。