佐助是宇智波一族族长富岳和美琴的次子。童年时期的佐助在哥哥鼬的天才光环下长大，父亲对佐助要求严格，但有时因为鼬而忽视了佐助；母亲对佐助的照顾无微不至，教育多以循循善诱为主。尽管有竞争，但兄弟之间感情深厚，鼬会去接佐助放学，并耐心教导佐助忍术。佐助则以鼬为榜样，在忍者学校取得第一名，在生活中喜欢与鼬一起修炼。鼬与父亲在工作上产生分歧，关系一度恶化。富岳开始花更多时间在佐助身上，并传授他家族的基础忍术“豪火球之术”。当佐助第一次尝试时只产生了小范围的火焰。富岳说佐助果然还是不能像鼬一样立刻学会这一招，于是告诫佐助别操之过急，以后有机会再试。隔日，佐助告诉父亲自己已经学会了豪火球之术，并向父亲展示。富岳终于说出“不愧是我的儿子”，同时也让佐助不要再以鼬为目标。一天，佐助因为练习手里剑而回家很晚，等他到达家里后却发现父母倒在血泊之中，而鼬则站在父母尸体旁边。鼬告诉佐助，是他全灭宇智波一族，以此来测试自己的“器量”，同时鼬告诉佐助，要开启万花筒写轮眼就必须杀掉自己最重要的人，并告诉佐助如果有和自己一样能力的话再来找自己。佐助受到巨大刺激开启单勾玉写轮眼，后来昏迷。从此佐助便以“杀死那个男人——鼬”为目标，不断变强。佐助与鸣人、樱为木叶隐村忍者学校的同期学员。三人后被分配到卡卡西所带领的第七班。他给人一种冷酷，不易接近的感觉，但帅气的外表和忍者学校第一的成绩使得他在学校中拥有众多“迷妹”，因此受到鸣人嫉妒。在自我介绍时，佐助表示自己讨厌的东西很多，没什么喜欢的东西，而他有一个愿望，就是重振宇智波一族和杀死那个男人。佐助一开始对队友漠不关心，不搭理鸣人的挑衅，对樱的善意举动也很冷淡。当第七班开始卡卡西的铃铛测试时，他从一开始就决定独自对付卡卡西，根本没打算要两个队友帮忙，在卡卡西毫不客气地向他指出这一点后，佐助逐渐认识到要成为一个忍者就必须学会团队合作。当卡卡西宣布鸣人受到的惩罚是不能吃饭后，佐助不顾禁令把自己的便当给受罚的鸣人吃，无意中使三人通过了卡卡西的测试。第七班在完成一系列的D级任务后，终于接到第一个C级任务：护送桥梁建筑师达兹纳回波之国。不久后，他们就遭到了鬼兄弟的偷袭。面对初次实战，鸣人有点儿害怕，失去了抵抗能力，而佐助则冷静应战，直到卡卡西出手救援，心有不甘的鸣人发誓要在后面的战斗里一雪前耻。后桃地再不斩来袭，卡卡西被水牢术困住，鸣人想出妙计，和佐助配合解开了对卡卡西的束缚。再不斩被暂时击退后，卡卡西决定通过爬树教三人如何控制查克拉。鸣人和佐助互相竞争，很快都爬到了树顶，那个时侯两人的羁绊也进一步提升。战败的再不斩带着白一周后再次出现，向第七班复仇，佐助的对手是拥有冰遁血继限界的白。由于受过训练的缘故，佐助很快跟上了白的速度。白为了摆脱劣势，使出秘术·魔镜冰晶，将佐助困在里面。此时，匆忙赶到的鸣人冲动地踏进了白的陷阱。佐助在和白的战斗中，不断尝试，最终成功开启自身的血继限界写轮眼。这时的佐助不但可以看穿白在镜子中光速般的移动，甚至还可以掩护重伤的鸣人。白感觉到了不妙，利用攻击鸣人来造成佐助的破绽。佐助明知是计，仍然用自己的身体掩护了鸣人。为了掩饰对鸣人的保护，他傲娇的说这样做不是为了救他，只是身体不由自主罢了。最终，愤怒的鸣人用九尾的力量击败了白，而佐助其实只是晕了过去，不久后醒了过来。中忍考试前，李洛克前来挑战佐助。佐助认为自己的写轮眼可以复制任何招数，并没把李放在眼里。然而李在速度和身手上有着一定优势，虽然两人没战斗到最后，但让李胜利的事实还是让佐助非常不爽。在第一场笔试中，佐助发现自己一题也不会，但他很快意识到考试的重点在于考验如何在不被发现的情况下抄袭，而是考忍者的观察能力以及在无人发现的情况下快速获取情报信息的能力，而不是靠自己答题。佐助利用自己的写轮眼，通过复制其他考生的铅笔移动完成考题。第二场开始后不久，佐助和樱在死亡森林就遭到大蛇丸的攻击。在大蛇丸的强大实力之下，佐助非常害怕。就在佐助为保住性命，要将卷轴交给大蛇丸的时候，鸣人出现并勇敢地和大蛇丸战斗。鸣人的激将法激发了佐助的斗志，佐助使出“写轮眼操风车·三之大刀”将大蛇丸压制，并用火遁龙火之术烧毁了大蛇丸的脸。出于对佐助天赋的欣赏，大蛇丸给佐助种下天之咒印。佐助痛苦地倒下，而大蛇丸离开前告诉樱，佐助迟早会来找他获取力量。因为中咒印的缘故，佐助和鸣人一样失去知觉，樱在一旁照料。正在这时，一群音忍奉大蛇丸之命来干掉佐助，战况十分不利。苏醒的佐助浑身布满咒印黑色的花纹，愤怒地向攻击樱的萨克攻击。由于咒印的力量，佐助稳占上风，他愤怒地扭断了萨克的手臂，并准备向其他两名音忍攻击。樱察觉到咒印状态的佐助失去了控制，及时抱住佐助，求他停手。樱的举动让佐助恢复了正常，在一旁惊恐万状的音忍们留下卷轴，赶紧逃离了现场。在第三场考试的选拔赛中，佐助的对手是音忍赤铜铠。在比赛前，卡卡西警告佐助不要使用咒印的力量，否则可能直接被淘汰。战斗开始后，铠使用他的忍术大量地吸取佐助的查克拉，几乎占了很大优势。在不能使用咒印的情况下，佐助将他从李那里复制的体术加以变化，自创了体术狮子连弹，并用意志力逼退了咒印的发作，最终一招击败了对手。比赛过后，卡卡西封印了佐助身上的咒印以阻止它的发作。此时大蛇丸突然出现，告诉卡卡西和佐助，咒印的力量是无法被封印后离开。为阻止佐助经受不起力量的诱惑而使用咒印，卡卡西在接下来的一个月时间里单独陪佐助训练。佐助在和卡卡西训练期间，学会了卡卡西的成名绝技千鸟，同时还针对我爱罗练习了从李那里复制的高速体术。虽然在正式比赛的时候迟到，但佐助的高速移动让我爱罗陷入苦战，不得不用沙子将自己全身包围起来。佐助趁此机会首次使用千鸟，结果成功破解对手的绝对防御，并打伤了对手。与此同时，砂忍和音忍的木叶毁灭计划开始实施。我爱罗在砂忍的掩护下从木叶撤退。佐助追击我爱罗，一路上过关斩将，最终追上了对方。佐助一再使出千鸟，并打断我爱罗用沙所凝成的一只手臂。被激怒的我爱罗使用守鹤的力量来反击，而佐助则由于咒印发作无法动弹，体力不支而倒下。千钧一发之际鸣人赶到，经过一番苦战后成功击败了我爱罗。在得知卡卡西被突然出现在木叶的鼬击败后，佐助去探望卡卡西并打听消息。从看望卡卡西的人那里得知鼬回到木叶的目的是要寻找鸣人，他立刻前往鸣人那里。在与鼬正式碰面后，佐助立刻使出千鸟对付鼬，却被鼬轻易破解并折断手腕。虽然佐助不依不饶，但鼬似乎并不想搭理他。鼬使用月读毫不留情地击溃佐助并再三强调他的力量太弱。佐助精神涣散昏迷，被自来也及时救走，后被迈特凯背回木叶医院养伤。纲手回到木叶后治好了佐助。在医院治疗期间，佐助回忆起他在第七班的历程，觉得自己力量太弱小，无法打败鼬，甚至被以前的吊车尾鸣人超越。心情不爽的他和前来探望他的鸣人在医院进行了一次对决，虽然这次对决被赶来的卡卡西阻止，但佐助却被鸣人螺旋丸的威力所震慑，内心更加不安。卡卡西在事后劝说佐助不要过于追求力量，但佐助根本听不进去。这时大蛇丸派来的音忍四人组吸引佐助的注意。佐助知道大蛇丸给予的咒印力量后，决定跟随音忍离开木叶，追随大蛇丸获得更强的力量。佐助在离村时被樱追上。尽管樱极力劝说佐助留下，并对佐助表白，希望能帮佐助变强，但佐助的内心却一直充满仇恨，身为复仇者的他没办法留在她身边。佐助只是温柔地说声“谢谢”，然后打晕了樱，离开村子。在路上，佐助再次碰到音忍四人众。音忍给佐助提升咒印状态的药丸，吃下药丸进入假死状态的佐助被封印到特制的棺桶中，四人组带着棺桶前往大蛇丸的实验基地。这时，鸣人等人也开始了营救佐助的任务。最终鸣人在终结之谷追上了佐助。佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决定无论用什么手段都要把佐助带回村子。两人开始战斗，一开始佐助稳占上风，后来鸣人使用体内九尾的力量压制佐助，但佐助的写轮眼升级，又再度将鸣人击倒。这时鸣人体内的九尾查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则直接变成咒印状态，外貌好像鹰。两人各自使出绝招——鸣人九尾形态的红色螺旋丸和佐助咒印状态的黑色千鸟在终结之谷的大瀑布上对拼。僵持状态下，佐助击中鸣人，而鸣人只在佐助的护额上划出了一条裂痕。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。战斗以佐助的胜利而告终，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。佐助离开了鸣人，来到大蛇丸身边。之后，佐助性格变得更加冷酷，初次见面就用写轮眼震慑住了佐井。他自称斩断了与鸣人的羁绊，全身心地追求力量。和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。他没佩戴音忍的护额，身上唯一的标记是宇智波一族纹章。与新第七班见面后，佐助毫不留情地攻击鸣人和樱。在两年的时间里，佐助的实力得到提升。他使用草薙剑作为武器，并对雷遁忍术进行了各种新开发。由于大蛇丸的影响和自身的努力，佐助完全掌握了控制咒印的力量，瞳力也变得深不可测，甚至可以通过写轮眼与鸣人体内的九尾对话。九尾对佐助的出现感到吃惊，他说佐助的查克拉简直和以前的宇智波斑一模一样，佐助对九尾所说的事情不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。九尾于是威胁佐助不要杀死鸣人，否则会后悔。在打倒所有人后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭，这时大蛇丸和药师兜出现，兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱“晓”的力量，便于他对鼬的复仇，佐助勉强同意，接着三人便消失了。佐助出现在所有被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血也没被溅到，而且那些忍者们都没被给予致命一击，大蛇丸觉得即使是被称为天才的他在当年也没如此强大的实力。这时候的佐助觉得自己从大蛇丸那里已经学不到什么了，就在大蛇丸躺床上养病的时候突然对他发起攻击，而早有准备的大蛇丸则现出真身──白鳞大蛇，欲夺取佐助的身体。白鳞大蛇被佐助斩杀后，大蛇丸利用挥发的血液将佐助的意识转移到自己转生的异空间，准备夺取佐助的身体。但佐助的实力超出了大蛇丸的预计，在写轮眼强大的瞳力下，大蛇丸遭到了和当年面对鼬时相同的惨败，他的异空间完全被佐助吸收了。