朱元璋率军打败元军，元兵都四散而逃，朱元璋趁势渡过长江。三月份，郭子兴去世。这时刘福通迎立韩山童子韩林儿在亳州称帝，国号宋，建元龙凤。任命郭子兴子郭天叙为都元帅，张天、朱元璋为左、右副元帅。
朱元璋感慨地说：“大丈夫怎么可能受制于人呢？”于是拒不接受。然而考虑韩林儿势盛，可以暂时依靠韩林儿，于是用其年号以命令军中。夏四月份，常遇春回来。五月，朱想渡江，没有船只。恰逢巢湖帅廖永安、俞通海用水军一千艘前来归附，朱元璋知道后十分高兴，亲自前去去安抚众人。
而元朝中丞相蛮子海牙镇守铜城闸、和马场河诸关隘，巢湖水师不能出去。突然天降大雨，朱元璋高兴地说：“真他娘是天助我啊！”于是朱元璋就趁着水涨，从小港放船返回。通过击海牙于峪溪口，失败了，于是打算定计渡江。朱元璋的将领打算攻打集庆。
朱元璋说：“要攻取集庆必须从采石开始。采石乃重镇，易守难攻，牛诸前临大江，那些很难做准备，一定可以攻克了。六月乙卯日”，乘风引帆，一直到牛渚。常遇春先行登陆，过了一段时间后。采石的兵竟然崩溃。
沿长江各营垒全部依附。诸将因和州饥荒，争取资粮准备回家。朱元璋对徐达说：“渡江只不过是侥幸成功罢了，如果舍弃而归，就江就不再是我们的了。
于是就斩断船缆，将船放到急流中，这时朱元璋对诸将说：“太平己经离我们很近，当与你们取得的。”于是乘胜攻克太平，拿一万户纳哈出。总管靳义投水而死，朱元璋说：“真是一个义士啊！”，以礼葬之。张榜禁止抢劫。结果有一名士兵违抗了命令，就被斩首示众，军中肃然。改路说府。在太平兴国翼元帅府，自领元帅事，召陶安参谋幕府事，李学习为知府。当时太平四面都是元朝的士兵。右丞阿鲁灰、中丞蛮子海牙等率众堵截姑孰口，陈眺先水军统帅康茂才率领几万人攻打城池。
朱元璋派徐达、邓愈、汤和迎战，别将悄悄地从他的后，夹击的，擒陈聎先，并降其众，阿鲁灰等领兵离去秋九月，郭天叙、张天进攻集庆，陈聎先背叛，两人都战死，于是郭子兴部将尽归朱元璋后。陈聎先不久为民兵所杀。
从子兆先收集他的部众驻守方山，与海牙掎角来窥视太平。十二月壬子，释放纳哈出北归。十六年春二月丙子日，大破海牙于采石。三月初一日，进攻集庆，活捉陈兆先，降其众三万六千人，都怀疑害怕不能保全自己。
朱元璋挑选骁健的五百人入卫，解甲酣寝达旦，人心才被安定下来。庚寅，再次击败元兵在蒋山。元朝御史大夫福寿，奋力战死，蛮子海牙逃跑并且归附张士诚，康茂这才投降。
朱元璋进入城后，召集了元朝官吏和父老乡亲告谕说：“元朝政府腐败无能，干戈四起，我来是为了百姓能安故，百始各自安居如故。有识之士可以来找我，我一视同仁，旧政府不方便的除去，官吏就不要再贪婪残暴殃及百姓。”
老百姓大喜过望。把改集庆路为应天府，征召夏煜、孙炎、杨宪等十多人，厚葬御史大夫福寿，以此来表彰他的忠诚。
就在这个时候，元朝将领定定扼住镇江，和别不华、杨仲英屯扎宁国，青衣军张明鉴占据扬州，八想你不花(人名)驻守徽州，石抹宜孙守处州，他的弟弟厚孙守婺州，宋伯颜不花守衢州，而池州已经被徐寿辉据有，张士诚从淮东攻陷平江，转而侵掠浙西。
朱元璋平定集庆，担心张士诚、徐寿辉强，江左、浙右各郡被他吞并，于是就派徐达进攻镇江，不久后，定定战死。夏六月份，邓愈攻克广德。秋季七月己卯日，诸将奉朱元璋为吴国公。在江南行中书省，从总领省事，设置僚属。
朱元璋写信给张士诚，张士诚不听，率兵进攻镇江。徐达打败狠狠地教训了张士诚先生，进而围攻常州，不分上下，九月十九日，如镇江，拜谒孔子庙。
派遣儒士告知父老乡亲，鼓励农桑，不久返回应天府，至正十七年春二月，耿炳文攻克长兴。三月份，徐达攻克常州，夏季四月丁卯日，朱元璋亲自率兵攻打宁国，胜利，别不华投降，五月份，上元、宁国、句容进献瑞麦。
六月，赵继祖攻克江阴。秋七月，徐达攻克常熟。胡大海攻克徽州，八想你不花(人名)逃走。冬季，十月，常遇春攻克池州，缪大亨攻克扬州，张明鉴投降。十二月二十日，释放囚犯。
也是同一年，徐寿辉将领明玉珍占据重庆路。至正十八年春二月乙亥，任命康茂才为营田使。三月己酉，录囚。邓愈攻克建德路。夏四月，徐寿辉部将陈友谅(就是这人)派遣赵普胜攻陷池州。也是在这个月，陈友谅占据龙兴路。
五月份，刘福通攻破汴梁，迎接韩林儿。想当初，刘福通派遣将领分兵四出，破山，侵犯秦国(农民军)和晋国(农民军)，掠夺幽、蓟，中原大乱，朱元璋因此得以依次平定江南。所述不杀，拐骗有识之士，因此，人心日附。冬季十二月，胡大海进攻婺州，久攻不下，朱元璋亲自率兵前去攻打他们。
石抹宜孙派遣将领率领车师由松溪前来援助，朱元璋说道：“此处道路狭窄，车战那就脑子被驴踢了，自取灭亡”随即命令胡德济迎战于梅花门，把楚国打得大败，婺州投降，坚持厚孙。就在前一天，城中人望见城西五色云像车盖，认为不同，后来才知道是朱元璋驻兵之地(明史记载)。
入城后，发米贩济贫民，改州为宁越府。征召范祖干、叶仪、许元等十三人分讲经史。戊子，派遣使者招降方国珍。十九年春季正月乙巳，太祖谋取浙东，未能攻下各路......
朱元璋告诫众将领说道：“克城以武，治理需要用仁义，和法律。我们人在集庆，不伤害这里的百姓，所以一举而定。每次听到诸将得到一座城不妄杀，就喜不自胜。俗话说的好，星星之火可以燎原。为将能够达到不杀人以武，难道只有国家的利益，子孙后代实际上得到幸福。
“庚申，胡大海攻克诸暨。这个月，命令宁越知府王宗显设立郡学。三月甲午日，赦免大逆以下，丁巳，方国珍以温、台、庆元来献，派遣他的儿子关为人质，不接受，夏四月，俞通海等人收复池州，当时耿炳文守长兴，吴良守江阴。
汤和守常州，曾经多次打败张士诚的部队。太祖因此久留宁越，巡行浙东。六月壬戌日，返回应天。秋八月，元将察罕帖木儿收复汴梁，刘福通与韩林儿退保安丰。九月，常遇春攻克衢州，活捉宋伯颜不花。冬季，十月，派遣夏煜授予方国珍行省平章，国珍以病推辞。十一月壬寅，胡大海攻克处州，石抹宜孙逃走
。当时元守兵单薄，而且听说中原动乱，人心离散，因此江左、浙右各郡，军队到达都下，于是向西与友谅相邻。二十年春二月，元朝福建行省参政袁天禄以福宁投降。
三月二十四日，朱元璋征召刘基、宋濂、章溢、叶琛到。夏五月，徐达、常遇春在池州击败陈友谅。闰月丙辰，陈友谅攻陷了太平，守将朱文逊，院判花云、王鼎，知府许瑗死的。
不久，陈友谅就把自己的主子杀害徐寿辉，自称皇帝，国号为汉，又名陈汉，领土有江西、湖广地方，陈友谅和张士诚打算合攻应天，应天大地震。诸将商议先收复太平来牵制他，朱元璋说：“不可。他们居住在上游，舟师十倍于我们，要收复那里很可是很难的。”
有人请求亲自率兵迎击，朱元璋说：“不可！他们以小股部队牵制我，而保全了军队直趋金陵，顺流半天可达，我步骑兵很难返回，百里奔赴作战，兵法忌讳，不是上策。”于是飞马告知胡大海进攻信州牵制其后，而令康茂才写信欺哄陈友谅，他赶紧来。
陈友谅果然率兵向东。于是常遇春设伏石灰山，徐达布阵南门外，杨溉屯扎大胜港，张德胜等率水军从龙江关，朱元璋亲自督军卢龙山。乙丑，陈友谅到达了龙湾，种部件都想上前去打，朱元璋说：“天就要下雨了，赶紧把饭吃了，趁下雨打他娘的。“不一会儿，天果然下起了大雨，士兵们竞相奋起，雨停交战，水陆夹击，把楚国打得大败，陈友谅乘小船逃走。
于是收复太平，攻下安庆，而大海也攻克信州。当初，太祖命令康茂才欺哄陈友谅，李善长因被怀疑。太祖说：“二寇联合，我首尾受敌，只有快的来，先打败他们，那么张士诚丧胆了。”不久张士诚果然不出。丁卯，在儒学提举司，任命宋濂为提举，派遣子朱标学习经学。六月，耿再成战败石抹宜孙庆元，应该孙战死，派遣使者祭祀的。秋九月，徐寿辉旧将欧普祥任命袁州投降。冬季十二月，又派夏煜写信晓谕方国珍。