刘琦大军既至，暴民摄于其威，哪里还敢造次，略一驱赶便已四散而去，被困在当中的刘璋一行这才得以脱身。
然此时九苗大军已至城南，眼看就要攻打城池，刘琦闻讯后片刻都不曾停留，亲自麾师冲杀过去。苗兵们远远看到是青龙飞天旗，哪里不认得，皆四散退往眉山。城内原本还在心惊胆战观望的成都百姓见状皆喜极而泣，纷纷山呼“少将军万岁”，并夹道相迎得胜之师入城，一路直往州牧府送去。而益州牧刘璋哪里敢在府中等着，早早便在大门外恭敬相迎。
刘璋得刘琦相救才保得性命，自是感恩戴德，故远远见了刘琦，便号叫谓道：“若非子瑜来得及时，吾恐已被抽筋剥皮也！”
他一边号泣着，一边作势要行跪拜大礼。刘琦早已翻鞍下马，见状忙快步上前搀起，并动情道：“都怪侄儿来迟，让叔父受惊了！”
说罢又是一番好言相慰，两人执手而谈，画面温情脉脉。
刘璋见气氛差不多到位了，遂从怀里掏出益州印绶来，往刘琦手中递去，并谄笑谓道：“九苗蛮军今日虽退却，但依旧虎视眈眈，随时会来。我实在无能为拒，还请子瑜可怜汉家城池为重，受取益州牌印，以保百姓于水火！”
本以为刘琦会欣然接受，自己就可安心去做富家翁，谁知后者却指着从雒城投降后便一直候在身边的刘循谓道：“君有子循，在益州颇有德名，士民皆服，何不传之？”
刘璋、刘循父子闻言，皆汗如浆下，刘璋跪伏于地而不敢言，而刘璋则唯诺谓道：“此子虽有些虚名，但只懂空谈，只可做县令，不堪牧州郡！”
刘琦却依旧辞不肯受，并正色谓道：“小侄兴兵前来只为清理佞臣小人，绝无二心！若受了此牌印，岂不成了对同宗本族行篡夺之事，与那许都曹贼又有何异！”
刘璋闻言，不知如何答复，哑然无语之际，又不敢真将印绶收回，只能僵在那里，造型颇为尴尬，好在有庞统看不过去，找到跟着来参拜新主的广汉太守张肃，附耳低语数句，后者恍然大悟，遂急忙召集官员和百姓，一齐聚到刘琦仪仗跟前，高声喊道：“江陵政通人和，士民安居乐业，益州百姓羡慕已久，今日少将军若不领牌印，则我等皆不能安生矣！”
刘琦依旧不肯受，张肃领众人又顿首揖拜，如此再三，庞统又从旁劝道：“百姓这般盛情，实乃民心所向也！”
刘琦才勉为其难，遥拜东方谓道：“既然如此，我就勉为其难，代天子牧守这天府之地。”
遂在山呼海啸般的欢呼中接过印绶，并下令大军绕城而过，去眉山迎战十万苗蛮。
眉山下，九苗大军早已摆开兵马、列明阵势，腊尧苗王跨骑五彩神牛，居中而立，两边左有岜沙苗王、占里苗王、仲家苗王和红头苗王，右有仡佬苗王、黑衣苗王、赤水苗王以及五溪苗王，所部面涂油彩，兵甲坚锐，个个杀气腾腾。
而在九苗苗王身后一架挂绸披缎的牛车之上，坐着来自蚩尤祭坛的大巫卯蚩。只见其满头白发编成了数以百计的小辫，辫梢系着各色兽骨，一阵风过，兽骨互相碰撞，发出阵阵诡异的脆响。
远远见青龙飞天旗下刘琦白袍银甲、驭马而来，卯蚩向几位苗王微微点头示意后，便命从人驱动牛车，往前迎去，直来到荆州军马阵前，通过名姓后，这才厉声谓道：“敢问来者可是荆州少将军刘子瑜？”
刘琦纵马上前，朗声答道：“在下正是刘子瑜，尔等九苗深居大山之中，自给自足，与我汉人向来井水不犯河水，为何今日要犯我州郡，杀我子民！”
卯蚩躬身谓道：“少将军有所不知，山中贫瘠，谷物难种，我苗人求生不易，丰年尚且只能勉强果脯，但逢旱涝，便要饿殍遍地。今年开春后风雨不调，土地歉收，只能出山求生。然益州下至郡县、上至使君，皆不明事理，未加救济不说，还派兵驱赶，封锁路径，不许九苗踏出深山半步！这实在是绝了我族生路，这才不得不揭竿而起，只求片瓦寸土以栖身，并无过多奢求。”
刘琦沉吟片刻后谓道：“如此说来，也算是情有可原啊。只是普天之下，莫非皇土，我虽领益州牌印，亦不敢妄自定夺，但若九苗愿效忠汉廷，则你等皆为汉家子民，我便可上表朝廷，为出山苗人划拨土地，妥善安置，不知大巫意下如何？”
卯蚩闻言，老脸上顿时绽出笑容，展齿谓道：“如此则有劳少将军了，九苗部下，皆愿意听从朝廷调遣！”
随即传下话去，九苗苗王拜服当场，表态愿奉刘琦号令，效忠汉廷，并即刻退兵回山。
这一幕让跟来观战的益州士族和大小军将们皆惊掉了下巴。吃过九苗苦头的他们原本以为眉山下将有一番苦战，纵使荆州兵马能战而胜之，也得损兵折将，说不定局面还有转机。谁知少将军来了后居然未动一兵一卒，单枪匹马便驯服了穷凶极恶的十万苗蛮，这让他们心里对刘琦越发敬畏，不敢有丝毫造次，也算是为日后新政和军改的推行打好了心理上的伏笔。
苗蛮既已退兵，南部三郡也得以收复，虽说划拨了些许土地用以安置出山苗人，但九苗效忠汉廷，专设苗疆自治郡，将苗疆并入了益州管辖，一进一出算得上是开疆扩土。而从北而来杀入梓潼郡的南阳蔡瑁本就胸无大志、与刘琦暗通款曲，只求一块封闭之地做土皇帝，故而在刘琦入主成都后，也就主动退兵汉中，安安心心做他的东川王。
故益州上下在敬畏军威的基础上，又加上了一层感恩之情，恩威并举让刘琦益州牧的位置坐得越发顺理成章。而此时的刘璋已被安置在青城山下一处水草丰茂之地，刘琦一面广给田宇，一面严密监视，好在刘璋本就胸无大志，甘心雌伏，所以也得了善终。