汉灵帝最近脾气很大，看宫中任何事物心中都微微不爽，张让更是大气不敢出。黄巾军起义，令汉灵帝慌张不已，失了方寸，最近西北、蜀中、蛮楚四方又报造反叛乱。汉灵帝是饭睡不安啊，他首先令何进率左右羽林和五校尉营镇守洛阳，在洛阳附近增置八关都尉。保卫好自己都城之后，汉灵帝立即派人召集文武百官，各州刺史州牧别驾郡守什么的，能来的都要来，汉灵帝要来进行一场举世皆惊的动员运动。
这个时候，张让召来亲腹以及各常侍，如何侍奉好主子，又如何保证下面的官员上面的大臣不会对自家宦官下手。
张让的宦官集团人人自危，而外戚士子的清议集团趁势崛起，北地太守皇甫嵩当了请奏第一人，奏请解除党人之禁，出皇宫钱财作为讨伐黄巾军费。
久在宫中，汉灵帝信息来源闭塞，觉得自己一手推动了党锢之祸，又如何轻言放弃，久久沉思不已。毫无头绪地汉灵帝坐在宫殿之上，听见行走的声音眼神一撇，中常侍吕强，便把吕强召到身边，向他询问自己该当如何处理黄巾起义和大批党人。
吕强一听心里细细一想，说道，党人禁锢多年，积怨甚深，若不赦免，一旦党人与黄巾联合，必将危及朝廷。如今我朝大祸乃是黄巾蛾贼，黄巾意在灭我大汉，而党人只欲手握朝权，党人之人可赦免矣。汉灵帝一想，正是此理，又想到自己改元大赦天下，何不借此机会同样赦免大批党人哉？
灵帝最后下诏，大赦党人，“党锢之祸”遂告结束。这大批士子组成的清议集团，再次进入世人眼中。在二月黄巾起义后，三月党锢之祸解除，四月郎中张钧便上书，认为张角能聚众数十万人起义，根源皆在于宦官。我真是服了气了，刚出牢狱刚释前嫌，又重提宦官之事，真是找死的节奏。
就算原因如你所说的那般，宦官父兄子弟、姻亲宾客任州郡地方官者，侵害百姓，胡作非为，百姓之冤无处可诉，才铤而走险。最后得解决办法也不该是斩十常侍之首，悬于京师南门之处。还谈什么起义军会自行散去，你当张角数十年谋划布局就凭你几个人头就可以唬走？真是初生牛犊，什么也不知晓。官衔这么低，小小郎中，大概是清议集团的抛砖试探吧。
之后，我大汉灵帝看后不语，直接将张钧表章交给了宦官一一细看，宦官看后皆免冠叩头，诈称自愿入狱以使天下平定，并出家财作为军费。汉灵帝微微一笑，命宦官照常视事，而将张钧下狱，以私通张角的罪名处死。正是皇帝刚刚放过你们，不提你们从前罪过之时，又要冒犯君颜，去教皇帝如何去做人，你这不是找死么？你起码要做出一点业绩，再跟别人谈条件。否则，你们一个刚刚被启用，重获新生的儿郎们有何资格去说出条件乎？
清议集团一看，皇帝耍起帝威。君上之威不可犯，立马积极做事。时黄巾军主力活动于冀州、南阳、颍川三个主要地区。
北中郎将卢植率军攻打冀州地区张角所部黄巾军；左中郎将皇甫嵩，右中郎将朱俊，骑都尉曹操率兵攻打波才的颍川黄巾军；此时大司农张温被拜为大司空，张温率军平定凉州的边章、韩遂之乱；益州张修所创立的五斗米教也揭竿而起，益州牧刘焉率兵平叛之。烽火狼烟，遍布九州中原大地。声势浩大，各州郡纷纷陷入战事。一时间，汉朝之朝廷与民间世族之叛乱，令得汉朝内部动乱不堪。北方夷、羌、胡，南方众蛮也跟着叛乱，整个大汉王朝，最安稳的地方莫过于洛阳，黄巾军洛阳指挥官马元义的车裂身亡致使洛阳几无叛乱。
而自黄巾起义之后，日后名扬天下的各势力也开始吞并反叛势力扩张发展自家地盘，骑都尉曹操、四世三公的袁绍、袁术两叔侄、白马义从的公孙瓒、我主孙权之父孙坚、我主孙权之妹婿刘备等。黄巾起义造就了各势力的崛起，使得大汉王朝陷入群雄割据的局面。
在颖川前线朝廷与黄巾军连续作战失败的局面下，右中郎将朱儁建议撤退。骑都尉曹操则请火攻夜袭，波才领导的黄巾军是一只杂牌军，没有经历过战争，不会布阵，缺乏作战经验，就看他们依草结营的架势，我们乘夜纵火偷袭，即便他们惊觉，以他们一群农民草头兵的心志，安定不了军心还会扰乱军心，势必其军伤亡大半。
于是乎，左中郎将皇甫嵩同意曹操建议火攻夜袭，朱儁表示附议试试看。皇甫嵩实行曹操建议后，在一把火势下，攻下颖川，接下来开始豫州保卫战，接连推下陈国、汝南、东郡。
接着，官至镇贼中郎将西乡侯的朱儁率军赴南阳，对阵南阳黄巾军指挥官张曼成。左中郎将都乡侯皇甫嵩则率军前往兖州东郡作战。而北中郎将兼任尚书的卢植则因左丰一小小宦官谗言而被罢免，由东中郎将董卓接任冀中战事总指挥官。
宛城争斗战一直持续了三个月，宛城一直在黄巾军和朝廷手里轮换控制，百姓苦不堪言，这样的事情并不是只有宛城这一起，在多地均有类似事情发生。最终张曼成身亡，朱儁前属下秦颉就任南阳郡守。
紧接着，张曼成部将赵宏又率南阳残余黄巾军攻下宛城，朱儁又复回军与争夺宛城控制权。期间受到后方为政者质疑，因南阳黄巾平叛未定，死灰复燃朱儁有过。还好朝中有识大体者。最终朱儁攻破宛城，赵宏身死，而韩忠被重新推举为首领，在韩忠身亡之后，孙夏又被推举为帅，在孙夏身亡之后，残军终无力在占据宛城，四散奔逃而去。朱儁终解决南阳黄巾，感慨万千：“为贼者，终为贼也。其降，可安一时；不使其降，其之顽强，令人汗颜。宛城一战，实杀一曼城而已，赵宏韩忠孙夏之流，不过其部旅而已啊！”遂回师洛阳，等待汉灵帝封赏。