自董卓迁都长安后，身边没有了威胁自己的势力，便更加肆无忌惮，而这也使得董卓渐渐放松了警惕。
董卓连续给自己加封官职，终至国相，跃居三公之首，掌宰相权。董卓虽然名为“一人之下，万人之上”的国相，但实际上却远远超越皇帝，享有“赞拜不名、入朝不趋、剑履上殿”等特权。
此时，在董卓眼里，皇帝已是掌中玩物；在刘焉，刘虞、刘表、刘繇、刘备等汉室宗亲眼里，则是汉室正统，根正苗红的真正的皇帝，不可亵渎；在陶谦老士子官僚面前，则是君上一言，便是圣旨，只可服从不可悖逆；而在袁绍、公孙瓒等眼里，则是无用之物还要朝拜；在袁术、公孙度等造反派眼里，只是即将不存在的汉室而已；在曹操眼里，则是善待天子百官，挟天子以令诸侯；在我家主公孙权眼里，似乎谁是皇帝谁是老大的没有概念，保境安民守三世基业而已。
话题跑远了，自董卓成了董相国，自己已无法加官进爵，达人臣之最。便申请扩大封地，并筑坞于郿，高厚七丈，与长安城相埒，号曰“万岁坞”，世称“郿坞”。坞中广聚珍宝，积谷为三十年储。迁子民妇女于其中，设玩乐器材设施百件于其中。其华丽如阿房宫，其建造难如建都城皇宫一般。而自建成后，董卓自云：“事成，雄据天下；不成，守此足以毕老。”董卓这时已然老矣，出语消极，志气不存。真可谓，壮士老矣，不复当初雄心壮志也。
在董卓权欲爆棚的情况下，启用的士子渐渐被董卓无视，隐隐有天子之势。提拔亲信党羽，欲将朝廷打造成自己的班底。大肆加封董氏家族成员，追封父亲，加封母亲为池阳君，拜弟弟董敏为左将军，封雩侯，另外还封自己年幼的孙女董白为渭阳君。
又以残暴手段，以与袁术同谋背叛朝廷之罪将卫尉张温（董卓的老上司、前太尉，董卓敦请出山而不就）活活拷打致死；经常大摆宴席，让与列席间之人看着自己命人进行残忍的表演。
在这样的背景下，长安已然成为了第二个洛阳。董卓在长安过得潇洒惬意，却屡屡遭受歹人相害。面对层出不穷的刺杀，董卓凭借个人武力也落得浑身伤痕，下令诛杀隐隐有密谋之士。暴虐无道的董相国最终召吕布整天跟在身边，护卫周全。
与此同时，公孙瓒在界桥之战后，不久就派兵与袁绍在龙凑开战。公孙瓒此次再度被袁绍击败，失了南下争霸的心，又因与幽州牧刘虞关系不慕，开始在幽州搞自己的城防建设，退还幽州，固守易京。
袁绍在龙凑之战后，遂派崔巨业领兵围故安，久攻不下，可见公孙瓒搞城防还是有一手的。袁绍打不下在撤退途中，遭到公孙瓒派三万人追击，在巨马大破袁绍军，杀七八千人。
其后公孙瓒乘胜追击至平原（平原令刘备），以田楷为守将。袁绍遣兵数万连战两年，期间田楷曾败於袁谭手下。公孙瓒实无力再缠斗下去，便称臣臣服于董相国，上书请求以天子之名调停此战。
不久，袁绍、公孙瓒二人接到当今相国董卓假借献帝之名派来的调停令后，便顺势讲和了。两人讲和的原因，一是因为两人都虚了，钱粮耗尽；二是袁绍是因为此时冀州发生了黑山帅于毒攻破邺城的兵变；三是公孙瓒则是因为难以取胜，所以明知这并非献帝旨意，也同意议和。
在二人议和后不久，董卓很欣慰，得到了一支纵横三州的势力。把公孙瓒收为小弟后，加官进爵，然而董卓的寿命也将终了。
董卓在长安时，带兵的是吕布，李傕，郭祀，牛辅，主持政务的是尚书令王允，李儒，贾诩。王允能在董卓手底下做事担任要职，可见董卓之信任。
实际上，王允如此隐忍不发，只是为了等待时机。王允在与董卓表面委曲求全，一派为董卓谋福利办事情的同时，暗中积极组织和筹备反董卓的斗争。
一，拉拢高官，王允积极拉拢司隶校尉黄琬、尚书郑公业等人共同商议诛杀董卓的计策。
二，组建部队，推荐保举羌校尉杨瓒为左将军，执金吾士孙瑞担任南阳太守。然士孙瑞等人假借讨袁名义军队动作，被董卓看破。王允遂在董卓下手前，擢升士孙瑞为仆射，擢升杨瓒为尚书。
三，制造舆论，王允命人长安传唱童谣，“千里草，何青青。十日卜，不得生。”“千里草”，“董”字也，“十日卜”，“卓”字也。与一般从上外下拆字不同，倒着拆字，预示董卓倒行逆施，暴虐无道，必将丧命于天谴之手。
四，制造纠纷，董卓天天叫吕布护卫自己周全，然吕布不比华雄忠心耿耿，被尚书令王允一叫去，喝了点小酒，就被司徒送上数十美人，这美人都是准备送往瑂坞的。王允请吕布为内应，起初，吕布不同意，他说：“奈何我和他如同父子一样！”王允开导说：“你姓吕，他姓董，又不是骨肉亲情。况且董卓现在是人人得而诛之的国贼，你难道还认他作父亲吗？他向你掷刀戟的时候，把你当儿子看待吗？”在王允的敦促下，吕布最终答应了。于是乎，吕布犯了错，加上王允许诺的利益，又因为此前董卓因女人之事而对吕布出过手，便轻易被绑上了王允的战车。
五，拉拢内应，董卓谋臣有三，第一位谋臣是李儒，第二位谋臣是贾诩，第三位谋臣便是李肃。李肃因董相国待遇太差，自己才智在李儒（焚城）大佬和贾诩毒士（乱武）之下，不得重用施展抱负。实际上，任谁在此二人之下都不会展现自己的光辉，这两位大佬，做事计惊全国，常有奇策，让整个大汉王朝的走向扑朔迷离。所以，一经利诱，这略显无能的李肃，便倒戈王允帐下。
六，积极刺杀，越骑校尉伍孚等忠义死士被王允指派前去刺杀董卓，然连连失败。董卓相国府上防范力度增强，刺杀基本放弃。
在王允最终与一帮朋党决定了诛杀董卓的计划，告诉计划执行人吕布，要求作为保镖的他袭杀董卓。王允告诉另一名在董卓手下为官的计划参与人李肃，跟随董卓进宫并埋伏亲兵。
一切准备就绪，正好逢上皇帝大病初愈，朝中文武大臣都集会于未央殿，恭贺天子龙体康复。趁此机会，可以于百官面前将董老贼明正典刑处死。
而董卓一早起来，则被李肃带着一帮公公哄骗宣旨，皇帝如今要禅位于你，让你速速前去。董卓接过圣旨，看完上面的内容后，也不疑有他。
于是乎，董卓开始了一段漫长之旅。在从相国府到长安皇宫的一路上，董相国连连遭遇上天所给的警示。
一是收到圣旨，想到昨夜梦一龙罩身。董卓自然开心的以为，自己要龙袍加身，今日果得此喜信。
二是，董卓母亲池阳君说，我近日肉颤心惊，恐非吉兆。这是劝儿子小心为上，而董卓自以无人敢诓骗自己，便曲解将为国母，岂不预有惊报。
三是，于路上，所乘之车倾斜，一轮子掉了。董卓便下车骑马，然马咆哮嘶喊，扯断辔头跑了。慌张的李肃乱解，此乃弃旧换新，将乘玉撵金鞍之兆也。董卓不疑有他，还夸奖李肃会说话。董卓问了一句，“文优何在？”吕布从旁飞马跃出，“父亲，文优先生去布置禅位大典了。”“哦。文优尽心尽力啊。”
正行间，忽然狂风骤起，昏雾蔽天。李肃乱解，主公登龙位，必有红光紫雾，以壮天威耳。这时，一声轻笑，王允率百官迎道，“相国大人，莫听他胡说，这是天气不好。咱们改日再准备禅位大典如何？”董卓看着百官迎道，心里高兴，说道，“若要改天，吉时问卜又要半月有余，百官如此全来拥戴，我怎可薄了各位卿家的心，走，一切如常。”
董卓在宫中远远望见一个青衣道士。那个道士手拿着两面旗子，上面都各写了一个“口”字。董卓问李肃，王允是何预兆。李肃没有解释，只说是一个神经病。王允则哈哈大笑，一个口就是一座城，预示着您啊，东都西都尽在执掌之中。董卓听后，大慰。其实吕布的“吕”就是两个“口”，表示会死于保镖吕布之手。
然而，董相国就这样坚强的去了，结果于第一道宫门便遭遇包围伏击，大骇，回身王允等人不在，慌忙向吕布呼救。然吕布则率亲卫倒戈相向，一脸正气，大声道：“我们是奏诏讨杀乱臣贼子，你死有余辜！”绝望中的董卓虽然奋力反抗，但已无济于事，当场被杀，并诛连三族。
董卓被杀后，满朝文武和所有士兵都高呼万岁！长安老百姓高兴得在大街小巷载歌载舞，共同庆祝国贼被诛。据说董卓死后，被暴尸东市，守尸吏把点燃的捻子插入董卓的肚脐眼中，点起天灯。因为董卓肥胖脂厚，“光明达曙，如是积日”。